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- EMDB-23925: Cryo-EM structure of human HUWE1 in complex with DDIT4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23925
タイトルCryo-EM structure of human HUWE1 in complex with DDIT4
マップデータmain map from Relion PostProcess
試料
  • 細胞器官・細胞要素: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 in complex with DDIT4
    • 細胞器官・細胞要素: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
    • 細胞器官・細胞要素: DNA damage-inducible transcript 4 protein
      • タンパク質・ペプチド: DNA damage-inducible transcript 4 protein
キーワードUbiquitin / Quality Control / E3 ligase / protein degradation / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Apoptosis complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-containing complex disassembly / histone ubiquitin ligase activity / negative regulation of mitochondrial fusion / : / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Golgi organization / protein monoubiquitination ...protein-containing complex disassembly / histone ubiquitin ligase activity / negative regulation of mitochondrial fusion / : / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Golgi organization / protein monoubiquitination / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / 14-3-3 protein binding / cellular response to dexamethasone stimulus / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of protein ubiquitination / TP53 Regulates Metabolic Genes / circadian regulation of gene expression / neuron migration / brain development / base-excision repair / neuron differentiation / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / membrane fusion / cell differentiation / response to hypoxia / intracellular signal transduction / Golgi membrane / Neutrophil degranulation / apoptotic process / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RTP801-like / RTP801-like, C-terminal domain superfamily / RTP801 C-terminal region / HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / WWE domain / UBA-like domain ...RTP801-like / RTP801-like, C-terminal domain superfamily / RTP801 C-terminal region / HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / WWE domain / UBA-like domain / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 / DNA damage-inducible transcript 4 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hunkeler M / Fischer ES
資金援助 米国, スイス, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA2144608 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA218278 米国
Swiss National Science Foundation174331 スイス
Swiss National Science Foundation191053 スイス
Other privateDRR-50-18 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Solenoid architecture of HUWE1 contributes to ligase activity and substrate recognition.
著者: Moritz Hunkeler / Cyrus Y Jin / Michelle W Ma / Julie K Monda / Daan Overwijn / Eric J Bennett / Eric S Fischer /
要旨: HECT ubiquitin ligases play essential roles in metazoan development and physiology. The HECT ligase HUWE1 is central to the cellular stress response by mediating degradation of key death or survival ...HECT ubiquitin ligases play essential roles in metazoan development and physiology. The HECT ligase HUWE1 is central to the cellular stress response by mediating degradation of key death or survival factors, including Mcl1, p53, DDIT4, and Myc. Although mutations in HUWE1 and related HECT ligases are widely implicated in human disease, our molecular understanding remains limited. Here we present a comprehensive investigation of full-length HUWE1, deepening our understanding of this class of enzymes. The N-terminal ∼3,900 amino acids of HUWE1 are indispensable for proper ligase function, and our cryo-EM structures of HUWE1 offer a complete molecular picture of this large HECT ubiquitin ligase. HUWE1 forms an alpha solenoid-shaped assembly with a central pore decorated with protein interaction modules. Structures of HUWE1 variants linked to neurodevelopmental disorders as well as of HUWE1 bound to a model substrate link the functions of this essential enzyme to its three-dimensional organization.
履歴
登録2021年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mop
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23925.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23925.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map from Relion PostProcess
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 364 pix.
= 300.3 Å		0.83 Å/pix.
x 364 pix.
= 300.3 Å		0.83 Å/pix.
x 364 pix.
= 300.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.050253604 - 0.09588883
平均 (標準偏差)0.00016215158 (±0.0019197282)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ364364364
Spacing364364364
セルA=B=C: 300.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8250.8250.825
M x/y/z364364364
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.300300.300300.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1331310
NX/NY/NZ223226424
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS364364364
D min/max/mean-0.0500.0960.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23925_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: main map postprocessed with deepEMhancer

ファイルemd_23925_additional_1.map
注釈main map postprocessed with deepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1 from Relion refine

ファイルemd_23925_half_map_1.map
注釈half map 1 from Relion refine
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 from Relion refine

ファイルemd_23925_half_map_2.map
注釈half map 2 from Relion refine
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 in complex with DDIT4

全体名称: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 in complex with DDIT4
要素
  • 細胞器官・細胞要素: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 in complex with DDIT4
    • 細胞器官・細胞要素: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
    • 細胞器官・細胞要素: DNA damage-inducible transcript 4 protein
      • タンパク質・ペプチド: DNA damage-inducible transcript 4 protein

