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- EMDB-23373: Negative stain EM map of RM20C Fab in complex with edc BG505 SOSIP.664 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23373
タイトルNegative stain EM map of RM20C Fab in complex with edc BG505 SOSIP.664
マップデータNegative stain EM map of RM20C fab in complex with edc BG505 SOSIP.664
試料
  • 複合体: RM20C Fab in complex with edc BG505 SOSIP.664
    • 複合体: RM20C Fab
    • 複合体: BG505 SOSIP.664
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca sylvanus (バーバリーエイプ) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Turner HL / Ward AB / Cottrell CA
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1AI100663 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1AI144462 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2021
タイトル: Disassembly of HIV envelope glycoprotein trimer immunogens is driven by antibodies elicited via immunization.
著者: Hannah L Turner / Raiees Andrabi / Christopher A Cottrell / Sara T Richey / Ge Song / Sean Callaghan / Fabio Anzanello / Tyson J Moyer / Wuhbet Abraham / Mariane Melo / Murillo Silva / Nicole ...著者: Hannah L Turner / Raiees Andrabi / Christopher A Cottrell / Sara T Richey / Ge Song / Sean Callaghan / Fabio Anzanello / Tyson J Moyer / Wuhbet Abraham / Mariane Melo / Murillo Silva / Nicole Scaringi / Eva G Rakasz / Quentin Sattentau / Darrell J Irvine / Dennis R Burton / Andrew B Ward /
要旨: Rationally designed protein subunit vaccines are being developed for a variety of viruses including influenza, RSV, SARS-CoV-2 and HIV. These vaccines are based on stabilized versions of the primary ...Rationally designed protein subunit vaccines are being developed for a variety of viruses including influenza, RSV, SARS-CoV-2 and HIV. These vaccines are based on stabilized versions of the primary targets of neutralizing antibodies on the viral surface, namely viral fusion glycoproteins. While these immunogens display the epitopes of potent neutralizing antibodies, they also present epitopes recognized by non or weakly neutralizing ("off-target") antibodies. Using our recently developed electron microscopy epitope mapping approach, we have uncovered a phenomenon wherein off-target antibodies elicited by HIV trimer subunit vaccines cause the otherwise highly stabilized trimeric proteins to degrade into cognate protomers. Further, we show that these protomers expose an expanded suite of off-target epitopes, normally occluded inside the prefusion conformation of trimer, that subsequently elicit further off-target antibody responses. Our study provides critical insights for further improvement of HIV subunit trimer vaccines for future rounds of the iterative vaccine design process.
履歴
登録2021年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月23日-
マップ公開2021年6月23日-
更新2021年6月23日-
現状2021年6月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0229
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0229
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23373.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23373.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of RM20C fab in complex with edc BG505 SOSIP.664
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 160 pix.
= 283.2 Å		1.77 Å/pix.
x 160 pix.
= 283.2 Å		1.77 Å/pix.
x 160 pix.
= 283.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0229 / ムービー #1: 0.0229
最小 - 最大-0.029512348 - 0.061449762
平均 (標準偏差)0.00050635956 (±0.0053926283)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 283.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.771.771.77
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z283.200283.200283.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ192139186
NX/NY/NZ211274246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0300.0610.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RM20C Fab in complex with edc BG505 SOSIP.664

全体名称: RM20C Fab in complex with edc BG505 SOSIP.664
要素
  • 複合体: RM20C Fab in complex with edc BG505 SOSIP.664
    • 複合体: RM20C Fab
    • 複合体: BG505 SOSIP.664

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超分子 #1: RM20C Fab in complex with edc BG505 SOSIP.664

超分子名称: RM20C Fab in complex with edc BG505 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: RM20C Fab

超分子名称: RM20C Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Macaca sylvanus (バーバリーエイプ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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超分子 #3: BG505 SOSIP.664

超分子名称: BG505 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: Chemically crosslinked using 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide (EDC)
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 330 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 132232
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 10484
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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