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- EMDB-25175: Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with CXCL12, a small ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25175
タイトルCryo-EM structure of human ACKR3 in complex with CXCL12, a small molecule partial agonist CCX662, and an extracellular Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex structure of NB-CID25-ACKR3-CXCL12-CCX662
    • タンパク質・ペプチド: Atypical chemokine receptor 3
    • タンパク質・ペプチド: Stromal cell-derived factor 1
    • タンパク質・ペプチド: CID25 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: CID25 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-Fab nanobody
  • リガンド: (1R)-4-[7-(3-carboxypropoxy)-6-methylquinolin-8-yl]-1-{[2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}-1,4-diazepan-1-ium
  • リガンド: CHOLESTEROL
機能・相同性
機能・相同性情報


oculomotor nerve development / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / C-X-C chemokine binding / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / response to ultrasound / telencephalon cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / C-X-C chemokine receptor activity / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway ...oculomotor nerve development / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / C-X-C chemokine binding / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / response to ultrasound / telencephalon cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / C-X-C chemokine receptor activity / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / chemokine receptor binding / positive regulation of vasculature development / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of dopamine secretion / C-C chemokine receptor activity / scavenger receptor activity / Signaling by ROBO receptors / C-C chemokine binding / induction of positive chemotaxis / integrin activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / cellular response to chemokine / positive regulation of monocyte chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / blood circulation / positive regulation of calcium ion import / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / animal organ regeneration / positive regulation of T cell migration / vasculogenesis / coreceptor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / clathrin-coated pit / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of cell adhesion / cell chemotaxis / adult locomotory behavior / axon guidance / calcium-mediated signaling / growth factor activity / neuron migration / response to virus / receptor internalization / recycling endosome / response to peptide hormone / defense response / intracellular calcium ion homeostasis / chemotaxis / integrin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / response to hypoxia / cell adhesion / endosome / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Atypical chemokine receptor 3 / : / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Atypical chemokine receptor 3 / : / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Atypical chemokine receptor 3 / Stromal cell-derived factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yen YC / Schafer CT / Gustavsson M / Handel TM / Tesmer JJG
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA254402 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI161880 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA221289 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL071818 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA023168 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137505 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117372 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structures of atypical chemokine receptor 3 reveal the basis for its promiscuity and signaling bias.
著者: Yu-Chen Yen / Christopher T Schafer / Martin Gustavsson / Stefanie A Eberle / Pawel K Dominik / Dawid Deneka / Penglie Zhang / Thomas J Schall / Anthony A Kossiakoff / John J G Tesmer / Tracy M Handel /
要旨: Both CXC chemokine receptor 4 (CXCR4) and atypical chemokine receptor 3 (ACKR3) are activated by the chemokine CXCL12 yet evoke distinct cellular responses. CXCR4 is a canonical G protein-coupled ...Both CXC chemokine receptor 4 (CXCR4) and atypical chemokine receptor 3 (ACKR3) are activated by the chemokine CXCL12 yet evoke distinct cellular responses. CXCR4 is a canonical G protein-coupled receptor (GPCR), whereas ACKR3 is intrinsically biased for arrestin. The molecular basis for this difference is not understood. Here, we describe cryo-EM structures of ACKR3 in complex with CXCL12, a more potent CXCL12 variant, and a small-molecule agonist. The bound chemokines adopt an unexpected pose relative to those established for CXCR4 and observed in other receptor-chemokine complexes. Along with functional studies, these structures provide insight into the ligand-binding promiscuity of ACKR3, why it fails to couple to G proteins, and its bias toward β-arrestin. The results lay the groundwork for understanding the physiological interplay of ACKR3 with other GPCRs.
履歴
登録2021年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2022年7月27日-
現状2022年7月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25175.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25175.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-3.3047187 - 4.780656
平均 (標準偏差)-6.762903e-05 (±0.062439233)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex structure of NB-CID25-ACKR3-CXCL12-CCX662

