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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2433 | |||||||||
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タイトル | Amyloid-beta nanotube | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of an amyloid-beta nanotube | |||||||||
試料 |
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キーワード | nanotube / neurodegeneration / prion-dependent synaptotoxicity | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 | |||||||||
データ登録者 | Nicoll AJ / Panico S / Freir DB / Wright D / Terry C / Risse E / Herron CE / O'Malley T / Wadsworth JD / Farrow MA ...Nicoll AJ / Panico S / Freir DB / Wright D / Terry C / Risse E / Herron CE / O'Malley T / Wadsworth JD / Farrow MA / Walsh DM / Saibil HR / Collinge J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013 タイトル: Amyloid-β nanotubes are associated with prion protein-dependent synaptotoxicity. 著者: Andrew J Nicoll / Silvia Panico / Darragh B Freir / Daniel Wright / Cassandra Terry / Emmanuel Risse / Caroline E Herron / Tiernan O'Malley / Jonathan D F Wadsworth / Mark A Farrow / Dominic ...著者: Andrew J Nicoll / Silvia Panico / Darragh B Freir / Daniel Wright / Cassandra Terry / Emmanuel Risse / Caroline E Herron / Tiernan O'Malley / Jonathan D F Wadsworth / Mark A Farrow / Dominic M Walsh / Helen R Saibil / John Collinge / 要旨: Growing evidence suggests water-soluble, non-fibrillar forms of amyloid-β protein (Aβ) have important roles in Alzheimer's disease with toxicities mimicked by synthetic Aβ(1-42). However, no ...Growing evidence suggests water-soluble, non-fibrillar forms of amyloid-β protein (Aβ) have important roles in Alzheimer's disease with toxicities mimicked by synthetic Aβ(1-42). However, no defined toxic structures acting via specific receptors have been identified and roles of proposed receptors, such as prion protein (PrP), remain controversial. Here we quantify binding to PrP of Aβ(1-42) after different durations of aggregation. We show PrP-binding and PrP-dependent inhibition of long-term potentiation (LTP) correlate with the presence of protofibrils. Globular oligomers bind less avidly to PrP and do not inhibit LTP, whereas fibrils inhibit LTP in a PrP-independent manner. That only certain transient Aβ assemblies cause PrP-dependent toxicity explains conflicting reports regarding the involvement of PrP in Aβ-induced impairments. We show that these protofibrils contain a defined nanotubular structure with a previously unidentified triple helical conformation. Blocking the formation of Aβ nanotubes or their interaction with PrP might have a role in treatment of Alzheimer's disease. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2433.map.gz | 241.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2433-v30.xml emd-2433.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2433.png | 116.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2433 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2433 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2433_validation.pdf.gz | 195.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2433_full_validation.pdf.gz | 194.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2433_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2433 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2433 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2433.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 459 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of an amyloid-beta nanotube | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Amyloid-Beta (1-42) nanotube
全体 | 名称: Amyloid-Beta (1-42) nanotube |
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要素 |
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-超分子 #1000: Amyloid-Beta (1-42) nanotube
超分子 | 名称: Amyloid-Beta (1-42) nanotube / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Protofibrils were prepared from synthetic Amyloid-Beta (1-42) peptide. Briefly hexafluoro-2-propanol-trated Amyloid-beta (1-42) was dissolved in DMSO, diluted into phenol red-free Hams-F12 ...詳細: Protofibrils were prepared from synthetic Amyloid-Beta (1-42) peptide. Briefly hexafluoro-2-propanol-trated Amyloid-beta (1-42) was dissolved in DMSO, diluted into phenol red-free Hams-F12 medium, centrifuged and incubated at 22 C for 16 hours. Size of protofibrils ranged from 0.1 to 1 megadaltons 集合状態: protofibrils / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 500 KDa 手法: size-exclusion chromatography with static light scattering |
-分子 #1: Amyloid-beta (1-42)
分子 | 名称: Amyloid-beta (1-42) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | 詳細: phenol red-free Ham's F12 cell medium (2% DMSO) |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein were stained with 2% w/v uranyl acetate for 1 minute |
グリッド | 詳細: Negatively glow discharged 300 mesh copper grid with continuous carbon layer |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: corrected for at specimen level |
日付 | 2011年1月10日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 42986 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 42000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
-画像解析
詳細 | Three-dimensional reconstructions were calculated from extracted, aligned and classified segments and applying helical symmetry, using the pitch independently determined from tomography and single pixel increments in z to generate continuous helices. |
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CTF補正 | 詳細: phase flipping, whole micrograph |
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.26 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 15 ° アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider 詳細: Maps were calculated from individual classes. Final volume is the average of six maps (maps averaged in CHIMERA). Helical pitch repeat was obtained from tomography data. Since the subunit ...詳細: Maps were calculated from individual classes. Final volume is the average of six maps (maps averaged in CHIMERA). Helical pitch repeat was obtained from tomography data. Since the subunit repeat could not be determined, continuous helices were generated. 使用した粒子像数: 155 |
最終 2次元分類 | クラス数: 6 |