[日本語] English
万見
- EMDB-23288: native AMPA receptor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23288
タイトルnative AMPA receptor
マップデータ
試料
  • 複合体: GluA2/A3-asymmetric-conformation1 bound to Fabs
    • 複合体: GluA2/A3-asymmetric-conformation
      • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor 3
      • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor
      • タンパク質・ペプチド: Protein cornichon homolog 2
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
    • 複合体: 5B2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 5B2 Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: 5B2 Fab Heavy Chain
    • 複合体: 15F1 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 15F1 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: 15F1 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Mouse (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Yu J / Rao P / Gouaux E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS038631 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors elucidated by cryo-EM.
著者: Yan Zhao / Shanshuang Chen / Adam C Swensen / Wei-Jun Qian / Eric Gouaux /
要旨: Glutamate-gated AMPA receptors mediate the fast component of excitatory signal transduction at chemical synapses throughout all regions of the mammalian brain. AMPA receptors are tetrameric ...Glutamate-gated AMPA receptors mediate the fast component of excitatory signal transduction at chemical synapses throughout all regions of the mammalian brain. AMPA receptors are tetrameric assemblies composed of four subunits, GluA1-GluA4. Despite decades of study, the subunit composition, subunit arrangement, and molecular structure of native AMPA receptors remain unknown. Here we elucidate the structures of 10 distinct native AMPA receptor complexes by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We find that receptor subunits are arranged nonstochastically, with the GluA2 subunit preferentially occupying the B and D positions of the tetramer and with triheteromeric assemblies comprising a major population of native AMPA receptors. Cryo-EM maps define the structure for S2-M4 linkers between the ligand-binding and transmembrane domains, suggesting how neurotransmitter binding is coupled to ion channel gating.
履歴
登録2021年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2022年8月10日-
現状2022年8月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_23288.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23288.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.00687 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.0719863 - 0.3039929
平均 (標準偏差)3.193597e-05 (±0.012615396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 515.51746 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: #2

ファイルemd_23288_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_23288_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : GluA2/A3-asymmetric-conformation1 bound to Fabs

全体名称: GluA2/A3-asymmetric-conformation1 bound to Fabs
要素
  • 複合体: GluA2/A3-asymmetric-conformation1 bound to Fabs
    • 複合体: GluA2/A3-asymmetric-conformation
      • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor 3
      • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor
      • タンパク質・ペプチド: Protein cornichon homolog 2
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
    • 複合体: 5B2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 5B2 Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: 5B2 Fab Heavy Chain
    • 複合体: 15F1 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 15F1 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: 15F1 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: GluA2/A3-asymmetric-conformation1 bound to Fabs

超分子名称: GluA2/A3-asymmetric-conformation1 bound to Fabs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8

+
超分子 #2: GluA2/A3-asymmetric-conformation

超分子名称: GluA2/A3-asymmetric-conformation / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
超分子 #3: 5B2 Fab

超分子名称: 5B2 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
超分子 #4: 15F1 Fab

超分子名称: 15F1 Fab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7-#8
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
分子 #1: Glutamate receptor 3

