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- EMDB-23574: Structure of Plasmodium falciparum 20S proteasome with bound bort... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23574
タイトルStructure of Plasmodium falciparum 20S proteasome with bound bortezomib.
マップデータMain EM map used for refinement
試料
  • 複合体: Plasmodium falciparum 20S proteasome complexed with bortezomib
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • リガンド: x 1種
キーワードproteasome / plasmodium falciparum / malaria / drug / bortezomib / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Proteasome assembly / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Proteasome assembly / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / MAPK6/MAPK4 signaling / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Neutrophil degranulation / proteasome core complex / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / hydrolase activity / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature ...Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-2, putative / Proteasome subunit alpha type-3, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta type-6, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-6, putative / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type ...Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-2, putative / Proteasome subunit alpha type-3, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta type-6, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-6, putative / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-1, putative / Proteasome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) / Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) / Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Liu B / Hanssen E / Leis AP / Xie SC / Morton CJ / Metcalfe RD / Tilley L / Griffin MDW
資金援助 日本, オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
Global Health Innovative Technology FundRFP-HTLP-H2019-101 日本
Australian Research Council (ARC)FL150100106 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Design of proteasome inhibitors with oral efficacy in vivo against and selectivity over the human proteasome.
著者: Stanley C Xie / Riley D Metcalfe / Hirotake Mizutani / Tanya Puhalovich / Eric Hanssen / Craig J Morton / Yawei Du / Con Dogovski / Shih-Chung Huang / Jeffrey Ciavarri / Paul Hales / Robert J ...著者: Stanley C Xie / Riley D Metcalfe / Hirotake Mizutani / Tanya Puhalovich / Eric Hanssen / Craig J Morton / Yawei Du / Con Dogovski / Shih-Chung Huang / Jeffrey Ciavarri / Paul Hales / Robert J Griffin / Lawrence H Cohen / Bei-Ching Chuang / Sergio Wittlin / Ioanna Deni / Tomas Yeo / Kurt E Ward / Daniel C Barry / Boyin Liu / David L Gillett / Benigno F Crespo-Fernandez / Sabine Ottilie / Nimisha Mittal / Alisje Churchyard / Daniel Ferguson / Anna Caroline C Aguiar / Rafael V C Guido / Jake Baum / Kirsten K Hanson / Elizabeth A Winzeler / Francisco-Javier Gamo / David A Fidock / Delphine Baud / Michael W Parker / Stephen Brand / Lawrence R Dick / Michael D W Griffin / Alexandra E Gould / Leann Tilley /
要旨: The proteasome is a potential antimalarial drug target. We have identified a series of amino-amide boronates that are potent and specific inhibitors of the 20S proteasome (20S) β5 active site and ...The proteasome is a potential antimalarial drug target. We have identified a series of amino-amide boronates that are potent and specific inhibitors of the 20S proteasome (20S) β5 active site and that exhibit fast-acting antimalarial activity. They selectively inhibit the growth of compared with a human cell line and exhibit high potency against field isolates of and They have a low propensity for development of resistance and possess liver stage and transmission-blocking activity. Exemplar compounds, MPI-5 and MPI-13, show potent activity against infections in a SCID mouse model with an oral dosing regimen that is well tolerated. We show that MPI-5 binds more strongly to 20S than to human constitutive 20S (20Sc). Comparison of the cryo-electron microscopy (EM) structures of 20S and 20Sc in complex with MPI-5 and 20S in complex with the clinically used anti-cancer agent, bortezomib, reveal differences in binding modes that help to explain the selectivity. Together, this work provides insights into the 20S proteasome in , underpinning the design of potent and selective antimalarial proteasome inhibitors.
履歴
登録2021年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月22日-
マップ公開2021年9月22日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lxt
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23574.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23574.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 155.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main EM map used for refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.31 Å/pix.
x 344 pix.
= 450.64 Å		1.31 Å/pix.
x 344 pix.
= 450.64 Å		1.31 Å/pix.
x 344 pix.
= 450.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-18.245256000000001 - 29.772998999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000002152 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ344344344
Spacing344344344
セルA=B=C: 450.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z344344344
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z450.640450.640450.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ344344344
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS344344344
D min/max/mean-18.24529.773-0.000

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添付データ

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追加マップ: Additional map

ファイルemd_23574_additional_1.map
注釈Additional map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-volume 1

ファイルemd_23574_half_map_1.map
注釈half-volume 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-volume 2

