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万見
- EMDB-25114: FATKIN domain of the phosphorylated DNA-PKcs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25114
タイトルFATKIN domain of the phosphorylated DNA-PKcs
マップデータ
試料
  • 複合体: DNA-PKcs/KU/Artemis/DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-PKcs
    • タンパク質・ペプチド: Ku70
    • タンパク質・ペプチド: Ku80
    • タンパク質・ペプチド: Protein artemis
    • DNA: Hairpin_1
キーワードKinase / phosphorylation / ATP / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II antigen presentation / Neutrophil degranulation / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / protein autoprocessing / transport vesicle / protein processing / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Liu L / Li J / Chen X / Yang W / Gellert M
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)M.G., DK036167 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)W.Y., DK036147 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK036144 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Autophosphorylation transforms DNA-PK from protecting to processing DNA ends.
著者: Lan Liu / Xuemin Chen / Jun Li / Huaibin Wang / Christopher J Buehl / Noah J Goff / Katheryn Meek / Wei Yang / Martin Gellert /
要旨: The DNA-dependent protein kinase (DNA-PK) initially protects broken DNA ends but then promotes their processing during non-homologous end joining (NHEJ). Before ligation by NHEJ, DNA hairpin ends ...The DNA-dependent protein kinase (DNA-PK) initially protects broken DNA ends but then promotes their processing during non-homologous end joining (NHEJ). Before ligation by NHEJ, DNA hairpin ends generated during V(D)J recombination must be opened by the Artemis nuclease, together with autophosphorylated DNA-PK. Structures of DNA-PK bound to DNA before and after phosphorylation, and in complex with Artemis and a DNA hairpin, reveal an essential functional switch. When bound to open DNA ends in its protection mode, DNA-PK is inhibited for cis-autophosphorylation of the so-called ABCDE cluster but activated for phosphorylation of other targets. In contrast, DNA hairpin ends promote cis-autophosphorylation. Phosphorylation of four Thr residues in ABCDE leads to gross structural rearrangement of DNA-PK, widening the DNA binding groove for Artemis recruitment and hairpin cleavage. Meanwhile, Artemis locks DNA-PK into the kinase-inactive state. Kinase activity and autophosphorylation of DNA-PK are regulated by different DNA ends, feeding forward to coordinate NHEJ events.
履歴
登録2021年10月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25114.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25114.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 399.84 Å		0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 399.84 Å		0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 399.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.058968525 - 0.124711715
平均 (標準偏差)0.000050537194 (±0.0016166222)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 399.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8330.8330.833
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.840399.840399.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0590.1250.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25114_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_25114_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_25114_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DNA-PKcs/KU/Artemis/DNA complex

全体名称: DNA-PKcs/KU/Artemis/DNA complex
要素
  • 複合体: DNA-PKcs/KU/Artemis/DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-PKcs
    • タンパク質・ペプチド: Ku70
    • タンパク質・ペプチド: Ku80
    • タンパク質・ペプチド: Protein artemis
    • DNA: Hairpin_1

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超分子 #1: DNA-PKcs/KU/Artemis/DNA complex

超分子名称: DNA-PKcs/KU/Artemis/DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: local refinement map of the DNA-PKcs FATKIN domain
分子量理論値: 720 KDa