分子名称: Glutamate receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 100.64082 KDa
配列文字列: MGQSVLRAVF FLVLGLLGHS HGGFPNTISI GGLFMRNTVQ EHSAFRFAVQ LYNTNQNTTE KPFHLNYHVD HLDSSNSFSV TNAFCSQFS RGVYAIFGFY DQMSMNTLTS FCGALHTSFV TPSFPTDADV QFVIQMRPAL KGAILSLLGY YKWEKFVYLY D TERGFSIL ...文字列:
MGQSVLRAVF FLVLGLLGHS HGGFPNTISI GGLFMRNTVQ EHSAFRFAVQ LYNTNQNTTE KPFHLNYHVD HLDSSNSFSV TNAFCSQFS RGVYAIFGFY DQMSMNTLTS FCGALHTSFV TPSFPTDADV QFVIQMRPAL KGAILSLLGY YKWEKFVYLY D TERGFSIL QAIMEAAVQN NWQVTARSVG NIKDIQEFRR IIEEMDRRQE KRYLIDCEVE RINTILEQVV ILGKHSRGYH YM LANLGFT DIVLERVMHG GANITGFQIV NNENPMVQQF IQRWVRLDER EFPEAKNAPL KYTSALTHDA ILVIAEAFRY LRR QRVDVS RRGSAGDCLA NPAVPWSQGI DIERALKMVQ VQGMTGNIQF DTYGRRTNYT IDVYEMKVSG SRKAGYWNEY ERFV PFSDQ QISNDSSSSE NRTIVVTTIL ESPYVMYKKN HEQLEGNERY EGYCVDLAYE IAKHVRIKYK LSIVGDGKYG ARDPE TKIW NGMVGELVYG RADIAVAPLT ITLVREEVID FSKPFMSLGI SIMIKKPQKS KPGVFSFLDP LAYEIWMCIV FAYIGV SVV LFLVSRFSPY EWHLEDNNEE PRDPQSPPDP PNEFGIFNSL WFSLGAFMQQ GCDISPRSLS GRIVGGVWWF FTLIIIS SY TANLAAFLTV ERMVSPIESA EDLAKQTEIA YGTLDSGSTK EFFRRSKIAV YEKMWSYMKS AEPSVFTKTT ADGVARVR K SKGKFAFLLE STMNEYIEQR KPCDTMKVGG NLDSKGYGVA TPKGSALRTP VNLAVLKLSE QGILDKLKNK WWYDKGECG AKDSGSKDKT SALSLSNVAG VFYILVGGLG LAMMVALIEF CYKSRAESKR MKLTKNTQNF KPAPATNTQN YATYREGYNV YGTESVKI

+
分子 #2: Glutamate receptor

分子名称: Glutamate receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 98.899883 KDa
配列文字列: MQKIMHISVL LSPVLWGLIF GVSSNSIQIG GLFPRGADQE YSAFRVGMVQ FSTSEFRLTP HIDNLEVANS FAVTNAFCSQ FSRGVYAIF GFYDKKSVNT ITSFCGTLHV SFITPSFPTD GTHPFVIQMR PDLKGALLSL IEYYQWDKFA YLYDSDRGLS T LQAVLDSA ...文字列:
MQKIMHISVL LSPVLWGLIF GVSSNSIQIG GLFPRGADQE YSAFRVGMVQ FSTSEFRLTP HIDNLEVANS FAVTNAFCSQ FSRGVYAIF GFYDKKSVNT ITSFCGTLHV SFITPSFPTD GTHPFVIQMR PDLKGALLSL IEYYQWDKFA YLYDSDRGLS T LQAVLDSA AEKKWQVTAI NVGNINNDKK DETYRSLFQD LELKKERRVI LDCERDKVND IVDQVITIGK HVKGYHYIIA NL GFTDGDL LKIQFGGANV SGFQIVDYDD SLVSKFIERW STLEEKEYPG AHTATIKYTS ALTYDAVQVM TEAFRNLRKQ RIE ISRRGN AGDCLANPAV PWGQGVEIER ALKQVQVEGL SGNIKFDQNG KRINYTINIM ELKTNGPRKI GYWSEVDKMV VTLT ELPSG NDTSGLENKT VVVTTILESP YVMMKKNHEM LEGNERYEGY CVDLAAEIAK HCGFKYKLTI VGDGKYGARD ADTKI WNGM VGELVYGKAD IAIAPLTITL VREEVIDFSK PFMSLGISIM IKKPQKSKPG VFSFLDPLAY EIWMCIVFAY IGVSVV LFL VSRFSPYEWH TEEFEDGRET QSSESTNEFG IFNSLWFSLG AFMRQGCDIS PRSLSGRIVG GVWWFFTLII ISSYTAN LA AFLTVERMVS PIESAEDLSK QTEIAYGTLD SGSTKEFFRR SKIAVFDKMW TYMRSAEPSV FVRTTAEGVA RVRKSKGK Y AYLLESTMNE YIEQRKPCDT MKVGGNLDSK GYGIATPKGS SLRNAVNLAV LKLNEQGLLD KLKNKWWYDK GECGSGGGD SKEKTSALSL SNVAGVFYIL VGGLGLAMLV ALIEFCYKSR AEAKRMKVAK NAQNINPSSS QNSQNFATYK EGYNVYGIES VKI