ファイルemd_23574_half_map_2.map
注釈half-volume 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Plasmodium falciparum 20S proteasome complexed with bortezomib

全体名称: Plasmodium falciparum 20S proteasome complexed with bortezomib
要素
  • 複合体: Plasmodium falciparum 20S proteasome complexed with bortezomib
    • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome alpha-1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome alpha-2 subunit
    • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome alpha-3 subunit
    • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome alpha-4 subunit
    • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome alpha-5 subunit
    • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome alpha-6 subunit
    • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome alpha-7 subunit
    • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome beta-3 subunit
    • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome beta-4 subunit
    • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome beta-6 subunit
    • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome beta-7 subunit
  • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome beta-1 subunit
  • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome beta-2 subunit
  • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome beta-5 subunit
  • リガンド: N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE

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超分子 #1: Plasmodium falciparum 20S proteasome complexed with bortezomib

超分子名称: Plasmodium falciparum 20S proteasome complexed with bortezomib
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7, #10-#11, #13-#14
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 700 KDa

+
分子 #1: 20S proteasome alpha-1 subunit

分子名称: 20S proteasome alpha-1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 29.531656 KDa
配列文字列: MVRPSQSMYD RHLTIFSPDG NLYQIEYAIK AVKNTNITSV GVKGENCAVI ISQKKMATQY ISQDKLLDYN NITNIYNITD EIGCSMVGM PGDCLSMVYK ARSEASEFLY SNGYNVNAET LCRNICDKIQ VYTQHAYMRL HACSGMIIGI DENNKPELFK F DPSGFCAG ...文字列:
MVRPSQSMYD RHLTIFSPDG NLYQIEYAIK AVKNTNITSV GVKGENCAVI ISQKKMATQY ISQDKLLDYN NITNIYNITD EIGCSMVGM PGDCLSMVYK ARSEASEFLY SNGYNVNAET LCRNICDKIQ VYTQHAYMRL HACSGMIIGI DENNKPELFK F DPSGFCAG YRACVIGNKE QESISVLERL LEKRKKKIQQ ETIDEDIRNT TILAIEALQT ILAFDLKASE IEVAIVSTKN RN FTQISEK EIDNYLTYIA ERD

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6, putative

+
分子 #2: 20S proteasome alpha-2 subunit

分子名称: 20S proteasome alpha-2 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 26.556391 KDa
配列文字列: MADGEYSFSL TTFSPTGKLV QIEYALNRVS SSSPALGIRA KNGVIIATEK KSPNELIEEN SIFKIQQISE HIGIVYAGMP GDFRVLLKR ARKEAIRYSL QYGSEILVKE LVKIIASIVQ EFTQTGGVRP FGLSLLICGV DVYGYHLYQI DPSGCYFNWM A TCVGKDYQ ...文字列:
MADGEYSFSL TTFSPTGKLV QIEYALNRVS SSSPALGIRA KNGVIIATEK KSPNELIEEN SIFKIQQISE HIGIVYAGMP GDFRVLLKR ARKEAIRYSL QYGSEILVKE LVKIIASIVQ EFTQTGGVRP FGLSLLICGV DVYGYHLYQI DPSGCYFNWM A TCVGKDYQ NNMSFLEKRY NKDIEIEDAI HTAILTLKES YEGVLNEKNI EIGVAYDNKP FKILTQNEIK DYLIEIE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2, putative

+
分子 #3: 20S proteasome alpha-3 subunit

分子名称: 20S proteasome alpha-3 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 27.977664 KDa
配列文字列: MARRYDSRTT TFSPEGRLYQ VEYALEAINN ASITIGLITK DGVILGADKV FISKLIDKAN NYEKIYKIDK HIFCGVAGLN ADANILINQ SRLYAQRYLY NYNEVQPVSQ LVVQICDIKQ SYTQYGGLRP YGVSFLIGGY DTKDGYQLYH TDPSGNYSGW F ATAIGTNN ...文字列:
MARRYDSRTT TFSPEGRLYQ VEYALEAINN ASITIGLITK DGVILGADKV FISKLIDKAN NYEKIYKIDK HIFCGVAGLN ADANILINQ SRLYAQRYLY NYNEVQPVSQ LVVQICDIKQ SYTQYGGLRP YGVSFLIGGY DTKDGYQLYH TDPSGNYSGW F ATAIGTNN LTASSVLKQE WKNDMTLEEG LLLALKTLAK STDTEIPKSE KIELAYLTNK DGEVYQKYLT EKEIEELIKL YT QKYIKE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #4: 20S proteasome alpha-4 subunit

