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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24708 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of NTD-directed neutralizing antibody 5-7 in complex with prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Cerutti G / Shapiro L | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2021 タイトル: Neutralizing antibody 5-7 defines a distinct site of vulnerability in SARS-CoV-2 spike N-terminal domain. 著者: Gabriele Cerutti / Yicheng Guo / Pengfei Wang / Manoj S Nair / Yaoxing Huang / Jian Yu / Lihong Liu / Phinikoula S Katsamba / Fabiana Bahna / Eswar R Reddem / Peter D Kwong / David D Ho / ...著者: Gabriele Cerutti / Yicheng Guo / Pengfei Wang / Manoj S Nair / Yaoxing Huang / Jian Yu / Lihong Liu / Phinikoula S Katsamba / Fabiana Bahna / Eswar R Reddem / Peter D Kwong / David D Ho / Zizhang Sheng / Lawrence Shapiro 要旨: Antibodies that potently neutralize SARS-CoV-2 target mainly the receptor-binding domain or the N-terminal domain (NTD). Over a dozen potently neutralizing NTD-directed antibodies have been studied ...Antibodies that potently neutralize SARS-CoV-2 target mainly the receptor-binding domain or the N-terminal domain (NTD). Over a dozen potently neutralizing NTD-directed antibodies have been studied structurally, and all target a single antigenic supersite in NTD (site 1). Here we report the 3.7 Å resolution cryo-EM structure of a potent NTD-directed neutralizing antibody 5-7, which recognizes a site distinct from other potently neutralizing antibodies, inserting a binding loop into an exposed hydrophobic pocket between the two sheets of the NTD β-sandwich. Interestingly, this pocket has been previously identified as the binding site for hydrophobic molecules including heme metabolites, but we observe their presence to not substantially impede 5-7 recognition. Mirroring its distinctive binding, antibody 5-7 retains a distinctive neutralization potency with variants of concern (VOC). Overall, we reveal a hydrophobic pocket in NTD proposed for immune evasion can actually be used by the immune system for recognition. HIGHLIGHTS: Cryo-EM structure of neutralizing antibody 5-7 in complex with SARS CoV-2 spike5-7 recognizes NTD outside of the previously identified antigenic supersite5-7 binds to a site known to ...HIGHLIGHTS: Cryo-EM structure of neutralizing antibody 5-7 in complex with SARS CoV-2 spike5-7 recognizes NTD outside of the previously identified antigenic supersite5-7 binds to a site known to accommodate numerous hydrophobic ligandsStructural basis of 5-7 neutralization tolerance to some variants of concern. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24708.map.gz | 230.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24708-v30.xml emd-24708.xml | 25.8 KB 25.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24708.png | 155 KB | ||
その他 | emd_24708_additional_1.map.gz emd_24708_additional_2.map.gz emd_24708_additional_3.map.gz emd_24708_half_map_1.map.gz emd_24708_half_map_2.map.gz | 229.8 MB 121.9 MB 222 MB 226.4 MB 226.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24708 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24708 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24708_validation.pdf.gz | 798.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24708_full_validation.pdf.gz | 798.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24708_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24708_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24708 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24708 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24708.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Local refinement map
ファイル | emd_24708_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_24708_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Density-modified composite map: global and local refinement maps...
ファイル | emd_24708_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Density-modified composite map: global and local refinement maps combined | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_24708_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_24708_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with 5-7 Fab
全体 | 名称: Prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with 5-7 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with 5-7 Fab
超分子 | 名称: Prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with 5-7 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.399375 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSA WSHP QFEK |
-分子 #2: 5-7 heavy chain
分子 | 名称: 5-7 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 27.018072 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYYMHWVRQA PGQGLEWMGV INPSGGSTSY AEKFRGRVTM TRDTSTSTVY MELSSLRSE DTAVYYCARD REPHSDSSGY WDSLKYYYYY ALDVWGQGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL G CLVKDYFP ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYYMHWVRQA PGQGLEWMGV INPSGGSTSY AEKFRGRVTM TRDTSTSTVY MELSSLRSE DTAVYYCARD REPHSDSSGY WDSLKYYYYY ALDVWGQGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL G CLVKDYFP EPVTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD KT HHHHHHH H |
-分子 #3: 5-7 light chain
分子 | 名称: 5-7 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.220752 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AIQLTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGIS SYLAWYQQKP GKAPELLIYA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QLNTYPFTFG PGTKVDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: AIQLTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGIS SYLAWYQQKP GKAPELLIYA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QLNTYPFTFG PGTKVDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 48 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 4.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 50866 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-7rw2: |