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超分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 in complex with DDIT4

超分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 in complex with DDIT4
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: full length
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28 KDa

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超分子 #2: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1

超分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: full length
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: DNA damage-inducible transcript 4 protein

超分子名称: DNA damage-inducible transcript 4 protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: full length
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: HECT-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 486.409531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKL AAANSSIDLI STSLYKKAGF KGTNSVDMKV DRTKLKKTPT EAPADCRALI DKLKVCNDEQ LLLELQQIKT WNIGKCELY HWVDLLDRFD GILADAGQTV ENMSWMLVCD RPEREQLKML LLAVLNFTAL LIEYSFSRHL YSSIEHLTTL L ASSDMQVV ...文字列:
MDYKDDDDKL AAANSSIDLI STSLYKKAGF KGTNSVDMKV DRTKLKKTPT EAPADCRALI DKLKVCNDEQ LLLELQQIKT WNIGKCELY HWVDLLDRFD GILADAGQTV ENMSWMLVCD RPEREQLKML LLAVLNFTAL LIEYSFSRHL YSSIEHLTTL L ASSDMQVV LAVLNLLYVF SKRSNYITRL GSDKRTPLLT RLQHLAESWG GKENGFGLAE CCRDLHMMKY PPSATTLHFE FY ADPGAEV KIEKRTTSNT LHYIHIEQLD KISESPSEIM ESLTKMYSIP KDKQMLLFTH IRLAHGFSNH RKRLQAVQAR LHA ISILVY SNALQESANS ILYNGLIEEL VDVLQITDKQ LMEIKAASLR TLTSIVHLER TPKLSSIIDC TGTASYHGFL PVLV RNCIQ AMIDPSMDPY PHQFATALFS FLYHLASYDA GGEALVSCGM MEALLKVIKF LGDEQDQITF VTRAVRVVDL ITNLD MAAF QSHSGLSIFI YRLEHEVDLC RKECPFVIKP KIQRPNTTQE GEEMETDMDG VQCIPQRAAL LKSMLNFLKK AIQDPA FSD GIRHVMDGSL PTSLKHIISN AEYYGPSLFL LATEVVTVFV FQEPSLLSSL QDNGLTDVML HALLIKDVPA TREVLGS LP NVFSALCLNA RGLQSFVQCQ PFERLFKVLL SPDYLPAMRR RRSSDPLGDT ASNLGSAVDE LMRHQPTLKT DATTAIIK L LEEICNLGRD PKYICQKPSI QKADGTATAP PPRSNHAAEE ASSEDEEEEE VQAMQSFNST QQNETEPNQQ VVGTEERIP IPLMDYILNV MKFVESILSN NTTDDHCQEF VNQKGLLPLV TILGLPNLPI DFPTSAACQA VAGVCKSILT LSHEPKVLQE GLLQLDSIL SSLEPLHRPI ESPGGSVLLR ELACAGNVAD ATLSAQATPL LHALTAAHAY IMMFVHTCRV GQSEIRSISV N QWGSQLGL SVLSKLSQLY CSLVWESTVL LSLCTPNSLP SGCEFGQADM QKLVPKDEKA GTTQGGKRSD GEQDGAAGSM DA STQGLLE GIGLDGDTLA PMETDEPTAS DSKGKSKITP AMAARIKQIK PLLSASSRLG RALAELFGLL VKLCVGSPVR QRR SHHAAS TTTAPTPAAR STASALTKLL TKGLSWQPPP YTPTPRFRLT FFICSVGFTS PMLFDERKYP YHLMLQKFLC SGGH NALFE TFNWALSMGG KVPVSEGLEH SDLPDGTGEF LDAWLMLVEK MVNPTTVLES PHSLPAKLPG GVQNFPQFSA LRFLV VTQK AAFTCIKNLW NRKPLKVYGG RMAESMLAIL CHILRGEPVI RERLSKEKEG SRGEEDTGQE EGGSRREPQV NQQQLQ QLM DMGFTREHAM EALLNTSTME QATEYLLTHP PPIMGGVVRD LSMSEEDQMM RAIAMSLGQD IPMDQRAESP EEVACRK EE EERKAREKQE EEEAKCLEKF QDADPLEQDE LHTFTDTMLP GCFHLLDELP DTVYRVCDLI MTAIKRNGAD YRDMILKQ V VNQVWEAADV LIKAALPLTT SDTKTVSEWI SQMATLPQAS NLATRILLLT LLFEELKLPC AWVVESSGIL NVLIKLLEV VQPCLQAAKE QKEVQTPKWI TPVLLLIDFY EKTAISSKRR AQMTKYLQSN SNNWRWFDDR SGRWCSYSAS NNSTIDSAWK SGETSVRFT AGRRRYTVQF TTMVQVNEET