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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2331 | |||||||||
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タイトル | Negative stain reconstruction of BG505 SOSIP gp140 HIV-1 trimer in complex with PGT135 Fab | |||||||||
![]() | Reconstruction of PGT135-BG505 SOSIP complex | |||||||||
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![]() | HIV / SOSIP / broadly neutralizing antibodies | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
![]() | Lee JH / Kong L / Murin CD / Cupo A / Moore JP / Wilson IA / Ward AB | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Supersite of immune vulnerability on the glycosylated face of HIV-1 envelope glycoprotein gp120. 著者: Leopold Kong / Jeong Hyun Lee / Katie J Doores / Charles D Murin / Jean-Philippe Julien / Ryan McBride / Yan Liu / Andre Marozsan / Albert Cupo / Per-Johan Klasse / Simon Hoffenberg / Michael ...著者: Leopold Kong / Jeong Hyun Lee / Katie J Doores / Charles D Murin / Jean-Philippe Julien / Ryan McBride / Yan Liu / Andre Marozsan / Albert Cupo / Per-Johan Klasse / Simon Hoffenberg / Michael Caulfield / C Richter King / Yuanzi Hua / Khoa M Le / Reza Khayat / Marc C Deller / Thomas Clayton / Henry Tien / Ten Feizi / Rogier W Sanders / James C Paulson / John P Moore / Robyn L Stanfield / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Ian A Wilson / ![]() 要旨: A substantial proportion of the broadly neutralizing antibodies (bnAbs) identified in certain HIV-infected donors recognize glycan-dependent epitopes on HIV-1 gp120. Here we elucidate how the bnAb ...A substantial proportion of the broadly neutralizing antibodies (bnAbs) identified in certain HIV-infected donors recognize glycan-dependent epitopes on HIV-1 gp120. Here we elucidate how the bnAb PGT 135 binds its Asn332 glycan-dependent epitope from its 3.1-Å crystal structure with gp120, CD4 and Fab 17b. PGT 135 interacts with glycans at Asn332, Asn392 and Asn386, using long CDR loops H1 and H3 to penetrate the glycan shield and access the gp120 protein surface. EM reveals that PGT 135 can accommodate the conformational and chemical diversity of gp120 glycans by altering its angle of engagement. Combined structural studies of PGT 135, PGT 128 and 2G12 show that this Asn332-dependent antigenic region is highly accessible and much more extensive than initially appreciated, which allows for multiple binding modes and varied angles of approach; thereby it represents a supersite of vulnerability for antibody neutralization. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 11.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 112 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 192.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 191.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of PGT135-BG505 SOSIP complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : PGT135 Fab fragment bound to HIV-1 clade A BG505 background SOSIP...
全体 | 名称: PGT135 Fab fragment bound to HIV-1 clade A BG505 background SOSIP gp140 trimer. |
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要素 |
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-超分子 #1000: PGT135 Fab fragment bound to HIV-1 clade A BG505 background SOSIP...
超分子 | 名称: PGT135 Fab fragment bound to HIV-1 clade A BG505 background SOSIP gp140 trimer. タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One Fab binds one gp140 monomer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 500 KDa |
-分子 #1: HIV-1 SOSIP.664 gp140
分子 | 名称: HIV-1 SOSIP.664 gp140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: co-expressed with Furin / コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: BG505 |
分子量 | 理論値: 350 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #2: PGT135 broadly neutralizing antibody
分子 | 名称: PGT135 broadly neutralizing antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: bnAb PGT135 / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 50 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換細胞: SF9 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 1x TBS |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Stained with 2% UF |
グリッド | 詳細: 400 Cu mesh grid glow discharged at 20 mA |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective astigmatism corrected at 100,000 mag Legacy - Electron beam tilt params: -2 |
詳細 | Images collected in 5 degree increments from 0 to -55 |
日付 | 2012年6月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 0.109 µm / 実像数: 1095 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Data collected on CCD / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.92 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -50 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Not corrected |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN 詳細: Particles picked automatically using DoG-picker and cleaned up with reference free 2D class averaging 使用した粒子像数: 8831 |