全体名称: Complex structure of NB-CID25-ACKR3-CXCL12-CCX662
要素
  • 複合体: Complex structure of NB-CID25-ACKR3-CXCL12-CCX662
    • タンパク質・ペプチド: Atypical chemokine receptor 3
    • タンパク質・ペプチド: Stromal cell-derived factor 1
    • タンパク質・ペプチド: CID25 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: CID25 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-Fab nanobody
  • リガンド: (1R)-4-[7-(3-carboxypropoxy)-6-methylquinolin-8-yl]-1-{[2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}-1,4-diazepan-1-ium
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Complex structure of NB-CID25-ACKR3-CXCL12-CCX662

超分子名称: Complex structure of NB-CID25-ACKR3-CXCL12-CCX662 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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分子 #1: Atypical chemokine receptor 3

分子名称: Atypical chemokine receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.196406 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GAPDLHLFDY SEPGNFSDIS WPCNSSDCIV VDTVMCPNMP NKSVLLYTLS FIYIFIFVIG MIANSVVVWV NIQAKTTGYD THCYILNLA IADLWVVLTI PVWVVSLVQH NQWPMGELTC KVTHLIFSIN LFGSIFFLTC MSVDRYLSIT YFTNTPSSRK K MVRRVVCI ...文字列:
GAPDLHLFDY SEPGNFSDIS WPCNSSDCIV VDTVMCPNMP NKSVLLYTLS FIYIFIFVIG MIANSVVVWV NIQAKTTGYD THCYILNLA IADLWVVLTI PVWVVSLVQH NQWPMGELTC KVTHLIFSIN LFGSIFFLTC MSVDRYLSIT YFTNTPSSRK K MVRRVVCI LVWLLAFCVS LPDTYYLKTV TSASNNETYC RSFYPEHSIK EWLIGMELVS VVLGFAVPFS IIAVFYFLLA RA ISASSDQ EKHSSRKIIF SYVVVFLVCW LPYHVAVLLD IFSILHYIPF TCRLEHALFT ALHVTQCLSL VHCCVNPVLY SFI NRNYRY ELMKAFIFKY SAKTGLTKLI DASRVSETEY SALEQSTKGR PLEVLFQGPH HHHHHHHHHD YKDDDDK

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分子 #2: Stromal cell-derived factor 1

分子名称: Stromal cell-derived factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.97846 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
KPVSLSYRCP CRFFESHVAR ANVKHLKILN TPNCALQIVA RLKNNNRQVC IDPKLKWIQE YLEKALNK

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分子 #3: CID25 Fab light chain

分子名称: CID25 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.531129 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYYYPLFTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYYYPLFTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #4: CID25 Fab heavy chain

分子名称: CID25 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.461383 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSYSSIHWV RQAPGKGLEW VAYIYSSYGY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARVYPWWYYK YYHGALDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSYSSIHWV RQAPGKGLEW VAYIYSSYGY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARVYPWWYYK YYHGALDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSCDKTHT

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分子 #5: Anti-Fab nanobody

分子名称: Anti-Fab nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.390644 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGRT ISRYAMSWFR QAPGKEREFV AVARRSGDGA FYADSVQGRF TVSRDDAKNT VYLQMNSLK PEDTAVYYCA IDSDTFYSGS YDYWGQGTQV TVSS

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分子 #6: (1R)-4-[7-(3-carboxypropoxy)-6-methylquinolin-8-yl]-1-{[2-(4-hydr...

分子名称: (1R)-4-[7-(3-carboxypropoxy)-6-methylquinolin-8-yl]-1-{[2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}-1,4-diazepan-1-ium
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: GJ9
分子量理論値: 540.697 Da
Chemical component information

ChemComp-GJ9:
(1R)-4-[7-(3-carboxypropoxy)-6-methylquinolin-8-yl]-1-{[2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}-1,4-diazepan-1-ium

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
100.0 mMsodium chlorideNaCl
0.01 %LMNG
0.001 %cholesterol hemisuccinate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 814168
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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