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- EMDB-23503: Cryo-EM structure of Pre-15S proteasome core particle assembly in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23503
タイトルCryo-EM structure of Pre-15S proteasome core particle assembly intermediate purified from Pre3-1 proteasome mutant (G34D)
マップデータPre-15S Complex Map
試料
  • 複合体: Pre-15S
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
キーワードcore particle / complex / assembly intermediate / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / chorismate biosynthetic process / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / aromatic amino acid family biosynthetic process / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / amino acid biosynthetic process / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome chaperone 1, fungi / Proteasome chaperone 1 superfamily / POC1 chaperone / Proteasome assembly chaperone 2, eukaryotic / Proteasome maturation factor Ump1 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / DAHP synthetase, class II ...Proteasome chaperone 1, fungi / Proteasome chaperone 1 superfamily / POC1 chaperone / Proteasome assembly chaperone 2, eukaryotic / Proteasome maturation factor Ump1 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit alpha type-5 ...Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome chaperone 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Schnell HM / Walsh Jr RM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)DP5-OD019800 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structures of chaperone-associated assembly intermediates reveal coordinated mechanisms of proteasome biogenesis.
著者: Schnell HM / Walsh Jr RM / Rawson S / Kaur M / Bhanu MK / Tian G / Prado MA / Guerra-Moreno A / Paulo JA / Gygi SP / Roelofs J / Finley D / Hanna J
履歴
登録2021年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月14日-
マップ公開2021年4月14日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23503.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pre-15S Complex Map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.671718 - 2.8942525
平均 (標準偏差)0.001447986 (±0.0710558)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.600381.600381.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ645365
NX/NY/NZ139143124
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-1.6722.8940.001

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : Pre-15S

全体名称: Pre-15S
要素
  • 複合体: Pre-15S
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome maturation factor UMP1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome chaperone 1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome assembly chaperone 2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6

+
超分子 #1: Pre-15S

超分子名称: Pre-15S / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Abundant sub-20S particle that is naturally enriched in Pre3-1 mutant (G34D) was purified via C-terminal Pre1-TEV-ProA affinity tag inserted at the endogenous locus.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.03383 KDa
配列文字列: MSGAAAASAA GYDRHITIFS PEGRLYQVEY AFKATNQTNI NSLAVRGKDC TVVISQKKVP DKLLDPTTVS YIFCISRTIG MVVNGPIPD ARNAALRAKA EAAEFRYKYG YDMPCDVLAK RMANLSQIYT QRAYMRPLGV ILTFVSVDEE LGPSIYKTDP A GYYVGYKA ...文字列:
MSGAAAASAA GYDRHITIFS PEGRLYQVEY AFKATNQTNI NSLAVRGKDC TVVISQKKVP DKLLDPTTVS YIFCISRTIG MVVNGPIPD ARNAALRAKA EAAEFRYKYG YDMPCDVLAK RMANLSQIYT QRAYMRPLGV ILTFVSVDEE LGPSIYKTDP A GYYVGYKA TATGPKQQEI TTNLENHFKK SKIDHINEES WEKVVEFAIT HMIDALGTEF SKNDLEVGVA TKDKFFTLSA EN IEERLVA IAEQD

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.191828 KDa
配列文字列: MTDRYSFSLT TFSPSGKLGQ IDYALTAVKQ GVTSLGIKAT NGVVIATEKK SSSPLAMSET LSKVSLLTPD IGAVYSGMGP DYRVLVDKS RKVAHTSYKR IYGEYPPTKL LVSEVAKIMQ EATQSGGVRP FGVSLLIAGH DEFNGFSLYQ VDPSGSYFPW K ATAIGKGS ...文字列:
MTDRYSFSLT TFSPSGKLGQ IDYALTAVKQ GVTSLGIKAT NGVVIATEKK SSSPLAMSET LSKVSLLTPD IGAVYSGMGP DYRVLVDKS RKVAHTSYKR IYGEYPPTKL LVSEVAKIMQ EATQSGGVRP FGVSLLIAGH DEFNGFSLYQ VDPSGSYFPW K ATAIGKGS VAAKTFLEKR WNDELELEDA IHIALLTLKE SVEGEFNGDT IELAIIGDEN PDLLGYTGIP TDKGPRFRKL TS QEINDRL EAL

