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万見
- EMDB-23765: The F1 region of inhibitor-free Saccharomyces cerevisiae ATP synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23765
タイトルThe F1 region of inhibitor-free Saccharomyces cerevisiae ATP synthase
マップデータGlobally sharpened map.
試料
  • 複合体: The F1 region of inhibitor-free Saccharomyces cerevisiae ATP synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase ...: / : / : / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase ...ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit beta / ATP synthase subunit gamma / ATP synthase subunit alpha / ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Guo H / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 米国, 8件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT162186 カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM092218 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA226833 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM133552 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)K23 HL138291 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM065086 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM007347 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F30 CA236131 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Apoptolidin family glycomacrolides target leukemia through inhibition of ATP synthase.
著者: Benjamin J Reisman / Hui Guo / Haley E Ramsey / Madison T Wright / Bradley I Reinfeld / P Brent Ferrell / Gary A Sulikowski / W Kimryn Rathmell / Michael R Savona / Lars Plate / John L ...著者: Benjamin J Reisman / Hui Guo / Haley E Ramsey / Madison T Wright / Bradley I Reinfeld / P Brent Ferrell / Gary A Sulikowski / W Kimryn Rathmell / Michael R Savona / Lars Plate / John L Rubinstein / Brian O Bachmann /
要旨: Cancer cells have long been recognized to exhibit unique bioenergetic requirements. The apoptolidin family of glycomacrolides are distinguished by their selective cytotoxicity towards oncogene- ...Cancer cells have long been recognized to exhibit unique bioenergetic requirements. The apoptolidin family of glycomacrolides are distinguished by their selective cytotoxicity towards oncogene-transformed cells, yet their molecular mechanism remains uncertain. We used photoaffinity analogs of the apoptolidins to identify the F subcomplex of mitochondrial ATP synthase as the target of apoptolidin A. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) of apoptolidin and ammocidin-ATP synthase complexes revealed a novel shared mode of inhibition that was confirmed by deep mutational scanning of the binding interface to reveal resistance mutations which were confirmed using CRISPR-Cas9. Ammocidin A was found to suppress leukemia progression in vivo at doses that were tolerated with minimal toxicity. The combination of cellular, structural, mutagenesis, and in vivo evidence defines the mechanism of action of apoptolidin family glycomacrolides and establishes a path to address oxidative phosphorylation-dependent cancers.
履歴
登録2021年4月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2021年8月11日-
現状2021年8月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23765.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23765.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Globally sharpened map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.55 / ムービー #1: 0.55
最小 - 最大-0.6568412 - 1.9609759
平均 (標準偏差)0.0007128328 (±0.07470291)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 371.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.451.451.45
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z371.200371.200371.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.6571.9610.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23765_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map.

ファイルemd_23765_additional_1.map
注釈Unsharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1.

ファイルemd_23765_half_map_1.map
注釈Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2.

ファイルemd_23765_half_map_2.map
注釈Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The F1 region of inhibitor-free Saccharomyces cerevisiae ATP synthase

全体名称: The F1 region of inhibitor-free Saccharomyces cerevisiae ATP synthase
要素
  • 複合体: The F1 region of inhibitor-free Saccharomyces cerevisiae ATP synthase

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超分子 #1: The F1 region of inhibitor-free Saccharomyces cerevisiae ATP synthase

超分子名称: The F1 region of inhibitor-free Saccharomyces cerevisiae ATP synthase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 400 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 30.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 190 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.2 µm / 倍率（補正後）: 34483 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 38514
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 34035
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 11345 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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