分子名称: 20S proteasome alpha-4 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 27.263285 KDa
配列文字列: MSYDRAITVF SPDGHLLQVE HALEAVKKGG CAVAIKSSNF AVLAVEKKNI PKLQNPKTTE KLIKLDEHNC LAFAGLNADA RVLVNKTRL ECQRYYLNMD EPAPVDYIAK YVAKVQQKFT HRGGVRPFGI ATLIAGFKNN KEICIYQTEP SGIYAAWKAQ A IGKNAKIV ...文字列:
MSYDRAITVF SPDGHLLQVE HALEAVKKGG CAVAIKSSNF AVLAVEKKNI PKLQNPKTTE KLIKLDEHNC LAFAGLNADA RVLVNKTRL ECQRYYLNMD EPAPVDYIAK YVAKVQQKFT HRGGVRPFGI ATLIAGFKNN KEICIYQTEP SGIYAAWKAQ A IGKNAKIV QEFLEKNYQE NMEQKDCIFL ALKAIFEVVE LSSKNVEVAL LTEKDLTFIE EQEINSMVEL IDQERTKNNE QN E

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #5: 20S proteasome alpha-5 subunit

分子名称: 20S proteasome alpha-5 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 28.417367 KDa
配列文字列: MFSTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYALGA IKLGSTAVGI CVNDGVILAS ERRISSTLIE KDSVEKLLSI DDHIGCAMSG LMADARTLI DYARVECNHY KFIYNENINI KSCVELISEL ALDFSNLSDS KRKKIMSRPF GVALLIGGVD KNGPCLWYTE P SGTNTRFS ...文字列:
MFSTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYALGA IKLGSTAVGI CVNDGVILAS ERRISSTLIE KDSVEKLLSI DDHIGCAMSG LMADARTLI DYARVECNHY KFIYNENINI KSCVELISEL ALDFSNLSDS KRKKIMSRPF GVALLIGGVD KNGPCLWYTE P SGTNTRFS AASIGSAQEG AELLLQENYK KDMTFEQAEI LALTVLRQVM EDKLSTSNVE ICAIKKSDQT FYKYNTDDIS RI IDVLPSP VYPTIDMTA

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #6: 20S proteasome alpha-6 subunit

分子名称: 20S proteasome alpha-6 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / 株: isolate 3D7
分子量理論値: 28.871697 KDa
配列文字列: MYRNLYDTDN IIYSPEGRLY QVEYASEAIK QGTCAVAIKS KDYVVVSGLK KCISKLSFPQ EKIFKIDDYI GISMSGITSD AKVLTKFMQ NECLSHKFLY NENINIESLV RSVADKYQKN TQKSSKRAFG VGLMIAAYHN EPCIFETRPN GSYFEYDALS F GARSHASK ...文字列:
MYRNLYDTDN IIYSPEGRLY QVEYASEAIK QGTCAVAIKS KDYVVVSGLK KCISKLSFPQ EKIFKIDDYI GISMSGITSD AKVLTKFMQ NECLSHKFLY NENINIESLV RSVADKYQKN TQKSSKRAFG VGLMIAAYHN EPCIFETRPN GSYFEYDALS F GARSHASK TYLEKNLHLF EECSLEELIL HCLKALKCSL SSESELTISN TALAVVGKNH PWQEISSLQL EEYLSKVKMD AE QEQVEEN VQNEANE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1, putative

+
分子 #7: 20S proteasome alpha-7 subunit

分子名称: 20S proteasome alpha-7 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 29.324295 KDa
配列文字列: MAGLSAGYDL SVSTFSPDGR LYQVEYIYKS INNNNTALCL ECKDGIICCC INSNMDKNKM IKKNSYNRIY HVNNNIIITY SGFDGDARN IIDRARSEAN TYYYNFHTNI PLHILVNRIS LYIHAYTLYW HMRPFAASII ISSFNEKDKG DIYCIEPNGA C YKYSGIVI ...文字列:
MAGLSAGYDL SVSTFSPDGR LYQVEYIYKS INNNNTALCL ECKDGIICCC INSNMDKNKM IKKNSYNRIY HVNNNIIITY SGFDGDARN IIDRARSEAN TYYYNFHTNI PLHILVNRIS LYIHAYTLYW HMRPFAASII ISSFNEKDKG DIYCIEPNGA C YKYSGIVI GKNKEMFKTE IEKKDYKDIN VRDAIEDIYK FILTSDDHMN KNNLQNLVNF SWICKESSYE FQNIHEEILT PA LNKAVEY IEKLN

