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- EMDB-24674: Seipin forms a flexible cage at lipid droplet formation sites -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24674
タイトルSeipin forms a flexible cage at lipid droplet formation sites
マップデータ
試料
  • 複合体: Seipin; Sei1; Fld1
    • 複合体: Seipin dimer
      • タンパク質・ペプチド: Seipin
キーワードlipid droplets / lipid droplet formation / complex / endoplasmic reticulum / fat storage / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / lipid droplet formation / cortical endoplasmic reticulum / lipid droplet organization / protein localization to lipid droplet / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / lipid droplet / lipid metabolic process / protein localization ...negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / lipid droplet formation / cortical endoplasmic reticulum / lipid droplet organization / protein localization to lipid droplet / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / lipid droplet / lipid metabolic process / protein localization / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Arlt H / Sui X
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124348 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM084210 米国
German Research Foundation (DFG)AR1164/1-1 米国
American Heart AssociationPOST34030308 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Seipin forms a flexible cage at lipid droplet formation sites.
著者: Henning Arlt / Xuewu Sui / Brayden Folger / Carson Adams / Xiao Chen / Roman Remme / Fred A Hamprecht / Frank DiMaio / Maofu Liao / Joel M Goodman / Robert V Farese / Tobias C Walther /
要旨: Lipid droplets (LDs) form in the endoplasmic reticulum by phase separation of neutral lipids. This process is facilitated by the seipin protein complex, which consists of a ring of seipin monomers, ...Lipid droplets (LDs) form in the endoplasmic reticulum by phase separation of neutral lipids. This process is facilitated by the seipin protein complex, which consists of a ring of seipin monomers, with a yet unclear function. Here, we report a structure of S. cerevisiae seipin based on cryogenic-electron microscopy and structural modeling data. Seipin forms a decameric, cage-like structure with the lumenal domains forming a stable ring at the cage floor and transmembrane segments forming the cage sides and top. The transmembrane segments interact with adjacent monomers in two distinct, alternating conformations. These conformations result from changes in switch regions, located between the lumenal domains and the transmembrane segments, that are required for seipin function. Our data indicate a model for LD formation in which a closed seipin cage enables triacylglycerol phase separation and subsequently switches to an open conformation to allow LD growth and budding.
履歴
登録2021年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月9日-
マップ公開2022年2月9日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0091
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0091
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rsl
  • 表面レベル: 0.0091
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7rsl
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24674.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24674.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 296 pix.
= 244.2 Å		0.83 Å/pix.
x 296 pix.
= 244.2 Å		0.83 Å/pix.
x 296 pix.
= 244.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0091 / ムービー #1: 0.0091
最小 - 最大-0.014762914 - 0.0376877
平均 (標準偏差)0.0001796108 (±0.0021997513)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ296296296
Spacing296296296
セルA=B=C: 244.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8250.8250.825
M x/y/z296296296
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z244.200244.200244.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ180180180
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS296296296
D min/max/mean-0.0150.0380.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Seipin; Sei1; Fld1

全体名称: Seipin; Sei1; Fld1
要素
  • 複合体: Seipin; Sei1; Fld1
    • 複合体: Seipin dimer
      • タンパク質・ペプチド: Seipin

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超分子 #1: Seipin; Sei1; Fld1

超分子名称: Seipin; Sei1; Fld1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Seipin complex; 10 subunits of monomers (chain A-J) in two alternating conformations
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: HAY60 / Organelle: ER / 細胞中の位置: ER-LD junction
分子量理論値: 66 KDa

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超分子 #2: Seipin dimer

超分子名称: Seipin dimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
詳細: Dimer of seipin monomers in transmembrane segment conformation A and B (chain A and B). That was used to build the oligomer consisting of 5 dimers (10 monomers).
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: HAY60 / Organelle: ER / 細胞中の位置: ER-LD junction

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分子 #1: Seipin

分子名称: Seipin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: HAY60
分子量理論値: 32.623953 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKINVSRPLQ FLQWSSYIVV AFLIQLLIIL PLSILIYHDF YLRLLPADSS NVVPLNTFNI LNGVQFGTKF FQSIKSIPVG TDLPQTIDN GLSQLIPMRD NMEYKLDLNL QLYCQSKTDH LNLDNLLIDV YRGPGPLLGA PGGSNSKDEK IFHTSRPIVC L ALTDSMSP ...文字列:
MKINVSRPLQ FLQWSSYIVV AFLIQLLIIL PLSILIYHDF YLRLLPADSS NVVPLNTFNI LNGVQFGTKF FQSIKSIPVG TDLPQTIDN GLSQLIPMRD NMEYKLDLNL QLYCQSKTDH LNLDNLLIDV YRGPGPLLGA PGGSNSKDEK IFHTSRPIVC L ALTDSMSP QEIEQLGPSR LDVYDEEWLN TIRIEDKISL ESSYETISVF LKTEIAQRNL IIHPESGIKF RMNFEQGLRN LM LRKRFLS YIIGISIFHC IICVLFFITG CTAFIFVRKG QEKSKKHS

UniProtKB: Seipin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTris
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12655 / 平均露光時間: 1.9 sec. / 平均電子線量: 54.59 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 49028
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7rsl:
Seipin forms a flexible cage at lipid droplet formation sites

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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