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.74823 KDa
配列文字列: MGSRRYDSRT TIFSPEGRLY QVEYALESIS HAGTAIGIMA SDGIVLAAER KVTSTLLEQD TSTEKLYKLN DKIAVAVAGL TADAEILIN TARIHAQNYL KTYNEDIPVE ILVRRLSDIK QGYTQHGGLR PFGVSFIYAG YDDRYGYQLY TSNPSGNYTG W KAISVGAN ...文字列:
MGSRRYDSRT TIFSPEGRLY QVEYALESIS HAGTAIGIMA SDGIVLAAER KVTSTLLEQD TSTEKLYKLN DKIAVAVAGL TADAEILIN TARIHAQNYL KTYNEDIPVE ILVRRLSDIK QGYTQHGGLR PFGVSFIYAG YDDRYGYQLY TSNPSGNYTG W KAISVGAN TSAAQTLLQM DYKDDMKVDD AIELALKTLS KTTDSSALTY DRLEFATIRK GANDGEVYQK IFKPQEIKDI LV KTGITKK DEDEEADEDM K

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-3

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.478111 KDa
配列文字列: MSGYDRALSI FSPDGHIFQV EYALEAVKRG TCAVGVKGKN CVVLGCERRS TLKLQDTRIT PSKVSKIDSH VVLSFSGLNA DSRILIEKA RVEAQSHRLT LEDPVTVEYL TRYVAGVQQR YTQSGGVRPF GVSTLIAGFD PRDDEPKLYQ TEPSGIYSSW S AQTIGRNS ...文字列:
MSGYDRALSI FSPDGHIFQV EYALEAVKRG TCAVGVKGKN CVVLGCERRS TLKLQDTRIT PSKVSKIDSH VVLSFSGLNA DSRILIEKA RVEAQSHRLT LEDPVTVEYL TRYVAGVQQR YTQSGGVRPF GVSTLIAGFD PRDDEPKLYQ TEPSGIYSSW S AQTIGRNS KTVREFLEKN YDRKEPPATV EECVKLTVRS LLEVVQTGAK NIEITVVKPD SDIVALSSEE INQYVTQIEQ EK QEQQEQD KKKKSNH

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-4

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.649086 KDa
配列文字列: MFLTRSEYDR GVSTFSPEGR LFQVEYSLEA IKLGSTAIGI ATKEGVVLGV EKRATSPLLE SDSIEKIVEI DRHIGCAMSG LTADARSMI EHARTAAVTH NLYYDEDINV ESLTQSVCDL ALRFGEGASG EERLMSRPFG VALLIAGHDA DDGYQLFHAE P SGTFYRYN ...文字列:
MFLTRSEYDR GVSTFSPEGR LFQVEYSLEA IKLGSTAIGI ATKEGVVLGV EKRATSPLLE SDSIEKIVEI DRHIGCAMSG LTADARSMI EHARTAAVTH NLYYDEDINV ESLTQSVCDL ALRFGEGASG EERLMSRPFG VALLIAGHDA DDGYQLFHAE P SGTFYRYN AKAIGSGSEG AQAELLNEWH SSLTLKEAEL LVLKILKQVM EEKLDENNAQ LSCITKQDGF KIYDNEKTAE LI KELKEKE AAESPEEADV EMS

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-5

+
分子 #6: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 25.634 KDa
配列文字列: MFRNNYDGDT VTFSPTGRLF QVEYALEAIK QGSVTVGLRS NTHAVLVALK RNADELSSYQ KKIIKCDEHM GLSLAGLAPD ARVLSNYLR QQCNYSSLVF NRKLAVERAG HLLCDKAQKN TQSYGGRPYG VGLLIIGYDK SGAHLLEFQP SGNVTELYGT A IGARSQGA ...文字列:
MFRNNYDGDT VTFSPTGRLF QVEYALEAIK QGSVTVGLRS NTHAVLVALK RNADELSSYQ KKIIKCDEHM GLSLAGLAPD ARVLSNYLR QQCNYSSLVF NRKLAVERAG HLLCDKAQKN TQSYGGRPYG VGLLIIGYDK SGAHLLEFQP SGNVTELYGT A IGARSQGA KTYLERTLDT FIKIDGNPDE LIKAGVEAIS QSLRDESLTV DNLSIAIVGK DTPFTIYDGE AVAKYI

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 31.575068 KDa
配列文字列: MTSIGTGYDL SNSVFSPDGR NFQVEYAVKA VENGTTSIGI KCNDGVVFAV EKLITSKLLV PQKNVKIQVV DRHIGCVYSG LIPDGRHLV NRGREEAASF KKLYKTPIPI PAFADRLGQY VQAHTLYNSV RPFGVSTIFG GVDKNGAHLY MLEPSGSYWG Y KGAATGKG ...文字列:
MTSIGTGYDL SNSVFSPDGR NFQVEYAVKA VENGTTSIGI KCNDGVVFAV EKLITSKLLV PQKNVKIQVV DRHIGCVYSG LIPDGRHLV NRGREEAASF KKLYKTPIPI PAFADRLGQY VQAHTLYNSV RPFGVSTIFG GVDKNGAHLY MLEPSGSYWG Y KGAATGKG RQSAKAELEK LVDHHPEGLS AREAVKQAAK IIYLAHEDNK EKDFELEISW CSLSETNGLH KFVKGDLLQE AI DFAQKEI NGDDDEDEDD SDNVMSSDDE NAPVATNANA TTDQEGDIHL E