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分子 #1: DNA-PKcs

分子名称: DNA-PKcs / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGSGAGVRC SLLRLQETLS AADRCGAALA GHQLIRGLGQ ECVLSSSPAV LALQTSLVFS RDFGLLVFVR KSLNSIEFRE CREEILKFL CIFLEKMGQK IAPYSVEIKN TCTSVYTKDR AAKCKIPALD LLIKLLQTFR SSRLMDEFKI GELFSKFYGE L ALKKKIPD ...文字列:
MAGSGAGVRC SLLRLQETLS AADRCGAALA GHQLIRGLGQ ECVLSSSPAV LALQTSLVFS RDFGLLVFVR KSLNSIEFRE CREEILKFL CIFLEKMGQK IAPYSVEIKN TCTSVYTKDR AAKCKIPALD LLIKLLQTFR SSRLMDEFKI GELFSKFYGE L ALKKKIPD TVLEKVYELL GLLGEVHPSE MINNAENLFR AFLGELKTQM TSAVREPKLP VLAGCLKGLS SLLCNFTKSM EE DPQTSRE IFNFVLKAIR PQIDLKRYAV PSAGLRLFAL HASQFSTCLL DNYVSLFEVL LKWCAHTNVE LKKAALSALE SFL KQVSNM VAKNAEMHKN KLQYFMEQFY GIIRNVDSNN KELSIAIRGY GLFAGPCKVI NAKDVDFMYV ELIQRCKQMF LTQT DTGDD RVYQMPSFLQ SVASVLLYLD TVPEVYTPVL EHLVVMQIDS FPQYSPKMQL VCCRAIVKVF LALAAKGPVL RNCIS TVVH QGLIRICSKP VVLPKGPESE SEDHRASGEV RTGKWKVPTY KDYVDLFRHL LSSDQMMDSI LADEAFFSVN SSSESL NHL LYDEFVKSVL KIVEKLDLTL EIQTVGEQEN GDEAPGVWMI PTSDPAANLH PAKPKDFSAF INLVEFCREI LPEKQAE FF EPWVYSFSYE LILQSTRLPL ISGFYKLLSI TVRNAKKIKY FEGVSPKSLK HSPEDPEKYS CFALFVKFGK EVAVKMKQ Y KDELLASCLT FLLSLPHNII ELDVRAYVPA LQMAFKLGLS YTPLAEVGLN ALEEWSIYID RHVMQPYYKD ILPCLDGYL KTSALSDETK NNWEVSALSR AAQKGFNKVV LKHLKKTKNL SSNEAISLEE IRIRVVQMLG SLGGQINKNL LTVTSSDEMM KSYVAWDRE KRLSFAVPFR EMKPVIFLDV FLPRVTELAL TASDRQTKVA ACELLHSMVM FMLGKATQMP EGGQGAPPMY Q LYKRTFPV LLRLACDVDQ VTRQLYEPLV MQLIHWFTNN KKFESQDTVA LLEAILDGIV DPVDSTLRDF CGRCIREFLK WS IKQITPQ QQEKSPVNTK SLFKRLYSLA LHPNAFKRLG ASLAFNNIYR EFREEESLVE QFVFEALVIY MESLALAHAD EKS LGTIQQ CCDAIDHLCR IIEKKHVSLN KAKKRRLPRG FPPSASLCLL DLVKWLLAHC GRPQTECRHK SIELFYKFVP LLPG NRSPN LWLKDVLKEE GVSFLINTFE GGGCGQPSGI LAQPTLLYLR GPFSLQATLC WLDLLLAALE CYNTFIGERT VGALQ VLGT EAQSSLLKAV AFFLESIAMH DIIAAEKCFG TGAAGNRTSP QEGERYNYSK CTVVVRIMEF TTTLLNTSPE GWKLLK KDL CNTHLMRVLV QTLCEPASIG FNIGDVQVMA HLPDVCVNLM KALKMSPYKD ILETHLREKI TAQSIEELCA VNLYGPD AQ VDRSRLAAVV SACKQLHRAG LLHNILPSQS TDLHHSVGTE LLSLVYKGIA PGDERQCLPS LDLSCKQLAS GLLELAFA F GGLCERLVSL LLNPAVLSTA SLGSSQGSVI HFSHGEYFYS LFSETINTEL LKNLDLAVLE LMQSSVDNTK MVSAVLNGM LDQSFRERAN QKHQGLKLAT TILQHWKKCD SWWAKDSPLE TKMAVLALLA KILQIDSSVS FNTSHGSFPE VFTTYISLLA DTKLDLHLK GQAVTLLPFF TSLTGGSLEE LRRVLEQLIV AHFPMQSREF PPGTPRFNNY VDCMKKFLDA LELSQSPMLL E LMTEVLCR EQQHVMEELF QSSFRRIARR GSCVTQVGLL ESVYEMFRKD DPRLSFTRQS FVDRSLLTLL WHCSLDALRE FF STIVVDA IDVLKSRFTK LNESTFDTQI TKKMGYYKIL DVMYSRLPKD DVHAKESKIN QVFHGSCITE GNELTKTLIK LCY