+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24115 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of TAX-4_R421W apo open state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of carbon dioxide / detection of chemical stimulus involved in sensory perception / ciliary inversin compartment / Activation of the phototransduction cascade / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / VxPx cargo-targeting to cilium / thermosensory behavior / positive regulation of growth rate / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / olfactory behavior ...detection of carbon dioxide / detection of chemical stimulus involved in sensory perception / ciliary inversin compartment / Activation of the phototransduction cascade / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / VxPx cargo-targeting to cilium / thermosensory behavior / positive regulation of growth rate / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / olfactory behavior / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / aerotaxis / chemosensory behavior / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / response to oxygen levels / cation channel complex / thermotaxis / multicellular organismal reproductive process / non-motile cilium / regulation of axon extension / regulation of neuron differentiation / negative regulation of cGMP-mediated signaling / monoatomic cation transmembrane transport / voltage-gated potassium channel activity / phototransduction / cGMP binding / response to hyperoxia / neuron projection morphogenesis / calcium-mediated signaling / 走化性 / 樹状突起 / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng X / Li H / Hu Z / Su D / Yang J | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: Structural and functional characterization of an achromatopsia-associated mutation in a phototransduction channel. 著者: Xiangdong Zheng / Huan Li / Zhengshan Hu / Deyuan Su / Jian Yang / 要旨: Numerous missense mutations in cyclic nucleotide-gated (CNG) channels cause achromatopsia and retinitis pigmentosa, but the underlying pathogenic mechanisms are often unclear. We investigated the ...Numerous missense mutations in cyclic nucleotide-gated (CNG) channels cause achromatopsia and retinitis pigmentosa, but the underlying pathogenic mechanisms are often unclear. We investigated the structural basis and molecular/cellular effects of R410W, an achromatopsia-associated, presumed loss-of-function mutation in human CNGA3. Cryo-EM structures of the Caenorhabditis elegans TAX-4 CNG channel carrying the analogous mutation, R421W, show that most apo channels are open. R421, located in the gating ring, interacts with the S4 segment in the closed state. R421W disrupts this interaction, destabilizes the closed state, and stabilizes the open state. CNGA3_R410W/CNGB3 and TAX4_R421W channels are spontaneously active without cGMP and induce cell death, suggesting cone degeneration triggered by spontaneous CNG channel activity as a possible cause of achromatopsia. Our study sheds new light on CNG channel allosteric gating, provides an impetus for a reevaluation of reported loss-of-function CNG channel missense disease mutations, and has implications for mutation-specific treatment of retinopathy. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24115.map.gz | 93.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-24115-v30.xml emd-24115.xml | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24115.png | 179.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24115 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24115 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24115.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cyclic nucleotide-gated channel TAX-4 with R421W mutation
全体 | 名称: Cyclic nucleotide-gated channel TAX-4 with R421W mutation |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Cyclic nucleotide-gated channel TAX-4 with R421W mutation
超分子 | 名称: Cyclic nucleotide-gated channel TAX-4 with R421W mutation タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Cyclic nucleotide-gated cation channel
分子 | 名称: Cyclic nucleotide-gated cation channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 84.334914 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GGGGSMSTAE PAPDPTNPST SGLAPTTNGI GSPPPTASAA TKFSILTKFL RRKNQVHTTT AQQNEFMQKY MPNGNSNAVQ PAATGGQPA SSDGGSAIEV PPPKESYAVR IRKYLANYTQ DPSTDNFYYW TCVVTVAYIY NLLFVIARQV FNDLIGPSSQ S LCRFYNGT ...文字列: GGGGSMSTAE PAPDPTNPST SGLAPTTNGI GSPPPTASAA TKFSILTKFL RRKNQVHTTT AQQNEFMQKY MPNGNSNAVQ PAATGGQPA SSDGGSAIEV PPPKESYAVR IRKYLANYTQ DPSTDNFYYW TCVVTVAYIY NLLFVIARQV FNDLIGPSSQ S LCRFYNGT LNSTTQVECT YNMLTNMKEM PTYSQYPDLG WSKYWHFRML WVFFDLLMDC VYLIDTFLNY RMGYMDQGLV VR EAEKVTK AYWQSKQYRI DGISLIPLDY ILGWPIPYIN WRGLPILRLN RLIRYKRVRN CLERTETRSS MPNAFRVVVV VWY IVIIIH WNACLYFWIS EWIGLGTDAW VYGHLNKQSL PDDITDTLLR RYVYSFYWST LILTTIGEVP SPVRNIEYAF VTLD LMCGV LIFATIVGNV GSMISNMSAA WTEFQNKMDG IKQYMELRKV SKQLEIRVIK WFDYLWTNKQ SLSDQQVLKV LPDKL QAEI AMQVHFETLR KVRIFQDCEA GLLAELVLKL QLQVFSPGDF ICKKGDIGRE MYIVKRGRLQ VVDDDGKKVF VTLQEG SVF GELSILNIAG SKNGNRRTAN VRSVGYTDLF VLSKTDLWNA LREYPDARKL LLAKGREILK KDNLLDENAP EEQKTVE EI AEHLNNAVKV LQTRMARLIV EHSSTEGKLM KRIEMLEKHL SRYKALARRQ KTMHGVSIDG GDISTDGVDE RVRPPRLR Q TKTIDLPTGT ESESLLK |
-分子 #2: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: CPL |
---|---|
分子量 | 理論値: 758.06 Da |
Chemical component information | ChemComp-CPL: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1679420 |
---|---|
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 100919 |