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- EMDB-2367: Structural mimicry in transcription regulation of human RNA polym... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2367
タイトルStructural mimicry in transcription regulation of human RNA polymerase II by the DNA helicase RECQL5
マップデータReconstruction of elongating human Pol II in complex with the DNA helicase RECQL5
試料
  • 試料: Human Pol II in complex with artificial transcription bubble and RECQL5
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II
  • タンパク質・ペプチド: RECQL5
  • RNA: transcription bubble RNA strand
  • DNA: non-template strand
  • DNA: template strand
キーワードtranscription regulation / RNA polymerase II / RecQ helicase / RECQL5 / DNA repair
生物種Homo sapiens (ヒト) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Kassube SA / Jinek M / Fang J / Tsutakawa S / Nogales E
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2013
タイトル: Structural mimicry in transcription regulation of human RNA polymerase II by the DNA helicase RECQL5.
著者: Susanne A Kassube / Martin Jinek / Jie Fang / Susan Tsutakawa / Eva Nogales /
要旨: RECQL5 is a member of the highly conserved RecQ family of DNA helicases involved in DNA repair. RECQL5 interacts with RNA polymerase II (Pol II) and inhibits transcription of protein-encoding genes ...RECQL5 is a member of the highly conserved RecQ family of DNA helicases involved in DNA repair. RECQL5 interacts with RNA polymerase II (Pol II) and inhibits transcription of protein-encoding genes by an unknown mechanism. We show that RECQL5 contacts the Rpb1 jaw domain of Pol II at a site that overlaps with the binding site for the transcription elongation factor TFIIS. Our cryo-EM structure of elongating Pol II arrested in complex with RECQL5 shows that the RECQL5 helicase domain is positioned to sterically block elongation. The crystal structure of the RECQL5 KIX domain reveals similarities with TFIIS, and binding of RECQL5 to Pol II interferes with the ability of TFIIS to promote transcriptional read-through in vitro. Together, our findings reveal a dual mode of transcriptional repression by RECQL5 that includes structural mimicry of the Pol II-TFIIS interaction.
履歴
登録2013年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年5月29日-
マップ公開2013年6月19日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00547
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00547
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2367-REC...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2367.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of elongating human Pol II in complex with the DNA helicase RECQL5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.31 Å/pix.
x 176 pix.
= 406.56 Å		2.31 Å/pix.
x 176 pix.
= 406.56 Å		2.31 Å/pix.
x 176 pix.
= 406.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00547 / ムービー #1: 0.00547
最小 - 最大-0.03588435 - 0.0539254
平均 (標準偏差)0.00009505 (±0.00289447)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ176176176
Spacing176176176
セルA=B=C: 406.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.312.312.31
M x/y/z176176176
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z406.560406.560406.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS176176176
D min/max/mean-0.0360.0540.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Pol II in complex with artificial transcription bubble and ...

全体名称: Human Pol II in complex with artificial transcription bubble and RECQL5
要素
  • 試料: Human Pol II in complex with artificial transcription bubble and RECQL5
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II
  • タンパク質・ペプチド: RECQL5
  • RNA: transcription bubble RNA strand
  • DNA: non-template strand
  • DNA: template strand

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超分子 #1000: Human Pol II in complex with artificial transcription bubble and ...

超分子名称: Human Pol II in complex with artificial transcription bubble and RECQL5
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 12-subunit Pol II complex bound to transcription bubble and monomeric RECQL5
Number unique components: 5
分子量理論値: 615 KDa

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分子 #1: RNA polymerase II

分子名称: RNA polymerase II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Pol II / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa / 別称: Human / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 517 KDa

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分子 #5: RECQL5

分子名称: RECQL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: RecQ5 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 69.3 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX-6P-1

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分子 #2: transcription bubble RNA strand

分子名称: transcription bubble RNA strand / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 6.1 KDa
配列文字列:
UAUAUGCAUA AAGACCAGGC

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分子 #3: non-template strand

分子名称: non-template strand / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 13.3 KDa
配列文字列:
TAGTAAACTA GTATTGAAAG TACTTGAGCT TAGACAGCAT GTC

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分子 #4: template strand

分子名称: template strand / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 8.5 KDa
配列文字列:
CTCAAGTACT TACGCCTGGT CATTACTA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.037 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Hepes pH 8.0, 4mM MgCl2, 50 mM KCl, 0.05% NP-40, 1mM TCEP
グリッド詳細: 400-mesh C-flats (Protochips Inc.) with thin carbon support (Protochips Inc.)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 86 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: blot for 2 sec, 0 offset

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 78 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2012年10月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
実像数: 5224 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダー: Side-entry cryostage / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Image processing was performed in the Appion processing environment. 3D reconstruction was performed using EMAN2 and SPARX libraries. Final map was filtered to local resolution using the blocres function of the Bsoft package.
CTF補正詳細: whole micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2, SPARX / 使用した粒子像数: 121416

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1y1w

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2wwy

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

4bk0

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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