+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24725 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM reconstruction of Form1-N2 nanotube (Form I like) | ||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM of FormI-N2 nanotube | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | helical symmetry / peptide nanotube / self-assembly / DE NOVO PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | Synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang F / Gnewou OM | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Chem Rev / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM of Helical Polymers. 著者: Fengbin Wang / Ordy Gnewou / Armin Solemanifar / Vincent P Conticello / Edward H Egelman / 要旨: While the application of cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to helical polymers in biology has a long history, due to the huge number of helical macromolecular assemblies in viruses, bacteria, ...While the application of cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to helical polymers in biology has a long history, due to the huge number of helical macromolecular assemblies in viruses, bacteria, archaea, and eukaryotes, the use of cryo-EM to study synthetic soft matter noncovalent polymers has been much more limited. This has mainly been due to the lack of familiarity with cryo-EM in the materials science and chemistry communities, in contrast to the fact that cryo-EM was developed as a biological technique. Nevertheless, the relatively few structures of self-assembled peptide nanotubes and ribbons solved at near-atomic resolution by cryo-EM have demonstrated that cryo-EM should be the method of choice for a structural analysis of synthetic helical filaments. In addition, cryo-EM has also demonstrated that the self-assembly of soft matter polymers has enormous potential for polymorphism, something that may be obscured by techniques such as scattering and spectroscopy. These cryo-EM structures have revealed how far we currently are from being able to predict the structure of these polymers due to their chaotic self-assembly behavior. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24725.map.gz | 9.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-24725-v30.xml emd-24725.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24725.png | 109.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24725.cif.gz | 4.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24725 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24725 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24725_validation.pdf.gz | 394.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_24725_full_validation.pdf.gz | 394.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24725_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24725_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24725 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24725 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24725.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM of FormI-N2 nanotube | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : F1-N2 nanotube
全体 | 名称: F1-N2 nanotube |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: F1-N2 nanotube
超分子 | 名称: F1-N2 nanotube / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: F1-N2 nanotube
分子 | 名称: F1-N2 nanotube / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 3.255659 KDa |
配列 | 文字列: QAEILKADAE NNRAYARILE AHAEILKAQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.112 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -83.409 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1000000 |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |