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万見
- EMDB-23403: Reconstituted 207 bp Archaeasome, Class I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23403
タイトルReconstituted 207 bp Archaeasome, Class I
マップデータReconstructed volume of Arc207 complex (Archaeasome complex with 7 archaeal histone dimers binding 207 bp of DNA), Arc150 "base" resolved with unresolved Arc60 "lid".
試料
  • 複合体: Archaeasome containing 207 bp of DNA
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Bowerman S / Luger K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM137496 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Archaeal chromatin 'slinkies' are inherently dynamic complexes with deflected DNA wrapping pathways.
著者: Samuel Bowerman / Jeff Wereszczynski / Karolin Luger /
要旨: Eukaryotes and many archaea package their DNA with histones. While the four eukaryotic histones wrap ~147 DNA base pairs into nucleosomes, archaeal histones form 'nucleosome-like' complexes that ...Eukaryotes and many archaea package their DNA with histones. While the four eukaryotic histones wrap ~147 DNA base pairs into nucleosomes, archaeal histones form 'nucleosome-like' complexes that continuously wind between 60 and 500 base pairs of DNA ('archaeasomes'), suggested by crystal contacts and analysis of cellular chromatin. Solution structures of large archaeasomes (>90 DNA base pairs) have never been directly observed. Here, we utilize molecular dynamics simulations, analytical ultracentrifugation, and cryoEM to structurally characterize the solution state of archaeasomes on longer DNA. Simulations reveal dynamics of increased accessibility without disruption of DNA-binding or tetramerization interfaces. Mg concentration influences compaction, and cryoEM densities illustrate that DNA is wrapped in consecutive substates arranged 90 out-of-plane with one another. Without ATP-dependent remodelers, archaea may leverage these inherent dynamics to balance chromatin packing and accessibility.
履歴
登録2021年2月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23403.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23403.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstructed volume of Arc207 complex (Archaeasome complex with 7 archaeal histone dimers binding 207 bp of DNA), Arc150 "base" resolved with unresolved Arc60 "lid".
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.22 Å/pix.
x 256 pix.
= 312.064 Å		1.22 Å/pix.
x 256 pix.
= 312.064 Å		1.22 Å/pix.
x 256 pix.
= 312.064 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.219 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.003 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.024629315 - 0.055558193
平均 (標準偏差)0.00015101673 (±0.0018185645)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 312.064 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2191.2191.219
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.064312.064312.064
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ416416416
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0250.0560.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Archaeasome containing 207 bp of DNA

全体名称: Archaeasome containing 207 bp of DNA
要素
  • 複合体: Archaeasome containing 207 bp of DNA

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超分子 #1: Archaeasome containing 207 bp of DNA

超分子名称: Archaeasome containing 207 bp of DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Archaeasome (archaeal histone-DNA complex) formed by 7 histone dimers wrapping 207 bp of DNA.
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMKClPotassium chloride
50.0 mMTris-HCltris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Manual plunge at ambient temperature and humidity..
詳細Sample was observed to be monodisperse via Sedimentation Velocity Analytical Ultracentrifugation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5388 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1879294
詳細: Particles selected using crYOLO, manual training sets constructed from JANNI-denoised micrographs.
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 80609
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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