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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2360 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-EM of full-length Thermus thermophilus DNA gyrase | |||||||||
![]() | Reconstruction of full length Thermus thermophilus DNA gyrase with ADPNP (non hydrolyzable analog of ATP) | |||||||||
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![]() | DNA topoisomerase / DNA gyrase | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.8 Å | |||||||||
![]() | Papillon J / Menetret JF / Batisse C / Helye R / Schultz P / Potier P / Lamour V | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insight into negative DNA supercoiling by DNA gyrase, a bacterial type 2A DNA topoisomerase. 著者: Julie Papillon / Jean-François Ménétret / Claire Batisse / Reynald Hélye / Patrick Schultz / Noëlle Potier / Valérie Lamour / ![]() 要旨: Type 2A DNA topoisomerases (Topo2A) remodel DNA topology during replication, transcription and chromosome segregation. These multisubunit enzymes catalyze the transport of a double-stranded DNA ...Type 2A DNA topoisomerases (Topo2A) remodel DNA topology during replication, transcription and chromosome segregation. These multisubunit enzymes catalyze the transport of a double-stranded DNA through a transient break formed in another duplex. The bacterial DNA gyrase, a target for broad-spectrum antibiotics, is the sole Topo2A enzyme able to introduce negative supercoils. We reveal here for the first time the architecture of the full-length Thermus thermophilus DNA gyrase alone and in a cleavage complex with a 155 bp DNA duplex in the presence of the antibiotic ciprofloxacin, using cryo-electron microscopy. The structural organization of the subunits of the full-length DNA gyrase points to a central role of the ATPase domain acting like a 'crossover trap' that may help to sequester the DNA positive crossover before strand passage. Our structural data unveil how DNA is asymmetrically wrapped around the gyrase-specific C-terminal β-pinwheel domains and guided to introduce negative supercoils through cooperativity between the ATPase and β-pinwheel domains. The overall conformation of the drug-induced DNA binding-cleavage complex also suggests that ciprofloxacin traps a DNA pre-transport conformation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 52.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 184.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 183.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Reconstruction of full length Thermus thermophilus DNA gyrase with ADPNP (non hydrolyzable analog of ATP) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.92 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Holoenzyme complex of Thermus thermophilus DNA gyrase with ADPNP
全体 | 名称: Holoenzyme complex of Thermus thermophilus DNA gyrase with ADPNP |
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要素 |
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-超分子 #1000: Holoenzyme complex of Thermus thermophilus DNA gyrase with ADPNP
超分子 | 名称: Holoenzyme complex of Thermus thermophilus DNA gyrase with ADPNP タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse complex formed in presence of ADPNP / 集合状態: dimer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 321 KDa / 理論値: 321 KDa / 手法: native mass spectrometry |
-分子 #1: DNA gyrase
分子 | 名称: DNA gyrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: bacterial DNA topoisomerase 2A 詳細: The two subunits of the DNA gyrase were fused for structural stability. ADPNP (non hydrolysable analog of ATP) was added to form the holoenzyme complex. This complex was crosslinked with ...詳細: The two subunits of the DNA gyrase were fused for structural stability. ADPNP (non hydrolysable analog of ATP) was added to form the holoenzyme complex. This complex was crosslinked with glutaraldehyde prior to vitrification. 集合状態: dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 321 KDa / 理論値: 321 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.150 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20mM Hepes , 100 mM NaCl, 5mM MgCl2, 1mM DTT |
グリッド | 詳細: Quantifoil R 2/2 holey carbon copper grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Plunging immediately after blotting |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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日付 | 2011年12月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 600 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 59000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: phase flipping (each particle) |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 20500 |