UniProtKB: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

+
分子 #8: Proteasome maturation factor UMP1

分子名称: Proteasome maturation factor UMP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.777766 KDa
配列文字列:
MNIVPQDTFK SQVSTDQDKS VLSSAVPSLP DTLRQQEGGA VPLSTQLNDR HPLESTLKNW ETTQRQRQME QYRQIFGIAE PMKRTMEME IVNRTDFNPL STNGSIHRDI LLNKECSIDW EDVYPGTGLQ ASTMVGDDVH SKIEKQLGI

UniProtKB: Proteasome maturation factor UMP1

+
分子 #9: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.299889 KDa
配列文字列: MAGLSFDNYQ RNNFLAENSH TQPKATSTGT TIVGVKFNNG VVIAADTRST QGPIVADKNC AKLHRISPKI WCAGAGTAAD TEAVTQLIG SNIELHSLYT SREPRVVSAL QMLKQHLFKY QGHIGAYLIV AGVDPTGSHL FSIHAHGSTD VGYYLSLGSG S LAAMAVLE ...文字列:
MAGLSFDNYQ RNNFLAENSH TQPKATSTGT TIVGVKFNNG VVIAADTRST QGPIVADKNC AKLHRISPKI WCAGAGTAAD TEAVTQLIG SNIELHSLYT SREPRVVSAL QMLKQHLFKY QGHIGAYLIV AGVDPTGSHL FSIHAHGSTD VGYYLSLGSG S LAAMAVLE SHWKQDLTKE EAIKLASDAI QAGIWNDLGS GSNVDVCVME IGKDAEYLRN YLTPNVREEK QKSYKFPRGT TA VLKESIV NICDIQEEQV DITA

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-2

+
分子 #10: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.627842 KDa
配列文字列: MSDPSSINGG IVVAMTGKDC VAIACDLRLG SQSLGVSNKF EKIFHYGHVF LGITGLATDV TTLNEMFRYK TNLYKLKEER AIEPETFTQ LVSSSLYERR FGPYFVGPVV AGINSKSGKP FIAGFDLIGC IDEAKDFIVS GTASDQLFGM CESLYEPNLE P EDLFETIS ...文字列:
MSDPSSINGG IVVAMTGKDC VAIACDLRLG SQSLGVSNKF EKIFHYGHVF LGITGLATDV TTLNEMFRYK TNLYKLKEER AIEPETFTQ LVSSSLYERR FGPYFVGPVV AGINSKSGKP FIAGFDLIGC IDEAKDFIVS GTASDQLFGM CESLYEPNLE P EDLFETIS QALLNAADRD ALSGWGAVVY IIKKDEVVKR YLKMRQD

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-3

+
分子 #11: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.545676 KDa
配列文字列: MDIILGIRVQ DSVILASSKA VTRGISVLKD SDDKTRQLSP HTLMSFAGEA GDTVQFAEYI QANIQLYSIR EDYELSPQAV SSFVRQELA KSIRSRRPYQ VNVLIGGYDK KKNKPELYQI DYLGTKVELP YGAHGYSGFY TFSLLDHHYR PDMTTEEGLD L LKLCVQEL ...文字列:
MDIILGIRVQ DSVILASSKA VTRGISVLKD SDDKTRQLSP HTLMSFAGEA GDTVQFAEYI QANIQLYSIR EDYELSPQAV SSFVRQELA KSIRSRRPYQ VNVLIGGYDK KKNKPELYQI DYLGTKVELP YGAHGYSGFY TFSLLDHHYR PDMTTEEGLD L LKLCVQEL EKRMPMDFKG VIVKIVDKDG IRQVDDFQAQ

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-4

+
分子 #12: Proteasome chaperone 1

分子名称: Proteasome chaperone 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 30.718074 KDa
配列文字列: MLFKQWNDLP EPKHLLDLPE ISKNLQSLEV CPVPKVEFPQ DLDVPQYSTA VITTKIMNPL FPKNLLQLTS IGEIKTTLTV KSPSLPQSS GKHSWNYDEN FPNEVDPDQK NDTADETVYG FSFPIYSFGK TLLFSMEENF ISISPIFGNM ISRSIISQLA Q FSPDIIVI ...文字列:
MLFKQWNDLP EPKHLLDLPE ISKNLQSLEV CPVPKVEFPQ DLDVPQYSTA VITTKIMNPL FPKNLLQLTS IGEIKTTLTV KSPSLPQSS GKHSWNYDEN FPNEVDPDQK NDTADETVYG FSFPIYSFGK TLLFSMEENF ISISPIFGNM ISRSIISQLA Q FSPDIIVI GTSDKIASMK VMTENECTLQ PPEFITGFIG SVLTQLIVGP SKGLKFKCLV APSEGPNGFE KLSLSDMGSL VD LCGQWLG FEPSRYSEEC YRLWRCDSAA IGAQSGLYI