GNRRPVMLTL LRVPRLNKNS KNSNGQELEK TLEESKEMDI KRKENKGNDT P LALESTNT EKETSLEETK IGEILIQGLT EDMVTVLIRA CVSMLGVPVD PDTLHATLRL CLRLTRDHKY AMMFAELKST RM ILNLTQS SGFNGFTPLV TLLLRHIIED PCTLRHTMEK VVRSAATSGA GSTTSGVVSG SLGSREINYI LRVLGPAACR NPD IFTEVA NCCIRIALPA PRGSGTASDD EFENLRIKGP NAVQLVKTTP LKPSPLPVIP DTIKEVIYDM LNALAAYHAP EEAD KSDPK PGVMTQEVGQ LLQDMGDDVY QQYRSLTRQS SDFDTQSGFS INSQVFAADG ASTETSASGT SQGEASTPEE SRDGK KDKE GDRASEEGKQ KGKGSKPLMP TSTILRLLAE LVRSYVGIAT LIANYSYTVG QSELIKEDCS VLAFVLDHLL PHTQNA EDK DTPALARLFL ASLAAAGSGT DAQVALVNEV KAALGRALAM AESTEKHARL QAVMCIISTI MESCPSTSSF YSSATAK TQ HNGMNNIIRL FLKKGLVNDL ARVPHSLDLS SPNMANTVNA ALKPLETLSR IVNQPSSLFG SKSASSKNKS EQDAQGAS Q DSSSNQQDPG EPGEAEVQEE DHDVTQTEVA DGDIMDGEAE TDSVVIAGQP EVLSSQEMQV ENELEDLIDE LLERDGGSG NSTIIVSRSG EDESQEDVLM DEAPSNLSQA STLQANREDS MNILDPEDEE EHTQEEDSSG SNEDEDDSQD EEEEEEEDEE DDQEDDEGE EGDEDDDDDG SEMELDEDYP DMNASPLVRF ERFDREDDLI IEFDNMFSSA TDIPPSPGNI PTTHPLMVRH A DHSSLTLG SGSSTTRLTQ GIGRSQRTLR QLTANTGHTI HVHYPGNRQP NPPLILQRLL GPSAAADILQ LSSSLPLQSR GR ARLLVGN DDVHIIARSD DELLDDFFHD QSTATSQAGT LSSIPTALTR WTEECKVLDA ESMHDCVSVV KVSIVNHLEF LRD EELEER REKRRKQLAE EETKITDKGK EDKENRDQSA QCTASKSNDS TEQNLSDGTP MPDSYPTTPS STDAATSESK ETLG TLQSS QQQPTLPTPP ALGEVPQELQ SPAGEGGSST QLLMPVEPEE LGPTRPSGEA ETTQMELSPA PTITSLSPER AEDSD ALTA VSSQLEGSPM DTSSLASCTL EEAVGDTSAA GSSEQPRAGS STPGDAPPAV AEVQGRSDGS GESAQPPEDS SPPASS ESS STRDSAVAIS GADSRGILEE PLPSTSSEEE DPLAGISLPE GVDPSFLAAL PDDIRREVLQ NQLGIRPPTR TAPSTNS SA PAVVGNPGVT EVSPEFLAAL PPAIQEEVLA QQRAEQQRRE LAQNASSDTP MDPVTFIQTL PSDLRRSVLE DMEDSVLA V MPPDIAAEAQ ALRREQEARQ RQLMHERLFG HSSTSALSAI LRSPAFTSRL SGNRGVQYTR LAVQRGGTFQ MGGSSSHNR PSGSNVDTLL RLRGRLLLDH EALSCLLVLL FVDEPKLNTS RLHRVLRNLC YHAQTRHWVI RSLLSILQRS SESELCIETP KLTTSEEKG KKSSKSCGSS SHENRPLDLL HKMESKSSNQ LSWLSVSMDA ALGCRTNIFQ IQRSGGRKHT EKHASGGSTV H IHPQAAPV VCRHVLDTLI QLAKVFPSHF TQQRTKETNC ESDRERGNKA CSPCSSQSSS SGICTDFWDL LVKLDNMNVS RK GKNSVKS VPVSAGGEGE TSPYSLEASP LGQLMNMLSH PVIRRSSLLT EKLLRLLSLI SIALPENKVS EAQANSGSGA SST TTATST TSTTTTTAAS TTPTPPTAPT PVTSAPALVA ATAISTIVVA ASTTVTTPTT ATTTVSISPT TKGSKSPAKV SDGG SSSTD FKMVSSGLTE NQLQLSVEVL TSHSCSEEGL EDAANVLLQL SRGDSGTRDT VLKLLLNGAR HLGYTLCKQI GTLLA ELRE YNLEQQRRAQ CETLSPDGLP EEQPQTTKLK GKMQSRFDMA ENVVIVASQK RPLGGRELQL PSMSMLTSKT STQKFF LRV LQVIIQLRDD TRRANKKAKQ TGRLGSSGLG SASSIQAAVR QLEAEADAII QMVREGQRAR RQQQAATSES SQSEASV RR EESPMDVDQP SPSAQDTQSI ASDGTPQGEK EKEERPPELP LLSEQLSLDE LWDMLGECLK ELEESHDQHA VLVLQPAV E AFFLVHATER ESKPPVRDTR ESQLAHIKDE PPPLSPAPLT PATPSSLDPF FSREPSSMHI SSSLPPDTQK FLRFAETHR TVLNQILRQS TTHLADGPFA VLVDYIRVLD FDVKRKYFRQ ELERLDEGLR KEDMAVHVRR DHVFEDSYRE LHRKSPEEMK NRLYIVFEG EEGQDAGGLL REWYMIISRE MFNPMYALFR TSPGDRVTYT INPSSHCNPN HLSYFKFVGR IVAKAVYDNR L LECYFTRS FYKHILGKSV RYTDMESEDY HFYQGLVYLL ENDVSTLGYD LTFSTEVQEF GVCEVRDLKP NGANILVTEE NK KEYVHLV CQMRMTGAIR KQLAAFLEGF YEIIPKRLIS IFTEQELELL ISGLPTIDID DLKSNTEYHK YQSNSIQIQW FWR ALRSFD QADRAKFLQF VTGTSKVPLQ GFAALEGMNG IQKFQIHRDD RSTDRLPSAH TCFNQLDLPA YESFEKLRHM LLLA IQECS EGFGLA

