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- EMDB-23815: Dimeric (B-Raf)2:(14-3-3)2 complex bound to SB590885 Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23815
タイトルDimeric (B-Raf)2:(14-3-3)2 complex bound to SB590885 Inhibitor
マップデータDimeric (B-Raf)2:(14-3-3)2 complex bound to SB590885 Inhibitor
試料
  • 複合体: Active dimeric (B-Raf)2:(14-3-3)2 complex
    • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein zeta/delta
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase B-raf
  • リガンド: (1Z)-5-(2-{4-[2-(DIMETHYLAMINO)ETHOXY]PHENYL}-5-PYRIDIN-4-YL-1H-IMIDAZOL-4-YL)INDAN-1-ONE OXIME
キーワードB-Raf / 14-3-3 / B-Raf complex / B-Raf dimer / Active B-Raf / SB590885 / signaling protein / Serine/threonine-protein kinase B-raf
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic target recognition / Golgi reassembly / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / establishment of Golgi localization / Signalling to p38 via RIT and RIN / respiratory system process ...synaptic target recognition / Golgi reassembly / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / establishment of Golgi localization / Signalling to p38 via RIT and RIN / respiratory system process / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / tube formation / regulation of synapse maturation / endothelial cell apoptotic process / myeloid progenitor cell differentiation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / negative regulation of fibroblast migration / Rap1 signalling / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / negative regulation of protein localization to nucleus / regulation of T cell differentiation / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Frs2-mediated activation / GP1b-IX-V activation signalling / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / synaptic vesicle exocytosis / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / MAP kinase kinase kinase activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / protein targeting / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to glucose starvation / RHO GTPases activate PKNs / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of TORC1 signaling / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / lung development / cellular response to calcium ion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / thymus development / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / animal organ morphogenesis / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / regulation of protein stability / centriolar satellite / cellular response to xenobiotic stimulus / epidermal growth factor receptor signaling pathway / long-term synaptic potentiation / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / intracellular protein localization / melanosome / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / presynapse / MAPK cascade / regulation of cell population proliferation / cell body / scaffold protein binding / angiogenesis / protein phosphatase binding / blood microparticle / vesicle / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase B-raf / 14-3-3 protein zeta/delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Martinez Fiesco JA / Ping Z
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ZIA BC 011744 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ZIA BC 010329 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the BRAF monomer-to-dimer transition mediated by RAS binding.
著者: Juliana A Martinez Fiesco / David E Durrant / Deborah K Morrison / Ping Zhang /
要旨: RAF kinases are essential effectors of RAS, but how RAS binding initiates the conformational changes needed for autoinhibited RAF monomers to form active dimers has remained unclear. Here, we present ...RAF kinases are essential effectors of RAS, but how RAS binding initiates the conformational changes needed for autoinhibited RAF monomers to form active dimers has remained unclear. Here, we present cryo-electron microscopy structures of full-length BRAF complexes derived from mammalian cells: autoinhibited, monomeric BRAF:14-3-3:MEK and BRAF:14-3-3 complexes, and an inhibitor-bound, dimeric BRAF:14-3-3 complex, at 3.7, 4.1, and 3.9 Å resolution, respectively. In both autoinhibited, monomeric structures, the RAS binding domain (RBD) of BRAF is resolved, revealing that the RBD forms an extensive contact interface with the 14-3-3 protomer bound to the BRAF C-terminal site and that key basic residues required for RBD-RAS binding are exposed. Moreover, through structure-guided mutational studies, our findings indicate that RAS-RAF binding is a dynamic process and that RBD residues at the center of the RBD:14-3-3 interface have a dual function, first contributing to RAF autoinhibition and then to the full spectrum of RAS-RBD interactions.
履歴
登録2021年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月26日-
マップ公開2022年1月26日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.049
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.049
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mff
  • 表面レベル: 0.049
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23815.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Dimeric (B-Raf)2:(14-3-3)2 complex bound to SB590885 Inhibitor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 130 pix.
= 175.24 Å		1.35 Å/pix.
x 130 pix.
= 175.24 Å		1.35 Å/pix.
x 130 pix.
= 175.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.348 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.049 / ムービー #1: 0.049
最小 - 最大-0.20007819 - 0.31258443
平均 (標準偏差)0.00075961766 (±0.00957075)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 175.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3481.3481.348
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z175.240175.240175.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-0.2000.3130.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Active dimeric (B-Raf)2:(14-3-3)2 complex

全体名称: Active dimeric (B-Raf)2:(14-3-3)2 complex
要素
  • 複合体: Active dimeric (B-Raf)2:(14-3-3)2 complex
    • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein zeta/delta
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase B-raf
  • リガンド: (1Z)-5-(2-{4-[2-(DIMETHYLAMINO)ETHOXY]PHENYL}-5-PYRIDIN-4-YL-1H-IMIDAZOL-4-YL)INDAN-1-ONE OXIME

