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万見
- EMDB-2331: Negative stain reconstruction of BG505 SOSIP gp140 HIV-1 trimer i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2331
タイトルNegative stain reconstruction of BG505 SOSIP gp140 HIV-1 trimer in complex with PGT135 Fab
マップデータReconstruction of PGT135-BG505 SOSIP complex
試料
  • 試料: PGT135 Fab fragment bound to HIV-1 clade A BG505 background SOSIP gp140 trimer.
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 SOSIP.664 gp140
  • タンパク質・ペプチド: PGT135 broadly neutralizing antibody
キーワードHIV / SOSIP / broadly neutralizing antibodies
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Lee JH / Kong L / Murin CD / Cupo A / Moore JP / Wilson IA / Ward AB
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2013
タイトル: Supersite of immune vulnerability on the glycosylated face of HIV-1 envelope glycoprotein gp120.
著者: Leopold Kong / Jeong Hyun Lee / Katie J Doores / Charles D Murin / Jean-Philippe Julien / Ryan McBride / Yan Liu / Andre Marozsan / Albert Cupo / Per-Johan Klasse / Simon Hoffenberg / Michael ...著者: Leopold Kong / Jeong Hyun Lee / Katie J Doores / Charles D Murin / Jean-Philippe Julien / Ryan McBride / Yan Liu / Andre Marozsan / Albert Cupo / Per-Johan Klasse / Simon Hoffenberg / Michael Caulfield / C Richter King / Yuanzi Hua / Khoa M Le / Reza Khayat / Marc C Deller / Thomas Clayton / Henry Tien / Ten Feizi / Rogier W Sanders / James C Paulson / John P Moore / Robyn L Stanfield / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: A substantial proportion of the broadly neutralizing antibodies (bnAbs) identified in certain HIV-infected donors recognize glycan-dependent epitopes on HIV-1 gp120. Here we elucidate how the bnAb ...A substantial proportion of the broadly neutralizing antibodies (bnAbs) identified in certain HIV-infected donors recognize glycan-dependent epitopes on HIV-1 gp120. Here we elucidate how the bnAb PGT 135 binds its Asn332 glycan-dependent epitope from its 3.1-Å crystal structure with gp120, CD4 and Fab 17b. PGT 135 interacts with glycans at Asn332, Asn392 and Asn386, using long CDR loops H1 and H3 to penetrate the glycan shield and access the gp120 protein surface. EM reveals that PGT 135 can accommodate the conformational and chemical diversity of gp120 glycans by altering its angle of engagement. Combined structural studies of PGT 135, PGT 128 and 2G12 show that this Asn332-dependent antigenic region is highly accessible and much more extensive than initially appreciated, which allows for multiple binding modes and varied angles of approach; thereby it represents a supersite of vulnerability for antibody neutralization.
履歴
登録2013年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年4月10日-
マップ公開2013年6月5日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.96
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.96
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2331.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2331.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of PGT135-BG505 SOSIP complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å		2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å		2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.96 / ムービー #1: 1.96
最小 - 最大-4.59452868 - 8.87144661
平均 (標準偏差)0.0 (±0.64018303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-37-37-37
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 348.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.182.182.18
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.800348.800348.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-27-15-36
NX/NY/NZ553173
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-37-37-37
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-4.5958.871-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PGT135 Fab fragment bound to HIV-1 clade A BG505 background SOSIP...

全体名称: PGT135 Fab fragment bound to HIV-1 clade A BG505 background SOSIP gp140 trimer.
要素
  • 試料: PGT135 Fab fragment bound to HIV-1 clade A BG505 background SOSIP gp140 trimer.
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 SOSIP.664 gp140
  • タンパク質・ペプチド: PGT135 broadly neutralizing antibody

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超分子 #1000: PGT135 Fab fragment bound to HIV-1 clade A BG505 background SOSIP...

超分子名称: PGT135 Fab fragment bound to HIV-1 clade A BG505 background SOSIP gp140 trimer.
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One Fab binds one gp140 monomer / Number unique components: 2
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: HIV-1 SOSIP.664 gp140

分子名称: HIV-1 SOSIP.664 gp140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: co-expressed with Furin / コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BG505
分子量理論値: 350 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: human / 組換細胞: HEK293S / 組換プラスミド: pPPI4

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分子 #2: PGT135 broadly neutralizing antibody

分子名称: PGT135 broadly neutralizing antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: bnAb PGT135 / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: B-Cell
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: SF9

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1x TBS
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Stained with 2% UF
グリッド詳細: 400 Cu mesh grid glow discharged at 20 mA
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: objective astigmatism corrected at 100,000 mag
Legacy - Electron beam tilt params: -2
詳細Images collected in 5 degree increments from 0 to -55
日付2012年6月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 0.109 µm / 実像数: 1095 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Data collected on CCD / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.92 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -50
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Not corrected
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: Particles picked automatically using DoG-picker and cleaned up with reference free 2D class averaging
使用した粒子像数: 8831

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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