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万見
- EMDB-23518: Cryo-EM map of DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23518
タイトルCryo-EM map of DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env
マップデータCryoEM map of DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env
試料
  • 複合体: DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env
    • タンパク質・ペプチド: DH851.3 light chain
    • タンパク質・ペプチド: DH851.3 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DH851.3 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DH851.3 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードFab-dimerized / glycan-reactive / antibodies / HIV-1 / DH898.1 / Fab-dimer / glycan-reactive neutralizing antibody / macaque HIV-1 vaccine-induced / B cell lineage / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Edwards RJ / Manne K / Acharya P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI145687 米国
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies are a structural category of natural antibodies.
著者: Wilton B Williams / R Ryan Meyerhoff / R J Edwards / Hui Li / Kartik Manne / Nathan I Nicely / Rory Henderson / Ye Zhou / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Sophie Gobeil / Tyler ...著者: Wilton B Williams / R Ryan Meyerhoff / R J Edwards / Hui Li / Kartik Manne / Nathan I Nicely / Rory Henderson / Ye Zhou / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Sophie Gobeil / Tyler Evangelous / Bhavna Hora / Madison Berry / A Yousef Abuahmad / Jordan Sprenz / Margaret Deyton / Victoria Stalls / Megan Kopp / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Guillaume B E Stewart-Jones / Matthew S Lee / Naomi Bronkema / M Anthony Moody / Kevin Wiehe / Todd Bradley / S Munir Alam / Robert J Parks / Andrew Foulger / Thomas Oguin / Gregory D Sempowski / Mattia Bonsignori / Celia C LaBranche / David C Montefiori / Michael Seaman / Sampa Santra / John Perfect / Joseph R Francica / Geoffrey M Lynn / Baptiste Aussedat / William E Walkowicz / Richard Laga / Garnett Kelsoe / Kevin O Saunders / Daniela Fera / Peter D Kwong / Robert A Seder / Alberto Bartesaghi / George M Shaw / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes /
要旨: Natural antibodies (Abs) can target host glycans on the surface of pathogens. We studied the evolution of glycan-reactive B cells of rhesus macaques and humans using glycosylated HIV-1 envelope (Env) ...Natural antibodies (Abs) can target host glycans on the surface of pathogens. We studied the evolution of glycan-reactive B cells of rhesus macaques and humans using glycosylated HIV-1 envelope (Env) as a model antigen. 2G12 is a broadly neutralizing Ab (bnAb) that targets a conserved glycan patch on Env of geographically diverse HIV-1 strains using a unique heavy-chain (V) domain-swapped architecture that results in fragment antigen-binding (Fab) dimerization. Here, we describe HIV-1 Env Fab-dimerized glycan (FDG)-reactive bnAbs without V-swapped domains from simian-human immunodeficiency virus (SHIV)-infected macaques. FDG Abs also recognized cell-surface glycans on diverse pathogens, including yeast and severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike. FDG precursors were expanded by glycan-bearing immunogens in macaques and were abundant in HIV-1-naive humans. Moreover, FDG precursors were predominately mutated IgMIgDCD27, thus suggesting that they originated from a pool of antigen-experienced IgM or marginal zone B cells.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020
タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies neutralize HIV and are prevalent in humans and rhesus macaques
著者: Acharya P / Williams W / Henderson R / Janowska K / Manne K / Parks R / Deyton M / Sprenz J / Stalls V / Kopp M / Mansouri K / Edwards RJ / Meyerhoff RR / Oguin T / Sempowski G / Saunders K / Haynes BF
履歴
登録2021年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月24日-
マップ公開2021年3月24日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lu9
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23518.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23518.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.07 Å/pix.
x 141 pix.
= 150.376 Å		1.07 Å/pix.
x 223 pix.
= 237.829 Å		1.07 Å/pix.
x 232 pix.
= 247.428 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0665 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.4758269 - 0.89355016
平均 (標準偏差)0.000000000000366 (±0.040937867)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin9875121
サイズ223232141
Spacing141223232
セルA: 150.3765 Å / B: 237.82948 Å / C: 247.428 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06649645390071.06649775784751.0665
M x/y/z141223232
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z150.376237.829247.428
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1219875
NX/NY/NZ141223232
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS7598121
NC/NR/NS232223141
D min/max/mean-0.4760.8940.000

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添付データ

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ハーフマップ: CryoEM half-map B of DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env

ファイルemd_23518_half_map_1.map
注釈CryoEM half-map B of DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM half-map A of DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env

ファイルemd_23518_half_map_2.map
注釈CryoEM half-map A of DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env

全体名称: DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env
要素
  • 複合体: DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env
    • タンパク質・ペプチド: DH851.3 light chain
    • タンパク質・ペプチド: DH851.3 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DH851.3 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DH851.3 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env

超分子名称: DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: DH851.3 light chain