+
分子 #3: Protein cornichon homolog 2

分子名称: Protein cornichon homolog 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 18.94842 KDa
配列文字列:
MAFTFAAFCY MLTLVLCASL IFFVIWHIIA FDELRTDFKN PIDQGNPARA RERLKNIERI CCLLRKLVVP EYSIHGLFCL MFLCAAEWV TLGLNIPLLF YHLWRYFHRP ADGSEVMYDA VSIMNADILN YCQKESWCKL AFYLLSFFYY LYSMVYTLVS F

+
分子 #4: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 43.502938 KDa
配列文字列: MESLKRWNEE RGLWCEKGVQ VLLTTIGAFS AFGLMTIAIS TDYWLYTRAL ICNTTNLTAG DDGPPHRGGS GSSEKKDPGG LTHSGLWRI CCLEGLKRGV CVKINHFPED TDYDHDSAEY LLRVVRASSI FPILSAILLL LGGVCVAASR VYKSKRNIIL G AGILFVAA ...文字列:
MESLKRWNEE RGLWCEKGVQ VLLTTIGAFS AFGLMTIAIS TDYWLYTRAL ICNTTNLTAG DDGPPHRGGS GSSEKKDPGG LTHSGLWRI CCLEGLKRGV CVKINHFPED TDYDHDSAEY LLRVVRASSI FPILSAILLL LGGVCVAASR VYKSKRNIIL G AGILFVAA GLSNIIGVIV YISANAGEPG PKRDEEKKNH YSYGWSFYFG GLSFILAEVI GVLAVNIYIE RSREAHCQSR SD LLKAGGG AGGSGGSGPS AILRLPSYRF RYRRRSRSSS RGSSEASPSR DASPGGPGGP GFASTDISMY TLSRDPSKGS VAA GLASAG GGGSGAGVGA YGGAAGAAGG GGAGSERDRG SSAGFLTLHN AFPKEAASGV TVTVTGPPAA PAPAPAPPAP AAPA PGTLS KEAAASNTNT LNRKTTPV

+
分子 #5: 5B2 Fab Light Chain

分子名称: 5B2 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 18.570826 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #6: 5B2 Fab Heavy Chain

分子名称: 5B2 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 21.038842 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #7: 15F1 Fab light chain

分子名称: 15F1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.11166 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEIQMTQTTS SLSASLGDRV TISCRASQDI SNYLSWYQQK PDGTVKLLIY YTSRLHSGVP SRFSGSGSGI DYSLTINNLE QEDFATYFC QQGNTLPLTF GAGTKLELKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD ...文字列:
MEIQMTQTTS SLSASLGDRV TISCRASQDI SNYLSWYQQK PDGTVKLLIY YTSRLHSGVP SRFSGSGSGI DYSLTINNLE QEDFATYFC QQGNTLPLTF GAGTKLELKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD SKDSTYSMSS TLTLTKDEYE RHNSYTCEAT HKTSTSPIVK SFNRNECSNW SHPQFEK

+
分子 #8: 15F1 Fab heavy chain

分子名称: 15F1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.975439 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA MQAQLKESGP GLVAPSQSLS ITCTVSGFSL TNYGVHWVRQ PPGKGLEWLG VIWAGGSTNY NSALMSRVS ISKDNSKSQV FLKMNSLQTD DTVMYYCARE DYDYDWHFDV WGAGTTVTVS SAKTTPPSVY PLAPGSAAQT N SMVTLGCL ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA MQAQLKESGP GLVAPSQSLS ITCTVSGFSL TNYGVHWVRQ PPGKGLEWLG VIWAGGSTNY NSALMSRVS ISKDNSKSQV FLKMNSLQTD DTVMYYCARE DYDYDWHFDV WGAGTTVTVS SAKTTPPSVY PLAPGSAAQT N SMVTLGCL VKGYFPEPVT VTWNSGSLSS GVHTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVPSSTWPSE TVTCNVAHPA SSTKVDKKLE VL FQGPGSG SADTITIRGY VRDNR

+
分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 11397
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る