DAFTEN MAGENQLLER RRLYHCAAYN CAISVICCVF NELKFYQGFL FSEKPEKNLL IFENLIDLKR RYNFPVEVEV PMER KKKYI EIRKEAREAA NGDSDGPSYM SSLSYLADST LSEEMSQFDF STGVQSYSYS SQDPRPATGR FRRREQRDPT VHDDV LELE MDELNRHECM APLTALVKHM HRSLGPPQGE EDSVPRDLPS WMKFLHGKLG NPIVPLNIRL FLAKLVINTE EVFRPY AKH WLSPLLQLAA SENNGGEGIH YMVVEIVATI LSWTGLATPT GVPKDEVLAN RLLNFLMKHV FHPKRAVFRH NLEIIKT LV ECWKDCLSIP YRLIFEKFSG KDPNSKDNSV GIQLLGIVMA NDLPPYDPQC GIQSSEYFQA LVNNMSFVRY KEVYAAAA E VLGLILRYVM ERKNILEESL CELVAKQLKQ HQNTMEDKFI VCLNKVTKSF PPLADRFMNA VFFLLPKFHG VLKTLCLEV VLCRVEGMTE LYFQLKSKDF VQVMRHRDDE RQKVCLDIIY KMMPKLKPVE LRELLNPVVE FVSHPSTTCR EQMYNILMWI HDNYRDPES ETDNDSQEIF KLAKDVLIQG LIDENPGLQL IIRNFWSHET RLPSNTLDRL LALNSLYSPK IEVHFLSLAT N FLLEMTSM SPDYPNPMFE HPLSECEFQE YTIDSDWRFR STVLTPMFVE (TPO)QASQGTLQT RTQEGSLSAR WPVAGQIRA(TPO) QQ QHDF(TPO)L(TPO) QTADGRSSFD WLTGSSTDPL VDHTSPSSDS LLFAHKRSER LQRAPLKSVG PDFGKKRLGL PGDEVDNKVK GAA GRTDLL RLRRRFMRDQ EKLSLMYARK GVAEQKREKE IKSELKMKQD AQVVLYRSYR HGDLPDIQIK HSSLITPLQA VAQR DPIIA KQLFSSLFSG ILKEMDKFKT LSEKNNITQK LLQDFNRFLN TTFSFFPPFV SCIQDISCQH AALLSLDPAA VSAGC LASL QQPVGIRLLE EALLRLLPAE LPAKRVRGKA RLPPDVLRWV ELAKLYRSIG EYDVLRGIFT SEIGTKQITQ SALLAE ARS DYSEAAKQYD EALNKQDWVD GEPTEAEKDF WELASLDCYN HLAEWKSLEY CSTASIDSEN PPDLNKIWSE PFYQETY LP YMIRSKLKLL LQGEADQSLL TFIDKAMHGE LQKAILELHY SQELSLLYLL QDDVDRAKYY IQNGIQSFMQ NYSSIDVL L HQSRLTKLQS VQALTEIQEF ISFISKQGNL SSQVPLKRLL NTWTNRYPDA KMDPMNIWDD IITNRCFFLS KIEEKLTPL PEDNSMNVDQ DGDPSDRMEV QEQEEDISSL IRSCKFSMKM KMIDSARKQN NFSLAMKLLK ELHKESKTRD DWLVSWVQSY CRLSHCRSR SQGCSEQVLT VLKTVSLLDE NNVSSYLSKN ILAFRDQNIL LGTTYRIIAN ALSSEPACLA EIEEDKARRI L ELSGSSSE DSEKVIAGLY QRAFQHLSEA VQAAEEEAQP PSWSCGPAAG VIDAYMTLAD FCDQQLRKEE ENASVIDSAE LQ AYPALVV EKMLKALKLN SNEARLKFPR LLQIIERYPE ETLSLMTKEI SSVPCWQFIS WISHMVALLD KDQAVAVQHS VEE ITDNYP QAIVYPFIIS SESYSFKDTS TGHKNKEFVA RIKSKLDQGG VIQDFINALD QLSNPELLFK DWSNDVRAEL AKTP VNKKN IEKMYERMYA ALGDPKAPGL GAFRRKFIQT FGKEFDKHFG KGGSKLLRMK LSDFNDITNM LLLKMNKDSK PPGNL KECS PWMSDFKVEF LRNELEIPGQ YDGRGKPLPE YHVRIAGFDE RVTVMASLRR PKRIIIRGHD EREHPFLVKG GEDLRQ DQR VEQLFQVMNG ILAQDSACSQ RALQLRTYSV VPMTSRLGLI EWLENTVTLK DLLLNTMSQE EKAAYLSDPR APPCEYK DW LTKMSGKHDV GAYMLMYKGA NRTETVTSFR KRESKVPADL LKRAFVRMST SPEAFLALRS HFASSHALIC ISHWILGI G DRHLNNFMVA METGGVIGID FGHAFGSATQ FLPVPELMPF RLTRQFINLM LPMKETGLMY SIMVHALRAF RSDPGLLTN TMDVFVKEPS FDWKNFEQKM LKKGGSWIQE INVAEKNWYP RQKICYAKRK LAGANPAVIT CDELLLGHEK APAFRDYVAV ARGSKDHNI RAQEPESGLS EETQVKCLMD QATDPNILGR TWEGWEPWM