分子名称: DH851.3 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 22.127463 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ALTQPPSVSK SLEQSVTISC TGTTTGNSVS WYQCHSGTAP RLLIYDVNKR PSGVSDRFSG SKSHNTASLT IFGLQAEDEA DYYCGSYGS GGSLLFGGGT RLTVLGQP(UNK)K ASPTVTLFPP SSEELQANKA TLVCLISDFY PGVVKVAWKA DGSAVNA GV ...文字列:
ALTQPPSVSK SLEQSVTISC TGTTTGNSVS WYQCHSGTAP RLLIYDVNKR PSGVSDRFSG SKSHNTASLT IFGLQAEDEA DYYCGSYGS GGSLLFGGGT RLTVLGQP(UNK)K ASPTVTLFPP SSEELQANKA TLVCLISDFY PGVVKVAWKA DGSAVNA GV ETTTPSKQSN NKYAASSYLS LTSDQWKSHK SYSCQVTHEG STVEKTVAPA EC

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分子 #2: DH851.3 heavy chain

分子名称: DH851.3 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 24.451617 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVTLMESGPA LVKVTQTLAV TCTFSGFSIR DSGKGVAWIR QPPGGALEWL TSIYWDDTKY HDTSLKPRLT IFRDTSQTQV ILILTNMAP LDTATYYCGR INNGGGWKDH IDFWGPGLLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSR STSESTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGS ...文字列:
QVTLMESGPA LVKVTQTLAV TCTFSGFSIR DSGKGVAWIR QPPGGALEWL TSIYWDDTKY HDTSLKPRLT IFRDTSQTQV ILILTNMAP LDTATYYCGR INNGGGWKDH IDFWGPGLLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSR STSESTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGS LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYVCNV NHKPSNTKVD KRVEIKTCGG

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分子 #3: DH851.3 heavy chain

分子名称: DH851.3 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 23.89093 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVTLMESGPA LVKVTQTLAV TCTFSGFSIR DSGKGVAWIR QPPGGALEWL TSIYWDDTKY HDTSLKPRLT IFRDTSQTQV ILILTNMAP LDTATYYCGR INNGGGWKDH IDFWGPGLLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSR STSESTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGS ...文字列:
QVTLMESGPA LVKVTQTLAV TCTFSGFSIR DSGKGVAWIR QPPGGALEWL TSIYWDDTKY HDTSLKPRLT IFRDTSQTQV ILILTNMAP LDTATYYCGR INNGGGWKDH IDFWGPGLLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSR STSESTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGS LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYVCNV NHKPSNTKVD KRVE

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分子 #4: DH851.3 light chain

分子名称: DH851.3 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 21.824127 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ALTQPPSVSK SLEQSVTISC TGTTTGNSVS WYQCHSGTAP RLLIYDVNKR PSGVSDRFSG SKSHNTASLT IFGLQAEDEA DYYCGSYGS GGSLLFGGGT RLTVLGQP(UNK)K ASPTVTLFPP SSEELQANKA TLVCLISDFY PGVVKVAWKA DGSAVNA GV ...文字列:
ALTQPPSVSK SLEQSVTISC TGTTTGNSVS WYQCHSGTAP RLLIYDVNKR PSGVSDRFSG SKSHNTASLT IFGLQAEDEA DYYCGSYGS GGSLLFGGGT RLTVLGQP(UNK)K ASPTVTLFPP SSEELQANKA TLVCLISDFY PGVVKVAWKA DGSAVNA GV ETTTPSKQSN NKYAASSYLS LTSDQWKSHK SYSCQVTHEG STVEKTVAP

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分子 #5: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.134512 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLKAIEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

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分子 #6: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 51.898062 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ENLWVTVYYG VPVWKEAKTT LFCASDAKAY EKEVHNVWAT HACVPTDPNP QEMVLKNVTE NFNMWKNDMV DQMHEDVISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNATASNSS IIEGMKNCSF NITTELRDKR EKKNALFYKL DIVQLDGNSS QYRLINCNTS V ITQACPKV ...文字列:
ENLWVTVYYG VPVWKEAKTT LFCASDAKAY EKEVHNVWAT HACVPTDPNP QEMVLKNVTE NFNMWKNDMV DQMHEDVISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNATASNSS IIEGMKNCSF NITTELRDKR EKKNALFYKL DIVQLDGNSS QYRLINCNTS V ITQACPKV SFDPIPIHYC APAGYAILKC NNKTFTGTGP CNNVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEG EIIIRSENIT NN VKTIIVH LNESVKIECT RPNNKTRTSI RIGPGQWFYA TGQVIGDIRE AYCNINESKW NETLQRVSKK LKEYFPHKNI TFQ PSSGGD LEITTHSFNC GGEFFYCNTS SLFNRTYMAN STDMANSTET NSTRTITIHC RIKQIINMWQ EVGRAMYAPP IAGN ITCIS NITGLLLTRD GGKNNTETFR PGGGNMKDNW RSELYKYKVV KIEPLGVAPT RCKRRV

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: blot for 2.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 93.15 K / 最高: 93.15 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 6058 / 平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 53398
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7lu9:
Cryo-EM structure of DH851.3 bound to HIV-1 CH505 Env

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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