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超分子 #1: Active dimeric (B-Raf)2:(14-3-3)2 complex

超分子名称: Active dimeric (B-Raf)2:(14-3-3)2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 14-3-3 protein zeta/delta

分子名称: 14-3-3 protein zeta/delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.777092 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDKNELVQKA KLAEQAERYD DMAACMKSVT EQGAELSNEE RNLLSVAYKN VVGARRSSWR VVSSIEQKTE GAEKKQQMAR EYREKIETE LRDICNDVLS LLEKFLIPNA SQAESKVFYL KMKGDYYRYL AEVAAGDDKK GIVDQSQQAY QEAFEISKKE M QPTHPIRL ...文字列:
MDKNELVQKA KLAEQAERYD DMAACMKSVT EQGAELSNEE RNLLSVAYKN VVGARRSSWR VVSSIEQKTE GAEKKQQMAR EYREKIETE LRDICNDVLS LLEKFLIPNA SQAESKVFYL KMKGDYYRYL AEVAAGDDKK GIVDQSQQAY QEAFEISKKE M QPTHPIRL GLALNFSVFY YEILNSPEKA CSLAKTAFDE AIAELDTLSE ESYKDSTLIM QLLRDNLTLW TSDTQGDEAE AG EGGEN

UniProtKB: 14-3-3 protein zeta/delta

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分子 #2: Serine/threonine-protein kinase B-raf

分子名称: Serine/threonine-protein kinase B-raf / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.697695 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAALSGGGGG GAEPGQALFN GDMEPEAGAG AGAAASSAAD PAIPEEVWNI KQMIKLTQEH IEALLDKFGG EHNPPSIYLE AYEEYTSKL DALQQREQQL LESLGNGTDF SVSSSASMDT VTSSSSSSLS VLPSSLSVFQ NPTDVARSNP KSPQKPIVRV F LPNKQRTV ...文字列:
MAALSGGGGG GAEPGQALFN GDMEPEAGAG AGAAASSAAD PAIPEEVWNI KQMIKLTQEH IEALLDKFGG EHNPPSIYLE AYEEYTSKL DALQQREQQL LESLGNGTDF SVSSSASMDT VTSSSSSSLS VLPSSLSVFQ NPTDVARSNP KSPQKPIVRV F LPNKQRTV VPARCGVTVR DSLKKALMMR GLIPECCAVY RIQDGEKKPI GWDTDISWLT GEELHVEVLE NVPLTTHNFV RK TFFTLAF CDFCRKLLFQ GFRCQTCGYK FHQRCSTEVP LMCVNYDQLD LLFVSKFFEH HPIPQEEASL AETALTSGSS PSA PASDSI GPQILTSPSP SKSIPIPQPF RPADEDHRNQ FGQRDRSS(SEP)A PNVHINTIEP VNIDDLIRDQ GFRGDGGSTT GLSATPPAS LPGSLTNVKA LQKSPGPQRE RKSSSSSEDR NRMKTLGRRD SSDDWEIPDG QITVGQRIGS GSFGTVYKGK W HGDVAVKM LNVTAPTPQQ LQAFKNEVGV LRKTRHVNIL LFMGYSTKPQ LAIVTQWCEG SSLYHHLHII ETKFEMIKLI DI ARQTAQG MDYLHAKSII HRDLKSNNIF LHEDLTVKIG DFGLATVKSR WSGSHQFEQL SGSILWMAPE VIRMQDKNPY SFQ SDVYAF GIVLYELMTG QLPYSNINNR DQIIFMVGRG YLSPDLSKVR SNCPKAMKRL MAECLKKKRD ERPLFPQILA SIEL LARSL PKIHRSA(SEP)EP SLNRAGFQTE DFSLYACASP KTPIQAGGYG AFPVH

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase B-raf

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分子 #3: (1Z)-5-(2-{4-[2-(DIMETHYLAMINO)ETHOXY]PHENYL}-5-PYRIDIN-4-YL-1H-I...

分子名称: (1Z)-5-(2-{4-[2-(DIMETHYLAMINO)ETHOXY]PHENYL}-5-PYRIDIN-4-YL-1H-IMIDAZOL-4-YL)INDAN-1-ONE OXIME
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: 215
分子量理論値: 453.536 Da
Chemical component information

ChemComp-215:
(1Z)-5-(2-{4-[2-(DIMETHYLAMINO)ETHOXY]PHENYL}-5-PYRIDIN-4-YL-1H-IMIDAZOL-4-YL)INDAN-1-ONE OXIME

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris
200.0 mMNaCl
10.0 mMDTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 203343
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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