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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24844 | |||||||||
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タイトル | Human KATP channel in open conformation, focused on Kir and one SUR, position 3 | |||||||||
マップデータ | focused on Kir and one SUR after sharpening (B-factor: 53.4), position 3 | |||||||||
試料 |
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キーワード | ion channel / KATP / ATP-sensitive potassium channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of neuroblast migration / positive regulation of uterine smooth muscle relaxation / ATP sensitive Potassium channels / Defective ABCC8 can cause hypo- and hyper-glycemias / potassium ion-transporting ATPase complex / positive regulation of tight junction disassembly / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of blood-brain barrier permeability / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity ...negative regulation of neuroblast migration / positive regulation of uterine smooth muscle relaxation / ATP sensitive Potassium channels / Defective ABCC8 can cause hypo- and hyper-glycemias / potassium ion-transporting ATPase complex / positive regulation of tight junction disassembly / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of blood-brain barrier permeability / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / glutamate secretion, neurotransmission / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / cell body fiber / ventricular cardiac muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / positive regulation of potassium ion transport / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / response to pH / inorganic cation transmembrane transport / ankyrin binding / neuromuscular process / negative regulation of glial cell proliferation / response to ATP / response to zinc ion / action potential / potassium ion import across plasma membrane / intracellular glucose homeostasis / response to testosterone / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / intercalated disc / potassium channel activity / axolemma / ABC-type transporter activity / negative regulation of insulin secretion / heat shock protein binding / T-tubule / potassium ion transmembrane transport / negative regulation of angiogenesis / acrosomal vesicle / determination of adult lifespan / response to ischemia / Regulation of insulin secretion / female pregnancy / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / ADP binding / response to insulin / visual learning / potassium ion transport / transmembrane transport / sarcolemma / memory / cellular response to nicotine / synaptic vesicle membrane / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to tumor necrosis factor / nuclear envelope / response to estradiol / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / endosome / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / glutamatergic synapse / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao C / MacKinnon R | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Molecular structure of an open human K channel. 著者: Chen Zhao / Roderick MacKinnon / 要旨: K channels are metabolic sensors that translate intracellular ATP/ADP balance into membrane excitability. The molecular composition of K includes an inward-rectifier potassium channel (Kir) and an ...K channels are metabolic sensors that translate intracellular ATP/ADP balance into membrane excitability. The molecular composition of K includes an inward-rectifier potassium channel (Kir) and an ABC transporter-like sulfonylurea receptor (SUR). Although structures of K have been determined in many conformations, in all cases, the pore in Kir is closed. Here, we describe human pancreatic K (hK) structures with an open pore at 3.1- to 4.0-Å resolution using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). Pore opening is associated with coordinated structural changes within the ATP-binding site and the channel gate in Kir. Conformational changes in SUR are also observed, resulting in an area reduction of contact surfaces between SUR and Kir. We also observe that pancreatic hK exhibits the unique (among inward-rectifier channels) property of PIP-independent opening, which appears to be correlated with a docked cytoplasmic domain in the absence of PIP. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24844.map.gz | 173.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24844-v30.xml emd-24844.xml | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24844_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24844.png | 141.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24844.cif.gz | 6.