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万見
- EMDB-23884: CryoEM Structure of NPR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23884
タイトルCryoEM Structure of NPR1
マップデータ
試料
  • 複合体: NPR1 dimer
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory protein NPR1
  • リガンド: ZINC ION
キーワードNPR1 / SAR / plant immunity / PLANT PROTEIN / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of defense response to bacterium / response to herbivore / regulation of systemic acquired resistance / negative regulation of defense response / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / extracellular ATP signaling / induced systemic resistance / response to insect / salicylic acid binding ...regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of defense response to bacterium / response to herbivore / regulation of systemic acquired resistance / negative regulation of defense response / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / extracellular ATP signaling / induced systemic resistance / response to insect / salicylic acid binding / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / response to salicylic acid / plant-type hypersensitive response / defense response to fungus / transcription coregulator activity / response to bacterium / response to wounding / RNA polymerase II transcription regulator complex / response to heat / response to hypoxia / protein ubiquitination / defense response to bacterium / nuclear body / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger C2HC NPR-type profile. / NPR1/NIM1-like, C-terminal / Regulatory protein NPR, central domain / Regulatory protein NPR / Domain of unknown function (DUF3420) / NPR1/NIM1 like defence protein C terminal / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain ...Zinc finger C2HC NPR-type profile. / NPR1/NIM1-like, C-terminal / Regulatory protein NPR, central domain / Regulatory protein NPR / Domain of unknown function (DUF3420) / NPR1/NIM1 like defence protein C terminal / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein NPR1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Kumar S / Zhou Y
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)115355 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)118036 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural basis of NPR1 in activating plant immunity.
著者: Shivesh Kumar / Raul Zavaliev / Qinglin Wu / Ye Zhou / Jie Cheng / Lucas Dillard / Jordan Powers / John Withers / Jinshi Zhao / Ziqiang Guan / Mario J Borgnia / Alberto Bartesaghi / Xinnian Dong / Pei Zhou /
要旨: NPR1 is a master regulator of the defence transcriptome induced by the plant immune signal salicylic acid. Despite the important role of NPR1 in plant immunity, understanding of its regulatory ...NPR1 is a master regulator of the defence transcriptome induced by the plant immune signal salicylic acid. Despite the important role of NPR1 in plant immunity, understanding of its regulatory mechanisms has been hindered by a lack of structural information. Here we report cryo-electron microscopy and crystal structures of Arabidopsis NPR1 and its complex with the transcription factor TGA3. Cryo-electron microscopy analysis reveals that NPR1 is a bird-shaped homodimer comprising a central Broad-complex, Tramtrack and Bric-à-brac (BTB) domain, a BTB and carboxyterminal Kelch helix bundle, four ankyrin repeats and a disordered salicylic-acid-binding domain. Crystal structure analysis reveals a unique zinc-finger motif in BTB for interacting with ankyrin repeats and mediating NPR1 oligomerization. We found that, after stimulation, salicylic-acid-induced folding and docking of the salicylic-acid-binding domain onto ankyrin repeats is required for the transcriptional cofactor activity of NPR1, providing a structural explanation for a direct role of salicylic acid in regulating NPR1-dependent gene expression. Moreover, our structure of the TGA3-NPR1-TGA3 complex, DNA-binding assay and genetic data show that dimeric NPR1 activates transcription by bridging two fatty-acid-bound TGA3 dimers to form an enhanceosome. The stepwise assembly of the NPR1-TGA complex suggests possible hetero-oligomeric complex formation with other transcription factors, revealing how NPR1 reprograms the defence transcriptome.
履歴
登録2021年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mk2
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23884.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23884.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 256 pix.
= 357.773 Å		1.4 Å/pix.
x 256 pix.
= 357.773 Å		1.4 Å/pix.
x 256 pix.
= 357.773 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39755 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.8888273 - 3.5156786
平均 (標準偏差)-0.000000000000005 (±0.033728972)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 357.7728 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.397550781251.397550781251.39755078125
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z357.773357.773357.773
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-160-160-160
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.8893.516-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23884_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_23884_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_23884_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NPR1 dimer

全体名称: NPR1 dimer
要素
  • 複合体: NPR1 dimer
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory protein NPR1
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: NPR1 dimer

超分子名称: NPR1 dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Regulatory protein NPR1

分子名称: Regulatory protein NPR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 67.547422 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPLMDTTIDG FADSYEISST SFVATDNTDS SIVYLAAEQV LTGPDVSALQ LLSNSFESVF DSPDDFYSDA KLVLSDGREV SFHRCVLSA RSSFFKSALA AAKKEKDSNN TAAVKLELKE IAKDYEVGFD SVVTVLAYVY SSRVRPPPKG VSECADENCC H VACRPAVD ...文字列:
GPLMDTTIDG FADSYEISST SFVATDNTDS SIVYLAAEQV LTGPDVSALQ LLSNSFESVF DSPDDFYSDA KLVLSDGREV SFHRCVLSA RSSFFKSALA AAKKEKDSNN TAAVKLELKE IAKDYEVGFD SVVTVLAYVY SSRVRPPPKG VSECADENCC H VACRPAVD FMLEVLYLAF IFKIPELITL YQRHLLDVVD KVVIEDTLVI LKLANICGKA CMKLLDRCKE IIVKSNVDMV SL EKSLPEE LVKEIIDRRK ELGLEVPKVK KHVSNVHKAL DSDDIELVKL LLKEDHTNLD DACALHFAVA YCNVKTATDL LKL DLADVN HRNPRGYTVL HVAAMRKEPQ LILSLLEKGA SASEATLEGR TALMIAKQAT MAVECNNIPE QCKHSLKGRL CVEI LEQED KREQIPRDVP PSFAVAADEL KMTLLDLENR VALAQRLFPT EAQAAMEIAE MKGTCEFIVT SLEPDRLTGT KRTSP GVKI APFRILEEHQ SRLKALSKTV ELGKRFFPRC SAVLDQIMNC EDLTQLACGE DDTAEKRLQK KQRYMEIQET LKKAFS EDN LELGNSSLTD STSSTSKSTG GKRSNRKLSH RRRGGWSHPQ FEK

UniProtKB: Regulatory protein NPR1

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES (pH 7.5), 150 mM NaCl, 2 mM DTT
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 75705
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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