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万見
- PDB-7jq9: Cryo-EM structure of human HUWE1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jq9
タイトルCryo-EM structure of human HUWE1
要素E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
キーワードTRANSFERASE / Ubiquitin / Quality Control / E3 ligase / protein degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / histone ubiquitin ligase activity / negative regulation of mitochondrial fusion / protein branched polyubiquitination / positive regulation of type 2 mitophagy / HECT-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Golgi organization / protein monoubiquitination ...negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / histone ubiquitin ligase activity / negative regulation of mitochondrial fusion / protein branched polyubiquitination / positive regulation of type 2 mitophagy / HECT-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Golgi organization / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / positive regulation of protein ubiquitination / circadian regulation of gene expression / base-excision repair / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell differentiation / membrane fusion / Golgi membrane / Neutrophil degranulation / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / WWE domain / UBA-like domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. ...HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / WWE domain / UBA-like domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hunkeler, M. / Fischer, E.S.
資金援助 米国, スイス, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA2144608 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA218278 米国
Swiss National Science Foundation174331 スイス
Swiss National Science Foundation191053 スイス
Other privateDRR-50-18 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Solenoid architecture of HUWE1 contributes to ligase activity and substrate recognition.
著者: Moritz Hunkeler / Cyrus Y Jin / Michelle W Ma / Julie K Monda / Daan Overwijn / Eric J Bennett / Eric S Fischer /
要旨: HECT ubiquitin ligases play essential roles in metazoan development and physiology. The HECT ligase HUWE1 is central to the cellular stress response by mediating degradation of key death or survival ...HECT ubiquitin ligases play essential roles in metazoan development and physiology. The HECT ligase HUWE1 is central to the cellular stress response by mediating degradation of key death or survival factors, including Mcl1, p53, DDIT4, and Myc. Although mutations in HUWE1 and related HECT ligases are widely implicated in human disease, our molecular understanding remains limited. Here we present a comprehensive investigation of full-length HUWE1, deepening our understanding of this class of enzymes. The N-terminal ∼3,900 amino acids of HUWE1 are indispensable for proper ligase function, and our cryo-EM structures of HUWE1 offer a complete molecular picture of this large HECT ubiquitin ligase. HUWE1 forms an alpha solenoid-shaped assembly with a central pore decorated with protein interaction modules. Structures of HUWE1 variants linked to neurodevelopmental disorders as well as of HUWE1 bound to a model substrate link the functions of this essential enzyme to its three-dimensional organization.
履歴
登録2020年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22427
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)486,4101
ポリマ－486,4101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, elution volume fits with mass standards, mass spectrometry, from pull downs & purified protein, microscopy, Atomic model was built into the maps
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 / ARF-binding protein 1 / ARF-BP1 / HECT / UBA and WWE domain-containing protein 1 / HECT-type E3 ...ARF-binding protein 1 / ARF-BP1 / HECT / UBA and WWE domain-containing protein 1 / HECT-type E3 ubiquitin transferase HUWE1 / Homologous to E6AP carboxyl terminus homologous protein 9 / HectH9 / Large structure of UREB1 / LASU1 / Mcl-1 ubiquitin ligase E3 / Mule / Upstream regulatory element-binding protein 1 / URE-binding protein 1


分子量: 486409.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUWE1, KIAA0312, KIAA1578, UREB1, HSPC272 / プラスミド: pDEST / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z6Z7, HECT-type E3 ubiquitin transferase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: full length, crosslinked with BS3 / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.48 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Expi293 / プラスミド: pDEST
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mM(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)C8H18N2O4S1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample crosslinked with BS3. Monodisperse.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K
詳細: CHAPSO detergent added to final conc. of 0.8 mM. Sample applied twice.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Data collection in counting mode, using multi-shot scheme (4 holes per stage position, 3 movies per hole)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.4 sec. / 電子線照射量: 45.68 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10390
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
5RELIONCTF補正
8Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデルフィッティング
11PHENIXモデル精密化
12ISOLDEモデル精密化
13RELION初期オイラー角割当
14RELION最終オイラー角割当
15RELION分類
16RELION３次元再構成
CTF補正詳細: standard correction in Relion / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2110785
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 762898 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: as implemented in relion / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 60.88 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: CC
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 59.67 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007319509
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.932326411
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05113121
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00773329
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.8592595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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