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タイトルStructures of atypical chemokine receptor 3 reveal the basis for its promiscuity and signaling bias.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 8, Issue 28, Page eabn8063, Year 2022
掲載日2022年7月15日
著者Yu-Chen Yen / Christopher T Schafer / Martin Gustavsson / Stefanie A Eberle / Pawel K Dominik / Dawid Deneka / Penglie Zhang / Thomas J Schall / Anthony A Kossiakoff / John J G Tesmer / Tracy M Handel /
PubMed 要旨Both CXC chemokine receptor 4 (CXCR4) and atypical chemokine receptor 3 (ACKR3) are activated by the chemokine CXCL12 yet evoke distinct cellular responses. CXCR4 is a canonical G protein-coupled ...Both CXC chemokine receptor 4 (CXCR4) and atypical chemokine receptor 3 (ACKR3) are activated by the chemokine CXCL12 yet evoke distinct cellular responses. CXCR4 is a canonical G protein-coupled receptor (GPCR), whereas ACKR3 is intrinsically biased for arrestin. The molecular basis for this difference is not understood. Here, we describe cryo-EM structures of ACKR3 in complex with CXCL12, a more potent CXCL12 variant, and a small-molecule agonist. The bound chemokines adopt an unexpected pose relative to those established for CXCR4 and observed in other receptor-chemokine complexes. Along with functional studies, these structures provide insight into the ligand-binding promiscuity of ACKR3, why it fails to couple to G proteins, and its bias toward β-arrestin. The results lay the groundwork for understanding the physiological interplay of ACKR3 with other GPCRs.
リンクSci Adv / PubMed:35857509 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 4.0 Å
構造データ

EMDB-25171, PDB-7sk3:
Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with CXCL12, an intracellular Fab, and an extracellular Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-25172, PDB-7sk4:
Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with chemokine N-terminal mutant CXCL12_LRHQ, an intracellular Fab, and an extracellular Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-25173, PDB-7sk5:
Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with CXCL12 and an intracellular Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-25174, PDB-7sk6:
Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with chemokine N-terminal mutant CXCL12_LRHQ and an intracellular Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-25175, PDB-7sk7:
Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with CXCL12, a small molecule partial agonist CCX662, and an extracellular Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-25176, PDB-7sk8:
Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with CXCL12, a small molecule partial agonist CCX662, an extracellular Fab, and an intracellular Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-25177, PDB-7sk9:
Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with a small molecule partial agonist CCX662, and an intracellular Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

ChemComp-GJ9:
(1R)-4-[7-(3-carboxypropoxy)-6-methylquinolin-8-yl]-1-{[2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}-1,4-diazepan-1-ium

ChemComp-LMN:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 可溶化剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Atypical Chemokine Receptor / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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