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-3, putative

+
分子 #8: 20S proteasome beta-1 subunit

分子名称: 20S proteasome beta-1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 29.143936 KDa
配列文字列: TTIIGIIYDN GVMLACDSRT SSGTFISNKC SRKINRINEN LYVCRSGASA HSQKIIEIIK HYCVSMKNEN RKKGRFHEGE TIYDETTYD EEIDIDSINY LDYNNNNDNN LVTKNKYFYE DKFNDYNPLV ENVAHITKKI IYTNNNFLSC ALIFGGYDKI K KQQLYAVN ...文字列:
TTIIGIIYDN GVMLACDSRT SSGTFISNKC SRKINRINEN LYVCRSGASA HSQKIIEIIK HYCVSMKNEN RKKGRFHEGE TIYDETTYD EEIDIDSINY LDYNNNNDNN LVTKNKYFYE DKFNDYNPLV ENVAHITKKI IYTNNNFLSC ALIFGGYDKI K KQQLYAVN LNGSIIEKHD FAVSGSGSIY IQSYLQDKYK KFMTKKECFN LILNCVKYAM HNDNSSGGLI RIVNITKSFV EE FTVVNTQ MNFQY

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-6, putative

+
分子 #9: 20S proteasome beta-2 subunit

分子名称: 20S proteasome beta-2 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 25.104885 KDa
配列文字列: TTICGLVCQN AVILGADTRA TEGPIVADKN CSKLHYISKN IWCAGAGVAG DLEHTTLWLQ HNVELHRLNT NTQPRVSMCV SRLTQELFK YQGYKVCAIV LGGVDVNGPQ LYGIHPHGSS CLLPFTALGS GSLNAMAVLE AKYRDNMTIE EGKNLVCEAI C AGIFNDLG ...文字列:
TTICGLVCQN AVILGADTRA TEGPIVADKN CSKLHYISKN IWCAGAGVAG DLEHTTLWLQ HNVELHRLNT NTQPRVSMCV SRLTQELFK YQGYKVCAIV LGGVDVNGPQ LYGIHPHGSS CLLPFTALGS GSLNAMAVLE AKYRDNMTIE EGKNLVCEAI C AGIFNDLG SGGNVDICVI TKDSYQHIRP YKEPNMRLYH LPHPTIYPKG TTPILSEKIE YIKKFISVED A

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #10: 20S proteasome beta-3 subunit

分子名称: 20S proteasome beta-3 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 24.533131 KDa
配列文字列: MGSIYNYNGG CVLGMSGSNC VAIACDLRLG ANTFTTVSTK FSKIFKMNNN VYVGLSGLAT DIQTLYEILR YRVNLYEVRQ DAEMDVECF ANMLSSILYS NRFSPYFVNP IVVGFKLKHY VDEEGEKKVN YEPYLTAYDL IGAKCETRDF VVNGVTSEQL F GMCESLYV ...文字列:
MGSIYNYNGG CVLGMSGSNC VAIACDLRLG ANTFTTVSTK FSKIFKMNNN VYVGLSGLAT DIQTLYEILR YRVNLYEVRQ DAEMDVECF ANMLSSILYS NRFSPYFVNP IVVGFKLKHY VDEEGEKKVN YEPYLTAYDL IGAKCETRDF VVNGVTSEQL F GMCESLYV KDQDENGLFE TISQCLLSAL DRDCISGWGA EVLVLTPEKI IKKKLKARMD

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #11: 20S proteasome beta-4 subunit

分子名称: 20S proteasome beta-4 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 22.889105 KDa
配列文字列: MDTLIGLRGN NFVVLAADTY SINSIIKLKN DDNTKFYDIH GNKCLLLGGS IGDRLQFGEF IRKNVHLYQY QNNTDMFVKS FAFFTRKNL AYYLRRNPFE VNCLIAGYDK KDGYQLYWCD YLSNMDSVNK GAHGYGAYLV SAILDKYYHE NLTVDEALDI F KLCFEELK ...文字列:
MDTLIGLRGN NFVVLAADTY SINSIIKLKN DDNTKFYDIH GNKCLLLGGS IGDRLQFGEF IRKNVHLYQY QNNTDMFVKS FAFFTRKNL AYYLRRNPFE VNCLIAGYDK KDGYQLYWCD YLSNMDSVNK GAHGYGAYLV SAILDKYYHE NLTVDEALDI F KLCFEELK KRFLLTQINY ELRIMYDNKV ETQYVTV

