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- EMDB-23408: Chicken Scap D435V L1-L7 domain / Fab complex focused map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23408
タイトルChicken Scap D435V L1-L7 domain / Fab complex focused map
マップデータMap of L1L7/Fab domain from focused classification
試料
  • 複合体: Ternary complex of Scap with Fab fragment
    • 複合体: Scap L1-L7 domain
      • タンパク質・ペプチド: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
    • 複合体: 4G10 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 4G10 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 4G10 Fab kappa chain
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cholesterol metabolic process / response to insulin ...Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cholesterol metabolic process / response to insulin / ER to Golgi transport vesicle membrane / membrane => GO:0016020 / response to hypoxia / 免疫応答 / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート ...Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Mouse (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kober DL / Radhakrishnan A / Goldstein JL / Brown MS / Clark LD / Bai X-C / Rosenbaum DM
資金援助 米国, フランス, 11件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM116387 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01HL020948 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM136976 米国
Welch FoundationI-1770 米国
Welch FoundationI-1793 米国
Welch FoundationI-1944 米国
Mallinckrodt Foundation 米国
Leducq Foundation19CVD04 フランス
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160082 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP170644 米国
American Heart Association18POST34080141 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Scap structures highlight key role for rotation of intertwined luminal loops in cholesterol sensing.
著者: Daniel L Kober / Arun Radhakrishnan / Joseph L Goldstein / Michael S Brown / Lindsay D Clark / Xiao-Chen Bai / Daniel M Rosenbaum /
要旨: The cholesterol-sensing protein Scap induces cholesterol synthesis by transporting membrane-bound transcription factors called sterol regulatory element-binding proteins (SREBPs) from the endoplasmic ...The cholesterol-sensing protein Scap induces cholesterol synthesis by transporting membrane-bound transcription factors called sterol regulatory element-binding proteins (SREBPs) from the endoplasmic reticulum (ER) to the Golgi apparatus for proteolytic activation. Transport requires interaction between Scap's two ER luminal loops (L1 and L7), which flank an intramembrane sterol-sensing domain (SSD). Cholesterol inhibits Scap transport by binding to L1, which triggers Scap's binding to Insig, an ER retention protein. Here we used cryoelectron microscopy (cryo-EM) to elucidate two structures of full-length chicken Scap: (1) a wild-type free of Insigs and (2) mutant Scap bound to chicken Insig without cholesterol. Strikingly, L1 and L7 intertwine tightly to form a globular domain that acts as a luminal platform connecting the SSD to the rest of Scap. In the presence of Insig, this platform undergoes a large rotation accompanied by rearrangement of Scap's transmembrane helices. We postulate that this conformational change halts Scap transport of SREBPs and inhibits cholesterol synthesis.
履歴
登録2021年2月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月30日-
マップ公開2021年6月30日-
更新2021年7月28日-
現状2021年7月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0561
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0561
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lkh
  • 表面レベル: 0.0561
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23408.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of L1L7/Fab domain from focused classification
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0561 / ムービー #1: 0.0561
最小 - 最大-0.3095082 - 0.27011514
平均 (標準偏差)-7.1311704e-05 (±0.004649391)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ270270270
Spacing270270270
セルA=B=C: 291.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z270270270
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z291.600291.600291.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ192139186
NX/NY/NZ211274246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS270270270
D min/max/mean-0.3100.270-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Scap with Fab fragment

全体名称: Ternary complex of Scap with Fab fragment
要素
  • 複合体: Ternary complex of Scap with Fab fragment
    • 複合体: Scap L1-L7 domain
      • タンパク質・ペプチド: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
    • 複合体: 4G10 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 4G10 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 4G10 Fab kappa chain

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超分子 #1: Ternary complex of Scap with Fab fragment

超分子名称: Ternary complex of Scap with Fab fragment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody
分子量理論値: 50 KDa

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超分子 #2: Scap L1-L7 domain

超分子名称: Scap L1-L7 domain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: 4G10 Fab