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1

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分子 #2: DNA damage-inducible transcript 4 protein

分子名称: DNA damage-inducible transcript 4 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.43682 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDSAWSHPQF EKSAVDENLY FQGGGRTMPS LWDRFSSSST SSSPSSLPRT PTPDRPPRSA WGSATREEGF DRSTSLESSD CESLDSSNS GFGPEEDTAY LDGVSLPDFE LLSDPEDEHL CANLMQLLQE SLAQARLGSR RPARLLMPSQ LVSQVGKELL R LAYSEPCG ...文字列:
MDSAWSHPQF EKSAVDENLY FQGGGRTMPS LWDRFSSSST SSSPSSLPRT PTPDRPPRSA WGSATREEGF DRSTSLESSD CESLDSSNS GFGPEEDTAY LDGVSLPDFE LLSDPEDEHL CANLMQLLQE SLAQARLGSR RPARLLMPSQ LVSQVGKELL R LAYSEPCG LRGALLDVCV EQGKSCHSVG QLALDPSLVP TFQLTLVLRL DSRLWPKIQG LFSSANSPFL PGFSQSLTLS TG FRVIKKK LYSSEQLLIE EC

UniProtKB: DNA damage-inducible transcript 4 protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4S(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)
150.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: CHAPSO detergent added to final conc. of 1 mM. Sample applied twice..
詳細Monodisperse sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Data collection in counting mode, using multi-shot scheme (4 holes per stage position, 2 movies per hole)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7208 / 平均露光時間: 2.497 sec. / 平均電子線量: 53.34 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1673531
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: de novo model generated in cryoSPARCv2
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: as implemented in relion / 使用した粒子像数: 312798
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Relion
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 80000 / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: 97% of particles in final classification ended up in 1 class
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7jq9


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 74 / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-7mop:
Cryo-EM structure of human HUWE1 in complex with DDIT4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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