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #12: 20S proteasome beta-5 subunit

分子名称: 20S proteasome beta-5 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 23.620646 KDa
配列文字列: TTTLAFKFKD GIIVAVDSRA SMGSFISSQN VEKIIEINKN ILGTMAGGAA DCLYWEKYLG KIIKIYELRN NEKISVRAAS TILSNILYQ YKGYGLCCGI ILSGYDHTGF NMFYVDDSGK KVEGNLFSCG SGSTYAYSIL DSAYDYNLNL DQAVELARNA I YHATFRDG ...文字列:
TTTLAFKFKD GIIVAVDSRA SMGSFISSQN VEKIIEINKN ILGTMAGGAA DCLYWEKYLG KIIKIYELRN NEKISVRAAS TILSNILYQ YKGYGLCCGI ILSGYDHTGF NMFYVDDSGK KVEGNLFSCG SGSTYAYSIL DSAYDYNLNL DQAVELARNA I YHATFRDG GSGGKVRVFH IHKNGYDKII EGEDVFDLHY HYTNPEQKDQ YVM

UniProtKB: Proteasome subunit beta

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分子 #13: 20S proteasome beta-6 subunit

分子名称: 20S proteasome beta-6 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 27.301203 KDa
配列文字列: MDLILYNDNL TEKKTEKENV IEHGRGFKRW YPYIDNGGTV IGLTGKDYVI LAADTRLSLS YSIYTRFCPK ISKLTDKCII GSSGMQSDI KTLHSLLQKK IQLFVLEHSH YPDIHVIARL LCVILYSRRF FPYYAFNILA GVDENNKGVL YNYDSVGSYC E ATHSCVGS ...文字列:
MDLILYNDNL TEKKTEKENV IEHGRGFKRW YPYIDNGGTV IGLTGKDYVI LAADTRLSLS YSIYTRFCPK ISKLTDKCII GSSGMQSDI KTLHSLLQKK IQLFVLEHSH YPDIHVIARL LCVILYSRRF FPYYAFNILA GVDENNKGVL YNYDSVGSYC E ATHSCVGS GSQLILPILD NRVEQKNQLI KNTNFNLGDD INFVKDAITS ATERDIYTGD KTLIYVIDKM GINVNTLDLK QD

UniProtKB: Proteasome subunit beta

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分子 #14: 20S proteasome beta-7 subunit

分子名称: 20S proteasome beta-7 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 30.909893 KDa
配列文字列: MTLGPVVTGT SVIAIKYKHG IMIAADRKAS YGSYAKFQNV ERIFKINNKT VMGFSGELAD AQYLHELLTR KNINNLSEKK RKEDMYTPQ HYHSYVSRVF YVRKNRIDPL FNNIIIAGIN SQKYDNNDDN VLLYTNKNND DEQNEYKNNE EYKEIHKDDL Y IGFVDMHG ...文字列:
MTLGPVVTGT SVIAIKYKHG IMIAADRKAS YGSYAKFQNV ERIFKINNKT VMGFSGELAD AQYLHELLTR KNINNLSEKK RKEDMYTPQ HYHSYVSRVF YVRKNRIDPL FNNIIIAGIN SQKYDNNDDN VLLYTNKNND DEQNEYKNNE EYKEIHKDDL Y IGFVDMHG TNFCDDYITT GYARYFALTL LRDHYKDNMT EEEARILINE CLRILYFRDA TSSNFIQIVK VTSKGVEYEE PY ILPCVLN SADYVYPSTL LPPAGCMW

UniProtKB: Proteasome subunit beta

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分子 #15: N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL...

分子名称: N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 6 / 式: BO2
分子量理論値: 384.237 Da
Chemical component information

ChemComp-BO2:
N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE / ボルテゾミブ / 薬剤, 抗がん剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
RELION (ver. 3)wraper for motioncorr2, particle polishing
MotionCorr2 (ver. 2)motion correction
cryoSPARC (ver. 2.15)particle picking, 2D classes, 3D classes, refinements

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24536
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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