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分子 #2: Ku70

分子名称: Ku70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPVMSGWESY YKTEGDEEAE EEQEENLEAS GDYKYSGRDS LIFLVDASKA MFESQSEDEL TPFDMSIQCI QSVYISKIIS SDRDLLAVV FYGTEKDKNS VNFKNIYVLQ ELDNPGAKRI LELDQFKGQQ GQKRFQDMMG HGSDYSLSEV LWVCANLFSD V QFKMSHKR ...文字列:
GPVMSGWESY YKTEGDEEAE EEQEENLEAS GDYKYSGRDS LIFLVDASKA MFESQSEDEL TPFDMSIQCI QSVYISKIIS SDRDLLAVV FYGTEKDKNS VNFKNIYVLQ ELDNPGAKRI LELDQFKGQQ GQKRFQDMMG HGSDYSLSEV LWVCANLFSD V QFKMSHKR IMLFTNEDNP HGNDSAKASR ARTKAGDLRD TGIFLDLMHL KKPGGFDISL FYRDIISIAE DEDLRVHFEE SS KLEDLLR KVRAKETRKR ALSRLKLKLN KDIVISVGIY NLVQKALKPP PIKLYRETNE PVKTKTRTFN TSTGGLLLPS DTK RSQIYG SRQIILEKEE TEELKRFDDP GLMLMGFKPL VLLKKHHYLR PSLFVYPEES LVIGSSTLFS ALLIKCLEKE VAAL CRYTP RRNIPPYFVA LVPQEEELDD QKIQVTPPGF QLVFLPFADD KRKMPFTEKI MATPEQVGKM KAIVEKLRFT YRSDS FENP VLQQHFRNLE ALALDLMEPE QAVDLTLPKV EAMNKRLGSL VDEFKELVYP PDYNPEGKVT KRKHDNEGSG SKRPKV EYS EEELKTHISK GTLGKFTVPM LKEACRAYGL KSGLKKQELL EALTKHFQD

