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万見
- EMDB-24302: p47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24302
タイトルp47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS
マップデータp47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS
試料
  • 複合体: p47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS
    • タンパク質・ペプチド: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
    • タンパク質・ペプチド: NSFL1 cofactor p47
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードAAA+ ATPase / MOTOR PROTEIN / HYDROLASE / HYDROLASE-Lipid Binding Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOH GTPase cycle / negative regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of mitotic centrosome separation / nuclear membrane reassembly / spindle pole centrosome / flavin adenine dinucleotide catabolic process / VCP-NSFL1C complex / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / Golgi stack ...RHOH GTPase cycle / negative regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of mitotic centrosome separation / nuclear membrane reassembly / spindle pole centrosome / flavin adenine dinucleotide catabolic process / VCP-NSFL1C complex / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / Golgi stack / BAT3 complex binding / cytoplasmic ubiquitin ligase complex / cellular response to arsenite ion / protein-DNA covalent cross-linking repair / Derlin-1 retrotranslocation complex / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / deubiquitinase activator activity / cytoplasm protein quality control / positive regulation of oxidative phosphorylation / aggresome assembly / ubiquitin-modified protein reader activity / regulation of protein localization to chromatin / cellular response to misfolded protein / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / positive regulation of mitochondrial membrane potential / vesicle-fusing ATPase / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / NAD+ metabolic process / regulation of aerobic respiration / retrograde protein transport, ER to cytosol / stress granule disassembly / ATPase complex / ubiquitin-specific protease binding / establishment of mitotic spindle orientation / Golgi organization / regulation of synapse organization / ciliary transition zone / positive regulation of ATP biosynthetic process / ubiquitin-like protein ligase binding / intracellular membrane-bounded organelle / RHOH GTPase cycle / MHC class I protein binding / autophagosome maturation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of hippo signaling / HSF1 activation / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome assembly / interstrand cross-link repair / ATP metabolic process / translesion synthesis / Attachment and Entry / Protein methylation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / negative regulation of protein localization to chromatin / proteasomal protein catabolic process / lipid droplet / ciliary tip / proteasome complex / viral genome replication / Josephin domain DUBs / macroautophagy / negative regulation of smoothened signaling pathway / ubiquitin binding / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / establishment of protein localization / positive regulation of protein-containing complex assembly / Hh mutants are degraded by ERAD / Hedgehog ligand biogenesis / Translesion Synthesis by POLH / Defective CFTR causes cystic fibrosis / ADP binding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / ABC-family protein mediated transport / autophagy / cytoplasmic stress granule / Aggrephagy / positive regulation of protein catabolic process / azurophil granule lumen / Ovarian tumor domain proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / double-strand break repair / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to heat / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / chromosome / site of double-strand break / ATPase binding / Neddylation / secretory granule lumen / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / ficolin-1-rich granule lumen / ubiquitin-dependent protein catabolic process / membrane fusion / Attachment and Entry / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
SEP domain / NSFL1 cofactor p47, SEP domain superfamily / SEP domain / SEP domain profile. / Domain present in Saccharomyces cerevisiae Shp1, Drosophila melanogaster eyes closed gene (eyc), and vertebrate p47. / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain / UBX domain profile. / UBA-like domain ...SEP domain / NSFL1 cofactor p47, SEP domain superfamily / SEP domain / SEP domain profile. / Domain present in Saccharomyces cerevisiae Shp1, Drosophila melanogaster eyes closed gene (eyc), and vertebrate p47. / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain / UBX domain profile. / UBA-like domain / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / : / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / UBA-like superfamily / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ubiquitin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NSFL1 cofactor p47 / Transitional endoplasmic reticulum ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.23 Å
データ登録者Nandi P / Li S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS102279 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Analysis of Disease-Linked p97 ATPase Mutant Complexes.
著者: Purbasha Nandi / Shan Li / Rod Carlo A Columbres / Feng Wang / Dewight R Williams / Yu-Ping Poh / Tsui-Fen Chou / Po-Lin Chiu /
要旨: IBMPFD/ALS is a genetic disorder caused by a single amino acid mutation on the p97 ATPase, promoting ATPase activity and cofactor dysregulation. The disease mechanism underlying p97 ATPase ...IBMPFD/ALS is a genetic disorder caused by a single amino acid mutation on the p97 ATPase, promoting ATPase activity and cofactor dysregulation. The disease mechanism underlying p97 ATPase malfunction remains unclear. To understand how the mutation alters the ATPase regulation, we assembled a full-length p97 with its p47 cofactor and first visualized their structures using single-particle cryo-EM. More than one-third of the population was the dodecameric form. Nucleotide presence dissociates the dodecamer into two hexamers for its highly elevated function. The N-domains of the p97 mutant all show up configurations in ADP- or ATPS-bound states. Our functional and structural analyses showed that the p47 binding is likely to impact the p97 ATPase activities via changing the conformations of arginine fingers. These functional and structural analyses underline the ATPase dysregulation with the miscommunication between the functional modules of the p97.
履歴
登録2021年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月4日-
マップ公開2021年8月4日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7r7s
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24302.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24302.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈p47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.41 Å/pix.
x 240 pix.
= 339.12 Å		1.41 Å/pix.
x 240 pix.
= 339.12 Å		1.41 Å/pix.
x 240 pix.
= 339.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.413 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.086 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.2829055 - 0.7998169
平均 (標準偏差)0.0002974616 (±0.029934788)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 339.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4131.4131.413
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z339.120339.120339.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ232232232
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.2830.8000.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : p47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS

全体名称: p47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS
要素
  • 複合体: p47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS
    • タンパク質・ペプチド: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
    • タンパク質・ペプチド: NSFL1 cofactor p47
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: p47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS

超分子名称: p47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: p47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 723 KDa

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分子 #1: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

分子名称: Transitional endoplasmic reticulum ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: vesicle-fusing ATPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.417773 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASGADSKGD DLSTAILKQK NRPNRLIVDE AINEDNSVVS LSQPKMDELQ LFRGDTVLLK GKKRREAVCI VLSDDTCSDE KIRMNRVVR NNLRVRLGDV ISIQPCPDVK YGKRIHVLPI DDTVEGITGN LFEVYLKPYF LEAYRPIRKG DIFLVHGGMR A VEFKVVET ...文字列:
MASGADSKGD DLSTAILKQK NRPNRLIVDE AINEDNSVVS LSQPKMDELQ LFRGDTVLLK GKKRREAVCI VLSDDTCSDE KIRMNRVVR NNLRVRLGDV ISIQPCPDVK YGKRIHVLPI DDTVEGITGN LFEVYLKPYF LEAYRPIRKG DIFLVHGGMR A VEFKVVET DPSPYCIVAP DTVIHCEGEP IKREDEEESL NEVGYDDIGG CRKQLAQIKE MVELPLRHPA LFKAIGVKPP RG ILLYGPP GTGKTLIARA VANETGAFFF LINGPEIMSK LAGESESNLR KAFEEAEKNA PAIIFIDELD AIAPKREKTH GEV ERRIVS QLLTLMDGLK QRAHVIVMAA TNRPNSIDPA LRRFGRFDRE VDIGIPDATG RLEILQIHTK NMKLADDVDL EQVA NETHG HVGADLAALC SEAALQAIRK KMDLIDLEDE TIDAEVMNSL AVTMDDFRWA LSQSNPSALR ETVVEVPQVT WEDIG GLED VKRELQELVQ YPVEHPDKFL KFGMTPSKGV LFYGPPGCGK TLLAKAIANE CQANFISIKG PELLTMWFGE SEANVR EIF DKARQAAPCV LFFDELDSIA KARGGNIGDG GGAADRVINQ ILTEMDGMST KKNVFIIGAT NRPDIIDPAI LRPGRLD QL IYIPLPDEKS RVAILKANLR KSPVAKDVDL EFLAKMTNGF SGADLTEICQ RACKLAIRES IESEIRRERE RQTNPSAM E VEEDDPVPEI RRDHFEEAMR FARRSVSDND IRKYEMFAQT LQQSRGFGSF RFPSGNQGGA GPSQGSGGGT GGSVYTEDN DDDLYG

UniProtKB: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

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分子 #2: NSFL1 cofactor p47

分子名称: NSFL1 cofactor p47 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 40.731855 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAEERQDALR EFVAVTGAEE DRARFFLESA GWDLQIALAS FYEDGGDEDI VTISQATPSS VSRGTAPSDN RVTSFRDLIH DQDEEEEEE EGQRFYAGGS ERSGQQIVGP PRKKSPNELV DDLFKGAKEH GAVAVERVTK SPGETSKPRP FAGGGYRLGA A PEEESAYV ...文字列:
MAEERQDALR EFVAVTGAEE DRARFFLESA GWDLQIALAS FYEDGGDEDI VTISQATPSS VSRGTAPSDN RVTSFRDLIH DQDEEEEEE EGQRFYAGGS ERSGQQIVGP PRKKSPNELV DDLFKGAKEH GAVAVERVTK SPGETSKPRP FAGGGYRLGA A PEEESAYV AGERRRHSGQ DVHVVLKLWK TGFSLDNGDL RSYQDPSNAQ FLESIRRGEV PAELRRLAHG GQVNLDMEDH RD EDFVKPK GAFKAFTGEG QKLGSTAPQV LNTSSPAQQA ENEAKASSSI LINEAEPTTN IQIRLADGGR LVQKFNHSHR ISD IRLFIV DARPAMAATS FVLMTTFPNK ELADENQTLK EANLLNAVIV QRLT

UniProtKB: NSFL1 cofactor p47

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分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMTCEPTCEP
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: The grid was blotted for 6 seconds..
詳細The protein sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Coma free - Residual tilt: 0.001 mrad
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 2796 / 平均電子線量: 44.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm / 倍率（公称値）: 48077
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 401303
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 63353
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5ftn


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 124.8 / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-7r7s:
p47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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