UniProtKB: Proteasome chaperone 1

+
分子 #13: Proteasome assembly chaperone 2

分子名称: Proteasome assembly chaperone 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 30.762895 KDa
配列文字列: MSCLVLPLVS VGNIPQLSID WLLNSQANEW EYLEALDSKY LVEFVGPLDR PEDGSDSLYK DADMKYSSAL EVFYNKKRGL FAIQQRTPL VSVNYLNNFI VEIILPFLSK YNISEICIWD SLYAMEDENG VIVRPQEVYS LGEFYFDDEA ELLSNLHLND Q ESMVNNWL ...文字列:
MSCLVLPLVS VGNIPQLSID WLLNSQANEW EYLEALDSKY LVEFVGPLDR PEDGSDSLYK DADMKYSSAL EVFYNKKRGL FAIQQRTPL VSVNYLNNFI VEIILPFLSK YNISEICIWD SLYAMEDENG VIVRPQEVYS LGEFYFDDEA ELLSNLHLND Q ESMVNNWL HFTPTSFQDK ISVDQPIFKI LFQILNASQR PKALRSIKYC SCLANEGDNS LDSQQFLQWI ISQKVIKNAP PI VKFVRPI SWQGAYGMAD ARDKFVDLYN

UniProtKB: Proteasome assembly chaperone 2

+
分子 #14: Proteasome subunit beta type-5

分子名称: Proteasome subunit beta type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 31.670539 KDa
配列文字列: MQAIADSFSV PNRLVKELQY DNEQNLESDF VTGASQFQRL APSLTVPPIA SPQQFLRAHT DDSRNPDCKI KIAHGTTTLA FRFQGGIIV AVDSRATAGN WVASQTVKKV IEINPFLLGT MAGGAADCQF WETWLGSQCR LHELREKERI SVAAASKILS N LVYQYKGA ...文字列:
MQAIADSFSV PNRLVKELQY DNEQNLESDF VTGASQFQRL APSLTVPPIA SPQQFLRAHT DDSRNPDCKI KIAHGTTTLA FRFQGGIIV AVDSRATAGN WVASQTVKKV IEINPFLLGT MAGGAADCQF WETWLGSQCR LHELREKERI SVAAASKILS N LVYQYKGA GLSMGTMICG YTRKEGPTIY YVDSDGTRLK GDIFCVGSGQ TFAYGVLDSN YKWDLSVEDA LYLGKRSILA AA HRDAYSG GSVNLYHVTE DGWIYHGNHD VGELFWKVKE EEGSFNNVIG

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-5

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分子 #15: Proteasome subunit beta type-6

分子名称: Proteasome subunit beta type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 26.905076 KDa
配列文字列: MATIASEYSS EASNTPIEHQ FNPYGDNGGT ILGIAGEDFA VLAGDTRNIT DYSINSRYEP KVFDCGDNIV MSANGFAADG DALVKRFKN SVKWYHFDHN DKKLSINSAA RNIQHLLYGK RFFPYYVHTI IAGLDEDGKG AVYSFDPVGS YEREQCRAGG A AASLIMPF ...文字列:
MATIASEYSS EASNTPIEHQ FNPYGDNGGT ILGIAGEDFA VLAGDTRNIT DYSINSRYEP KVFDCGDNIV MSANGFAADG DALVKRFKN SVKWYHFDHN DKKLSINSAA RNIQHLLYGK RFFPYYVHTI IAGLDEDGKG AVYSFDPVGS YEREQCRAGG A AASLIMPF LDNQVNFKNQ YEPGTNGKVK KPLKYLSVEE VIKLVRDSFT SATERHIQVG DGLEILIVTK DGVRKEFYEL KR D

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris Buffer
1.0 mMEDTA
100.0 mMSodium ChlorideNaCl
1.0 mMFluorinated Fos-Choline

詳細: Fluorinated Fos-Choline was added to the sample immediately prior to deposition on a grid for plunge freezing.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20657 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 55.94 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 47169 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1633892
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / 使用した粒子像数: 95288
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4g4s


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7ls6:
Cryo-EM structure of Pre-15S proteasome core particle assembly intermediate purified from Pre3-1 proteasome mutant (G34D)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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