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分子 #3: Ku80

分子名称: Ku80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVRSGNKAAV VLCMDVGFTM SNSIPGIESP FEQAKKVITM FVQRQVFAEN KDEIALVLFG TDGTDNPLSG GDQYQNITVH RHLMLPDFD LLEDIESKIQ PGSQQADFLD ALIVSMDVIQ HETIGKKFEK RHIEIFTDLS SRFSKSQLDI IIHSLKKCDI S LQFFLPFS ...文字列:
MVRSGNKAAV VLCMDVGFTM SNSIPGIESP FEQAKKVITM FVQRQVFAEN KDEIALVLFG TDGTDNPLSG GDQYQNITVH RHLMLPDFD LLEDIESKIQ PGSQQADFLD ALIVSMDVIQ HETIGKKFEK RHIEIFTDLS SRFSKSQLDI IIHSLKKCDI S LQFFLPFS LGKEDGSGDR GDGPFRLGGH GPSFPLKGIT EQQKEGLEIV KMVMISLEGE DGLDEIYSFS ESLRKLCVFK KI ERHSIHW PCRLTIGSNL SIRIAAYKSI LQERVKKTWT VVDAKTLKKE DIQKETVYCL NDDDETEVLK EDIIQGFRYG SDI VPFSKV DEEQMKYKSE GKCFSVLGFC KSSQVQRRFF MGNQVLKVFA ARDDEAAAVA LSSLIHALDD LDMVAIVRYA YDKR ANPQV GVAFPHIKHN YECLVYVQLP FMEDLRQYMF SSLKNSKKYA PTEAQLNAVD ALIDSMSLAK KDEKTDTLED LFPTT KIPN PRFQRLFQCL LHRALHPREP LPPIQQHIWN MLNPPAEVTT KSQIPLSKIK TLFPLIEAKK KDQVTAQEIF QDNHED GPT AKKLKTEQGG AHFSVSSLAE GSVTSVGSVN PAENFRVLVK QKKASFEEAS NQLINHIEQF LDTNETPYFM KSIDCIR AF REEAIKFSEE QRFNNFLKAL QEKVEIKQLN HFWEIVVQDG ITLITKEEAS GSSVTAEEAK KFLAPKDKPS GDTAAVFE E GGDVDDLLDM I

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分子 #4: Protein artemis

分子名称: Protein artemis / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSSFEGQMAE YPTISIDRFD RENLRARAYF LSHCHKDHMK GLRAPTLKRR LECSLKVYLY CSPVTKELLL TSPKYRFWKK RIISIEIET PTQISLVDEA SGEKEEIVVT LLPAGHCPGS VMFLFQGNNG TVLYTGDFRL AQGEAARMEL LHSGGRVKDI Q SVYLDTTF ...文字列:
MSSFEGQMAE YPTISIDRFD RENLRARAYF LSHCHKDHMK GLRAPTLKRR LECSLKVYLY CSPVTKELLL TSPKYRFWKK RIISIEIET PTQISLVDEA SGEKEEIVVT LLPAGHCPGS VMFLFQGNNG TVLYTGDFRL AQGEAARMEL LHSGGRVKDI Q SVYLDTTF CDPRFYQIPS REECLSGVLE LVRSWITRSP YHVVWLNCKA AYGYEYLFTN LSEELGVQVH VNKLDMFRNM PE ILHHLTT DRNTQIHACR HPKAEEYFQW SKLPCGITSR NRIPLHIISI KPSTMWFGER SRKTNVIVRT GESSYRACFS FHS SYSEIK DFLSYLCPVN AYPNVIPVGT TMDKVVEILK PLCRSSQSTE PKYKPLGKLK RARTVHRDSE EEDDYLFDDP LPIP LRHKV PYPETFHPEV FSMTAVSEKQ PEKLRQTPGC CRAECMQSSR FTNFVDCEES NSESEEEVGI PASLQGDLGS VLHLQ KADG DVPQWEVFFK RNDEITDESL ENFPSSTVAG GSQSPKLFSD SDGESTHISS QNSSQSTHIT EQGSQGWDSQ SDTVLL SSQ ERNSGDITSL DKADYRPTIK ENIPASLMEQ NVICPKDTYS DLKSRDKDVT IVPSTGEPTT LSSETHIPEE KSLLNLS TN ADSQSSSDFE VPSTPEAELP KREHLQYLYE KLATGESIAV KKRKCSLLDT AAALEVLFQ

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分子 #5: Hairpin_1

分子名称: Hairpin_1 / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列: (DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG) (DC) (DT)(DT)(DC)(DT)(DG) ...文字列:
(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG) (DC) (DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
25.0 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
100.0 mMPotassium chlorideKCl
1.0 mMDithiothreitol
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

22624

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 161380
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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