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- EMDB-23494: Cryo-EM of the SLFN12-PDE3A complex: PDE3A body refinement -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23494
タイトルCryo-EM of the SLFN12-PDE3A complex: PDE3A body refinement
マップデータBody output from Relion Multibody refinement
試料
  • 複合体: SLFN12-PDE3A complex, PDE3A body with interacting peptide from SLFN12
    • タンパク質・ペプチド: cGMP-inhibited 3',5'-cyclic phosphodiesterase A
    • タンパク質・ペプチド: Schlafen family member 12
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (4~{R})-3-[4-(diethylamino)-3-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]phenyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1~{H}-pyridazin-6-one
キーワードcomplex / velcrin / molecular glue / DNMDP / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3',5'-cGMP-inhibited cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / estrogen binding / regulation of ribonuclease activity / positive regulation of oocyte development / regulation of meiotic nuclear division / cellular response to cGMP / rRNA catabolic process / negative regulation of cAMP-mediated signaling / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability ...3',5'-cGMP-inhibited cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / estrogen binding / regulation of ribonuclease activity / positive regulation of oocyte development / regulation of meiotic nuclear division / cellular response to cGMP / rRNA catabolic process / negative regulation of cAMP-mediated signaling / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / negative regulation of vascular permeability / oocyte maturation / cGMP-mediated signaling / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / nuclear estrogen receptor activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / RNA nuclease activity / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cAMP-mediated signaling / apoptotic signaling pathway / lipid metabolic process / ribosome binding / G alpha (s) signalling events / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to xenobiotic stimulus / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of apoptotic process / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Schlafen, GTPase-like domain / Schlafen family / Orthopoxvirus B3 protein / Poxviridae B3 protein / Schlafen, AlbA_2 domain / Schlafen, AlbA_2 domain superfamily / Schlafen, AlbA_2 / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site ...: / Schlafen, GTPase-like domain / Schlafen family / Orthopoxvirus B3 protein / Poxviridae B3 protein / Schlafen, AlbA_2 domain / Schlafen, AlbA_2 domain superfamily / Schlafen, AlbA_2 / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
cGMP-inhibited 3',5'-cyclic phosphodiesterase 3A / Ribonuclease SLFN12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Fuller JR / Garvie CW / Lemke CT
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of PDE3A-SLFN12 complex reveals requirements for activation of SLFN12 RNase.
著者: Colin W Garvie / Xiaoyun Wu / Malvina Papanastasiou / Sooncheol Lee / James Fuller / Gavin R Schnitzler / Steven W Horner / Andrew Baker / Terry Zhang / James P Mullahoo / Lindsay Westlake / ...著者: Colin W Garvie / Xiaoyun Wu / Malvina Papanastasiou / Sooncheol Lee / James Fuller / Gavin R Schnitzler / Steven W Horner / Andrew Baker / Terry Zhang / James P Mullahoo / Lindsay Westlake / Stephanie H Hoyt / Marcus Toetzl / Matthew J Ranaghan / Luc de Waal / Joseph McGaunn / Bethany Kaplan / Federica Piccioni / Xiaoping Yang / Martin Lange / Adrian Tersteegen / Donald Raymond / Timothy A Lewis / Steven A Carr / Andrew D Cherniack / Christopher T Lemke / Matthew Meyerson / Heidi Greulich /
要旨: DNMDP and related compounds, or velcrins, induce complex formation between the phosphodiesterase PDE3A and the SLFN12 protein, leading to a cytotoxic response in cancer cells that express elevated ...DNMDP and related compounds, or velcrins, induce complex formation between the phosphodiesterase PDE3A and the SLFN12 protein, leading to a cytotoxic response in cancer cells that express elevated levels of both proteins. The mechanisms by which velcrins induce complex formation, and how the PDE3A-SLFN12 complex causes cancer cell death, are not fully understood. Here, we show that PDE3A and SLFN12 form a heterotetramer stabilized by binding of DNMDP. Interactions between the C-terminal alpha helix of SLFN12 and residues near the active site of PDE3A are required for complex formation, and are further stabilized by interactions between SLFN12 and DNMDP. Moreover, we demonstrate that SLFN12 is an RNase, that PDE3A binding increases SLFN12 RNase activity, and that SLFN12 RNase activity is required for DNMDP response. This new mechanistic understanding will facilitate development of velcrin compounds into new cancer therapies.
履歴
登録2021年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月9日-
マップ公開2021年6月9日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lrc
  • 表面レベル: 0.0175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23494.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23494.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Body output from Relion Multibody refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 324 pix.
= 344.412 Å		1.06 Å/pix.
x 324 pix.
= 344.412 Å		1.06 Å/pix.
x 324 pix.
= 344.412 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.063 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0175 / ムービー #1: 0.0175
最小 - 最大-0.019649941 - 0.052426178
平均 (標準偏差)0.000091294554 (±0.0014236004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 344.412 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0631.0631.063
M x/y/z324324324
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z344.412344.412344.412
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ727265
NX/NY/NZ157157169
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS324324324
D min/max/mean-0.0200.0520.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23494_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened by an automatically-determined B-factor (-117.379) and filtered...

ファイルemd_23494_additional_1.map
注釈Sharpened by an automatically-determined B-factor (-117.379) and filtered to local resolution, using the Relion local resolution implementation. Model was primarily refined against this map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Body half-map 2 from Relion Multibody refinement

ファイルemd_23494_half_map_1.map
注釈Body half-map 2 from Relion Multibody refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Body half-map 1 from Relion Multibody refinement

ファイルemd_23494_half_map_2.map
注釈Body half-map 1 from Relion Multibody refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SLFN12-PDE3A complex, PDE3A body with interacting peptide from SLFN12

全体名称: SLFN12-PDE3A complex, PDE3A body with interacting peptide from SLFN12
要素
  • 複合体: SLFN12-PDE3A complex, PDE3A body with interacting peptide from SLFN12
    • タンパク質・ペプチド: cGMP-inhibited 3',5'-cyclic phosphodiesterase A
    • タンパク質・ペプチド: Schlafen family member 12
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (4~{R})-3-[4-(diethylamino)-3-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]phenyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1~{H}-pyridazin-6-one

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超分子 #1: SLFN12-PDE3A complex, PDE3A body with interacting peptide from SLFN12

超分子名称: SLFN12-PDE3A complex, PDE3A body with interacting peptide from SLFN12
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: cGMP-inhibited 3',5'-cyclic phosphodiesterase A

分子名称: cGMP-inhibited 3',5'-cyclic phosphodiesterase A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.352996 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GEDETECLRE PLRKASACST YAPETMMFLD KPILAPEPLV MDNLDSIMEQ LNTWNFPIFD LVENIGRKCG RILSQVSYRL FEDMGLFEA FKIPIREFMN YFHALEIGYR DIPYHNRIHA TDVLHAVWYL TTQPIPGLST VINDHGSTSD SDSDSGFTHG H MGYVFSKT ...文字列:
GEDETECLRE PLRKASACST YAPETMMFLD KPILAPEPLV MDNLDSIMEQ LNTWNFPIFD LVENIGRKCG RILSQVSYRL FEDMGLFEA FKIPIREFMN YFHALEIGYR DIPYHNRIHA TDVLHAVWYL TTQPIPGLST VINDHGSTSD SDSDSGFTHG H MGYVFSKT YNVTDDKYGC LSGNIPALEL MALYVAAAMH DYDHPGRTNA FLVATSAPQA VLYNDRSVLE NHHAAAAWNL FM SRPEYNF LINLDHVEFK HFRFLVIEAI LATDLKKHFD FVAKFNGKVN DDVGIDWTNE NDRLLVCQMC IKLADINGPA KCK ELHLQW TDGIVNEFYE QGDEEASLGL PISPFMDRSA PQLANLQESF ISHIVGPLCN SYDSAGLMPG KWVEDSDESG DTDD PEEEE EEAPAPNEEE TCENNESPKK KTFKRRKIYC QITQHLLQNH KMWKKVIEEE QRLAGIENQS LDQTPQSHSS EQIQA IKEE EEEKGKPRGE EIPTQKPDQ

UniProtKB: cGMP-inhibited 3',5'-cyclic phosphodiesterase 3A

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分子 #2: Schlafen family member 12

分子名称: Schlafen family member 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.383734 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: GGGGSMNISV DLETNYAELV LDVGRVTLGE NSRKKMKDCK LRKKQNESVS RAMCALLNSG GGVIKAEIEN EDYSYTKDGI GLDLENSFS NILLFVPEYL DFMQNGNYFL IFVKSWSLNT SGLRITTLSS NLYKRDITSA KVMNATAALE FLKDMKKTRG R LYLRPELL ...文字列:
GGGGSMNISV DLETNYAELV LDVGRVTLGE NSRKKMKDCK LRKKQNESVS RAMCALLNSG GGVIKAEIEN EDYSYTKDGI GLDLENSFS NILLFVPEYL DFMQNGNYFL IFVKSWSLNT SGLRITTLSS NLYKRDITSA KVMNATAALE FLKDMKKTRG R LYLRPELL AKRPCVDIQE ENNMKALAGV FFDRTELDRK EKLTFTESTH VEIKNFSTEK LLQRIKEILP QYVSAFANTD GG YLFIGLN EDKEIIGFKA EMSDLDDLER EIEKSIRKMP VHHFCMEKKK INYSCKFLGV YDKGSLCGYV CALRVERFCC AVF AKEPDS WHVKDNRVMQ LTRKEWIQFM VEAEPKFSSS YEEVISQINT SLPAPHSWPL LEWQRQRHHC PGLSGRITYT PENL CRKLF LQHEGLKQLI CEEMDSVRKG SLIFSRSWSV DLGLQENHKV LCDALLISQD SPPVLYTFHM VQDEEFKGYS TQTAL TLKQ KLAKIGGYTK KVCVMTKIFY LSPEGMTSCQ YDLRSQVIYP ESYYFTRRKY LLKALFKALK RLKSLRDQFS FAENLY QII GIDCFQKNDK KMFKSCRRLT

UniProtKB: Ribonuclease SLFN12

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分子 #3: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: (4~{R})-3-[4-(diethylamino)-3-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-aza...

分子名称: (4~{R})-3-[4-(diethylamino)-3-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]phenyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1~{H}-pyridazin-6-one
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: X5M
分子量理論値: 305.352 Da
Chemical component information

ChemComp-X5M:
(4~{R})-3-[4-(diethylamino)-3-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]phenyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1~{H}-pyridazin-6-one

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
0.5 mMC9H15O6PTCEP

詳細: 0.0038% NP-40s detergent (CAS 9016-45-9) added immediately prior to plunge freezing
グリッドモデル: C-flat / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4.5 second blot time.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3163 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Exposures were collected in super-resolution mode, as movies fractionated over 40 frames
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2160426
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The initial startup model was calculated de novo from the data using the method implemented in cisTEM v1.0.0-beta
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Multi-body refinement in Relion / 使用した粒子像数: 247402
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0-beta)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 9 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5yd0


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細The atomic model (including per-residue ADP/B-factors) was refined in Phenix against the sharpened/local resolution-filtered map
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7lrc:
Cryo-EM of the SLFN12-PDE3A complex: PDE3A body refinement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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