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- EMDB-24704: Metazoan pre-targeting GET complex with SGTA (partly masked) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24704
タイトルMetazoan pre-targeting GET complex with SGTA (partly masked)
マップデータsharpened partly masked cBUGGS
試料
  • 複合体: metazoan pre-targeting GET complex cBUGG-in
機能・相同性
機能・相同性情報


BAT3 complex / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / NK T cell activation / GET complex / ubiquitin-like protein transferase activity / maintenance of unfolded protein / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / protein carrier chaperone / positive regulation of ERAD pathway / synaptonemal complex assembly ...BAT3 complex / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / NK T cell activation / GET complex / ubiquitin-like protein transferase activity / maintenance of unfolded protein / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / protein carrier chaperone / positive regulation of ERAD pathway / synaptonemal complex assembly / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / internal peptidyl-lysine acetylation / misfolded protein binding / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / natural killer cell activation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / proteasome binding / ubiquitin-specific protease binding / regulation of embryonic development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / polyubiquitin modification-dependent protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / proteasomal protein catabolic process / synapse assembly / ERAD pathway / negative regulation of proteolysis / Hsp70 protein binding / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / lung development / molecular function activator activity / kidney development / brain development / regulation of protein stability / protein modification process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein-folding chaperone binding / ribosome binding / chromosome / chromatin organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatogenesis / molecular adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell differentiation / protein stabilization / receptor ligand activity / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubl4, C-terminal TUGS domain / UBL4A-like, ubiquitin-like domain / Tethering Ubl4a to BAGS domain / Large proline-rich protein BAG6 / : / BCL2-associated athanogene 6 / Bag6, BAG-similar domain / Golgi to ER traffic protein 4 / Golgi to ER traffic protein 4 / : ...Ubl4, C-terminal TUGS domain / UBL4A-like, ubiquitin-like domain / Tethering Ubl4a to BAGS domain / Large proline-rich protein BAG6 / : / BCL2-associated athanogene 6 / Bag6, BAG-similar domain / Golgi to ER traffic protein 4 / Golgi to ER traffic protein 4 / : / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protein 4A / Large proline-rich protein BAG6 / ATPase GET3 / Golgi to ER traffic protein 4 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Keszei AFA / Yip MCJ
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Other privateSmith Family Foundation 米国
Other privateVallee Scholars Program 米国
David and Lucile Packard Foundation2019-69660 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM137415 米国
American Heart Association287375208 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structural insights into metazoan pretargeting GET complexes.
著者: Alexander F A Keszei / Matthew C J Yip / Ta-Chien Hsieh / Sichen Shao /
要旨: Close coordination between chaperones is essential for protein biosynthesis, including the delivery of tail-anchored (TA) proteins containing a single C-terminal transmembrane domain to the ...Close coordination between chaperones is essential for protein biosynthesis, including the delivery of tail-anchored (TA) proteins containing a single C-terminal transmembrane domain to the endoplasmic reticulum (ER) by the conserved GET pathway. For successful targeting, nascent TA proteins must be promptly chaperoned and loaded onto the cytosolic ATPase Get3 through a transfer reaction involving the chaperone SGTA and bridging factors Get4, Ubl4a and Bag6. Here, we report cryo-electron microscopy structures of metazoan pretargeting GET complexes at 3.3-3.6 Å. The structures reveal that Get3 helix 8 and the Get4 C terminus form a composite lid over the Get3 substrate-binding chamber that is opened by SGTA. Another interaction with Get4 prevents formation of Get3 helix 4, which links the substrate chamber and ATPase domain. Both interactions facilitate TA protein transfer from SGTA to Get3. Our findings show how the pretargeting complex primes Get3 for coordinated client loading and ER targeting.
履歴
登録2021年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月19日-
マップ公開2022年1月19日-
更新2022年1月19日-
現状2022年1月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24704.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24704.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened partly masked cBUGGS
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008 / ムービー #1: 0.008
最小 - 最大-0.01525357 - 0.046339694
平均 (標準偏差)8.7786335e-05 (±0.0009381398)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 297.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8250.8250.825
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z297.000297.000297.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0150.0460.000

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添付データ

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追加マップ: unsharpened partly masked cBUGGS

ファイルemd_24704_additional_1.map
注釈unsharpened partly masked cBUGGS
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: partly masked cBUGGS half1

ファイルemd_24704_half_map_1.map
注釈partly masked cBUGGS half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: partly masked cBUGGS half2

ファイルemd_24704_half_map_2.map
注釈partly masked cBUGGS half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : metazoan pre-targeting GET complex cBUGG-in

全体名称: metazoan pre-targeting GET complex cBUGG-in
要素
  • 複合体: metazoan pre-targeting GET complex cBUGG-in

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超分子 #1: metazoan pre-targeting GET complex cBUGG-in

超分子名称: metazoan pre-targeting GET complex cBUGG-in / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71159
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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