超分子名称: 4G10 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein

分子名称: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 148.364828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PAMTLTEKLR ERISRAFYNH GLLCASYPIP IILFTGLCIL ACCYPLLKLP LPGTGPVEFS TPVKDYFPPS PDVVSQQGDL SERPDWYVG APVAYIQQIF VKATVSPWQK NFLAVDVFRS PLSRVFQLVE EIRNHALRDS SGVKSLEEVC LQVTDLLPGL K KLRNLLPE ...文字列:
PAMTLTEKLR ERISRAFYNH GLLCASYPIP IILFTGLCIL ACCYPLLKLP LPGTGPVEFS TPVKDYFPPS PDVVSQQGDL SERPDWYVG APVAYIQQIF VKATVSPWQK NFLAVDVFRS PLSRVFQLVE EIRNHALRDS SGVKSLEEVC LQVTDLLPGL K KLRNLLPE HGCLLLSPGN FWQNDRERFN ADPDIIKTIH QHEPKALQTS ATLKDLLFGL PGKYSGVNLY NRKRVVSYTV TL GLQRYDS RFLSSLRSRL KLLHPSPNCT LREDSIVHVH FKEEIGIAEL IPLVTTYIIL FAYIYFSTRK IDMVKSKWGL ALA AVVTVL SSLLMSVGLC TLFGLTPTLN GGEIFPYLVV VIGLENVLVL TKSVVSTPVD LEVKLRIAQG LSNESWSIMK NMAT ELGII LIGYFTLVPA IQEFCLFAVV GLVSVFFLQM LFFTTVLSID IRRMELADLN KRLPAEACLP PAKPASRSQR YERQP AVRP ATPHTITLQP SSFRNLRLPK RLRVIYFFAR TRLAQRLIMA GTVIWIGILV YTDPAGLRTY LTSQVTEQSP LGEAGL PPM PVPGGVLPAG DPKIDLSVFP SDPIQLSENQ TQQREQQAGL EPLGRLETNQ HSWAQGPEGR GNGQTELGTE AEVTWGA ED EEIWRKLSFR HWPSLFSYYN ITLAKRYISI LPAIPVTLYL NPQEALEVRH PQEANRYHPF LSSSGGKLNA EAQPDQTS S RLQGHRDVTL YKVAALGLAS GILLVLLLFC LYRLLCPKNY GQNGLSHSRR RRGDLPCDDY GYSPPETEIV PLVLRGHLM DIECLASDGM LLVSCCLVGQ IRVWDAQTGD CLTVIPKPRL RRDSSGIFDY QESWDHSPDG KTGLDDSFES SHQLKRMLSP PQPPLFCDQ PDLTSLIDTN FSEQVKVAES EPRLRAVGGR QKEAGYDFSS LVGKVYEEHS TSNCMNFGGL SAPHGQAGFC V GGSTARSL GCGSEEGGCG GRRRSLGDES LSGFDKSSPL PSWGGDFESS VWSLDLQGNL IVAGRSNGKL EVWDAIEGTL RS SNDESQS GITALVFLNN RIVAARLNGS LDFFSLETHT SLNHLQFRGA PSRSSIPSSP LFSSSDVIVC QLTHTVSCAH QKP ITALKA AAGRLVTGSQ DHTLRVFRLE DSCCLFTLQG HSGAITAVYI DQTMVLASGG QDGAICLWDV LTGSKVSHMY AHRG DVTSL TCTTSCVISS GLDDVISIWD RSSGIKLYSI QQEMGCGSSL GVISDNLLVT GGQGCVSFWD IGYGDLLQTV YLGKS NESQ PARQILVLEN AAIVCNFGSE LSLVYVPSVL EKLDDYKDDD DKGSDYKDDD DKGSDYKDDD DK

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分子 #2: 4G10 Fab heavy chain

分子名称: 4G10 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 24.94266 KDa
配列文字列: TGVHSEVQLQ QSGAELVRPG ASVKLSCTAS GFKIKDDYIH WVKQRPEQGL EWIGRIDPAN GHTRYAPKFQ DKATITADTS SNTAYLQLS SLTSEDTAVY YCTRYNDYDA FYFDYWGQGT TLTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
TGVHSEVQLQ QSGAELVRPG ASVKLSCTAS GFKIKDDYIH WVKQRPEQGL EWIGRIDPAN GHTRYAPKFQ DKATITADTS SNTAYLQLS SLTSEDTAVY YCTRYNDYDA FYFDYWGQGT TLTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC DKT

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分子 #3: 4G10 Fab kappa chain

分子名称: 4G10 Fab kappa chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 23.667178 KDa
配列文字列: DIQMTQTTSS LSASLGDRVT ISCRASQDIR NYLNWYQQKP DGTVKLLIYY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDIATYFCQ QTNTLPWTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQTTSS LSASLGDRVT ISCRASQDIR NYLNWYQQKP DGTVKLLIYY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDIATYFCQ QTNTLPWTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
20.0 mMHEPES
0.004 %glyco-diosgenin
0.0004 %cholestoryl hemisuccinate
0.5 mMTris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9052025
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 155187
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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