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24844 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24844 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24844_validation.pdf.gz | 609.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24844_full_validation.pdf.gz | 608.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24844_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24844_validation.cif.gz | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24844 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24844 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24844.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | focused on Kir and one SUR after sharpening (B-factor: 53.4), position 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human KATP channel composed of Kir6.2 (C166S G334D) and SUR1
全体 | 名称: Human KATP channel composed of Kir6.2 (C166S G334D) and SUR1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human KATP channel composed of Kir6.2 (C166S G334D) and SUR1
超分子 | 名称: Human KATP channel composed of Kir6.2 (C166S G334D) and SUR1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 881.87 kDa/nm |
-超分子 #2: Kir6.2 (C166S G334D) subunit of human KATP
超分子 | 名称: Kir6.2 (C166S G334D) subunit of human KATP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: SUR1 subunit of human KATP
超分子 | 名称: SUR1 subunit of human KATP / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
分子 | 名称: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 43.622746 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLSRKGIIPE EYVLTRLAED PAKPRYRARQ RRARFVSKKG NCNVAHKNIR EQGRFLQDVF TTLVDLKWPH TLLIFTMSFL CSWLLFAMA WWLIAFAHGD LAPSEGTAEP CVTSIHSFSS AFLFSIEVQV TIGFGGRMVT EECPLAILIL IVQNIVGLMI N AIMLGSIF ...文字列: MLSRKGIIPE EYVLTRLAED PAKPRYRARQ RRARFVSKKG NCNVAHKNIR EQGRFLQDVF TTLVDLKWPH TLLIFTMSFL CSWLLFAMA WWLIAFAHGD LAPSEGTAEP CVTSIHSFSS AFLFSIEVQV TIGFGGRMVT EECPLAILIL IVQNIVGLMI N AIMLGSIF MKTAQAHRRA ETLIFSKHAV IALRHGRLCF MLRVGDLRKS MIISATIHMQ VVRKTTSPEG EVVPLHQVDI PM ENGVGGN SIFLVAPLII YHVIDANSPL YDLAPSDLHH HQDLEIIVIL EGVVETTGIT TQARTSYLAD EILWGQRFVP IVA EEDGRY SVDYSKFDNT VKVPTPLCTA RQLDEDHSLL EALTLASARG PLRKRSVPMA KAKPKFSISP DSLS UniProtKB: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11 |
-分子 #2: ATP-binding cassette sub-family C member 8
分子 | 名称: ATP-binding cassette sub-family C member 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 177.237266 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGPLAFCGSE NHSAAYRVDQ GVLNNGCFVD ALNVVPHVFL LFITFPILFI GWGSQSSKVH IHHSTWLHFP GHNLRWILTF MLLFVLVCE IAEGILSDGV TESHHLHLYM PAGMAFMAAV TSVVYYHNIE TSNFPKLLIA LLVYWTLAFI TKTIKFVKFL D HAIGFSQL ...文字列: MGPLAFCGSE NHSAAYRVDQ GVLNNGCFVD ALNVVPHVFL LFITFPILFI GWGSQSSKVH IHHSTWLHFP GHNLRWILTF MLLFVLVCE IAEGILSDGV TESHHLHLYM PAGMAFMAAV TSVVYYHNIE TSNFPKLLIA LLVYWTLAFI TKTIKFVKFL D HAIGFSQL RFCLTGLLVI LYGMLLLVEV NVIRVRRYIF FKTPREVKPP EDLQDLGVRF LQPFVNLLSK GTYWWMNAFI KT AHKKPID LRAIGKLPIA MRALTNYQRL CEAFDAQVRK DIQGTQGARA IWQALSHAFG RRLVLSSTFR ILADLLGFAG PLC IFGIVD HLGKENDVFQ PKTQFLGVYF VSSQEFLANA YVLAVLLFLA LLLQRTFLQA SYYVAIETGI NLRGAIQTKI YNKI MHLST SNLSMGEMTA GQICNLVAID TNQLMWFFFL CPNLWAMPVQ IIVGVILLYY ILGVSALIGA AVIILLAPVQ YFVAT KLSQ AQRSTLEYSN ERLKQTNEML RGIKLLKLYA WENIFRTRVE TTRRKEMTSL RAFAIYTSIS IFMNTAIPIA AVLITF VGH VSFFKEADFS PSVAFASLSL FHILVTPLFL LSSVVRSTVK ALVSVQKLSE FLSSAEIREE QCAPHEPTPQ GPASKYQ AV PLRVVNRKRP AREDCRGLTG PLQSLVPSAD GDADNCCVQI MGGYFTWTPD GIPTLSNITI RIPRGQLTMI VGQVGCGK S SLLLAALGEM QKVSGAVFWS SLPDSEIGED PSPERETATD LDIRKRGPVA YASQKPWLLN ATVEENIIFE SPFNKQRYK MVIEACSLQP DIDILPHGDQ TQIGERGINL SGGQRQRISV ARALYQHANV VFLDDPFSAL DIHLSDHLMQ AGILELLRDD KRTVVLVTH KLQYLPHADW IIAMKDGTIQ REGTLKDFQR SECQLFEHWK TLMNRQDQEL EKETVTERKA TEPPQGLSRA M SSRDGLLQ DEEEEEEEAA ESEEDDNLSS MLHQRAEIPW RACAKYLSSA GILLLSLLVF SQLLKHMVLV AIDYWLAKWT DS ALTLTPA ARNCSLSQEC TLDQTVYAMV FTVLCSLGIV LCLVTSVTVE WTGLKVAKRL HRSLLNRIIL APMRFFETTP LGS ILNRFS SDCNTIDQHI PSTLECLSRS TLLCVSALAV ISYVTPVFLV ALLPLAIVCY FIQKYFRVAS RDLQQLDDTT QLPL LSHFA ETVEGLTTIR AFRYEARFQQ KLLEYTDSNN IASLFLTAAN RWLEVRMEYI GACVVLIAAV TSISNSLHRE LSAGL VGLG LTYALMVSNY LNWMVRNLAD MELQLGAVKR IHGLLKTEAE SYEGLLAPSL IPKNWPDQGK IQIQNLSVRY DSSLKP VLK HVNALIAPGQ KIGICGRTGS GKSSFSLAFF RMVDTFEGHI IIDGIDIAKL PLHTLRSRLS IILQDPVLFS GTIRFNL DP ERKCSDSTLW EALEIAQLKL VVKALPGGLD AIITEGGENF SQGQRQLFCL ARAFVRKTSI FIMDEATASI DMATENIL Q KVVMTAFADR TVVTIAHRVH TILSADLVIV LKRGAILEFD KPEKLLSRKD SVFASFVRAD K UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family C member 8 |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6.83 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |