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- EMDB-23253: CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with human ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23253
タイトルCryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with human Platelet-derived growth factor receptor alpha and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109
マップデータComposite map of HCMV Trimer-PDGFRa with fabs 13H11 and Msl-109 used for model building
試料
  • 複合体: HCMV Trimer gHgLgO bound to human receptor PDGFRa and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109
    • 複合体: HCMV Trimer gHgLgO
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein O
    • 複合体: PDGFRa and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of Platelet-derived growth factor receptor alpha
      • タンパク質・ペプチド: Fab 13H11 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 13H11 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab MSL-109 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab MSL-109 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / Imatinib-resistant PDGFR mutants / Sunitinib-resistant PDGFR mutants / Regorafenib-resistant PDGFR mutants / Sorafenib-resistant PDGFR mutants / PDGFR mutants bind TKIs / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / metanephric glomerular capillary formation / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / luteinization ...platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / Imatinib-resistant PDGFR mutants / Sunitinib-resistant PDGFR mutants / Regorafenib-resistant PDGFR mutants / Sorafenib-resistant PDGFR mutants / PDGFR mutants bind TKIs / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / metanephric glomerular capillary formation / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / luteinization / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor binding / embryonic digestive tract morphogenesis / embryonic skeletal system morphogenesis / vascular endothelial growth factor binding / retina vasculature development in camera-type eye / cardiac myofibril assembly / vascular endothelial growth factor receptor activity / Leydig cell differentiation / cell activation / male genitalia development / Signaling by PDGF / positive regulation of chemotaxis / signal transduction involved in regulation of gene expression / embryonic cranial skeleton morphogenesis / platelet-derived growth factor receptor binding / face morphogenesis / estrogen metabolic process / adrenal gland development / roof of mouth development / odontogenesis of dentin-containing tooth / microvillus / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / white fat cell differentiation / negative regulation of platelet activation / hematopoietic progenitor cell differentiation / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / Downstream signal transduction / extracellular matrix organization / cell chemotaxis / host cell endosome membrane / HCMV Late Events / regulation of actin cytoskeleton organization / cellular response to amino acid stimulus / lung development / wound healing / receptor protein-tyrosine kinase / cilium / platelet aggregation / peptidyl-tyrosine phosphorylation / HCMV Early Events / cellular response to reactive oxygen species / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of fibroblast proliferation / cell junction / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / host cell Golgi apparatus / in utero embryonic development / protein autophosphorylation / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / host cell plasma membrane / virion membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL74, glycoprotein / Herpes UL74 glycoproteins / Platelet-derived growth factor receptor alpha / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily ...Herpesvirus UL74, glycoprotein / Herpes UL74 glycoproteins / Platelet-derived growth factor receptor alpha / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein L / Platelet-derived growth factor receptor alpha / Envelope glycoprotein H / Envelope glycoprotein O
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Human cytomegalovirus (strain Merlin) (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kschonsak M / Rouge L / Arthur CP / Hoangdung H / Patel N / Kim I / Johnson M / Kraft E / Rohou AL / Gill A ...Kschonsak M / Rouge L / Arthur CP / Hoangdung H / Patel N / Kim I / Johnson M / Kraft E / Rohou AL / Gill A / Martinez-Martin N / Payandeh J / Ciferri C
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structures of HCMV Trimer reveal the basis for receptor recognition and cell entry.
著者: Marc Kschonsak / Lionel Rougé / Christopher P Arthur / Ho Hoangdung / Nidhi Patel / Ingrid Kim / Matthew C Johnson / Edward Kraft / Alexis L Rohou / Avinash Gill / Nadia Martinez-Martin / ...著者: Marc Kschonsak / Lionel Rougé / Christopher P Arthur / Ho Hoangdung / Nidhi Patel / Ingrid Kim / Matthew C Johnson / Edward Kraft / Alexis L Rohou / Avinash Gill / Nadia Martinez-Martin / Jian Payandeh / Claudio Ciferri /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) infects the majority of the human population and represents the leading viral cause of congenital birth defects. HCMV utilizes the glycoproteins gHgLgO (Trimer) to bind ...Human cytomegalovirus (HCMV) infects the majority of the human population and represents the leading viral cause of congenital birth defects. HCMV utilizes the glycoproteins gHgLgO (Trimer) to bind to platelet-derived growth factor receptor alpha (PDGFRα) and transforming growth factor beta receptor 3 (TGFβR3) to gain entry into multiple cell types. This complex is targeted by potent neutralizing antibodies and represents an important candidate for therapeutics against HCMV. Here, we determine three cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the trimer and the details of its interactions with four binding partners: the receptor proteins PDGFRα and TGFβR3 as well as two broadly neutralizing antibodies. Trimer binding to PDGFRα and TGFβR3 is mutually exclusive, suggesting that they function as independent entry receptors. In addition, Trimer-PDGFRα interaction has an inhibitory effect on PDGFRα signaling. Our results provide a framework for understanding HCMV receptor engagement, neutralization, and the development of anti-viral strategies against HCMV.
履歴
登録2021年1月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月10日-
マップ公開2021年3月10日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lbf
  • 表面レベル: 3.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7lbf
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23253.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23253.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of HCMV Trimer-PDGFRa with fabs 13H11 and Msl-109 used for model building
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.35 Å/pix.
x 264 pix.
= 356.77 Å		1.35 Å/pix.
x 264 pix.
= 356.77 Å		1.35 Å/pix.
x 264 pix.
= 356.77 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3514 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.2 / ムービー #1: 3.2
最小 - 最大-21.646015 - 52.082054
平均 (標準偏差)-0.032921784 (±0.6735747)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 356.7696 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.35140151515151.35140151515151.3514015151515
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z356.770356.770356.770
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ264264264
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-21.64652.082-0.033

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添付データ

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追加マップ: Focussed map of gL and part. gH region,...

ファイルemd_23253_additional_1.map
注釈Focussed map of gL and part. gH region, sharpened used for composite map generation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focussed map of PDGFRa and gO region, sharpened...

ファイルemd_23253_additional_2.map
注釈Focussed map of PDGFRa and gO region, sharpened used for composite map generation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Overall map of Trimer-PDGFRa bound to 2 fabs...

ファイルemd_23253_additional_3.map
注釈Overall map of Trimer-PDGFRa bound to 2 fabs non-sharpened used for composite map generation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focussed map of part. gH and Fv regions...

ファイルemd_23253_additional_4.map
注釈Focussed map of part. gH and Fv regions of both fabs, sharpened used for composite map generation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Focussed map of part. gH and Fv regions of both fabs, non-sharpened

ファイルemd_23253_additional_5.map
注釈Focussed map of part. gH and Fv regions of both fabs, non-sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Focussed map of gL and part. gH region, non-sharpened

ファイルemd_23253_additional_6.map
注釈Focussed map of gL and part. gH region, non-sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focussed map of PDGFRa and gO region, non-sharpened

ファイルemd_23253_additional_7.map
注釈Focussed map of PDGFRa and gO region, non-sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HCMV Trimer gHgLgO bound to human receptor PDGFRa and neutralizin...

全体名称: HCMV Trimer gHgLgO bound to human receptor PDGFRa and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109
要素
  • 複合体: HCMV Trimer gHgLgO bound to human receptor PDGFRa and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109
    • 複合体: HCMV Trimer gHgLgO
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein O
    • 複合体: PDGFRa and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of Platelet-derived growth factor receptor alpha
      • タンパク質・ペプチド: Fab 13H11 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 13H11 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab MSL-109 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab MSL-109 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HCMV Trimer gHgLgO bound to human receptor PDGFRa and neutralizin...

超分子名称: HCMV Trimer gHgLgO bound to human receptor PDGFRa and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
分子量理論値: 335 KDa

+
超分子 #2: HCMV Trimer gHgLgO

超分子名称: HCMV Trimer gHgLgO / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: PDGFRa and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109

超分子名称: PDGFRa and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: Envelope glycoprotein H

分子名称: Envelope glycoprotein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (strain Merlin) (ヘルペスウイルス)
株: Merlin
分子量理論値: 87.311273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRPGLPSYLI ILAVCLFSHL LSSRYGAEAV SEPLDKAFHL LLNTYGRPIR FLRENTTQCT YNSSLRNSTV VRENAISFNF FQSYNQYYV FHMPRCLFAG PLAEQFLNQV DLTETLERYQ QRLNTYALVS KDLASYRSFS QQLKAQDSLG EQPTTVPPPI D LSIPHVWM ...文字列:
MRPGLPSYLI ILAVCLFSHL LSSRYGAEAV SEPLDKAFHL LLNTYGRPIR FLRENTTQCT YNSSLRNSTV VRENAISFNF FQSYNQYYV FHMPRCLFAG PLAEQFLNQV DLTETLERYQ QRLNTYALVS KDLASYRSFS QQLKAQDSLG EQPTTVPPPI D LSIPHVWM PPQTTPHGWT ESHTTSGLHR PHFNQTCILF DGHDLLFSTV TPCLHQGFYL IDELRYVKIT LTEDFFVVTV SI DDDTPML LIFGHLPRVL FKAPYQRDNF ILRQTEKHEL LVLVKKDQLN RHSYLKDPDF LDAALDFNYL DLSALLRNSF HRY AVDVLK SGRCQMLDRR TVEMAFAYAL ALFAAARQEE AGAQVSVPRA LDRQAALLQI QEFMITCLSQ TPPRTTLLLY PTAV DLAKR ALWTPNQITD ITSLVRLVYI LSKQNQQHLI PQWALRQIAD FALKLHKTHL ASFLSAFARQ ELYLMGSLVH SMLVH TTER REIFIVETGL CSLAELSHFT QLLAHPHHEY LSDLYTPCSS SGRRDHSLER LTRLFPDATV PATVPAALSI LSTMQP STL ETFPDLFCLP LGESFSALTV SEHVSYIVTN QYLIKGISYP VSTTVVGQSL IITQTDSQTK CELTRNMHTT HSITVAL NI SLENCAFCQS ALLEYDDTQG VINIMYMHDS DDVLFALDPY NEVVVSSPRT HYLMLLKNGT VLEVTDVVVD ATDGTKLG P EQKLISEEDL NSAVDGSGLN DIFEAQKIEW HENLYFQGHH HHHHHH

+
分子 #2: Envelope glycoprotein L

分子名称: Envelope glycoprotein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (strain Merlin) (ヘルペスウイルス)
株: Merlin
分子量理論値: 30.846492 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MCRRPDCGFS FSPGPVILLW CCLLLPIVSS AAVSVAPTAA EKVPAECPEL TRRCLLGEVF EGDKYESWLR PLVNVTGRDG PLSQLIRYR PVTPEAANSV LLDEAFLDTL ALLYNNPDQL RALLTLLSSD TAPRWMTVMR GYSECGDGSP AVYTCVDDLC R GYDLTRLS ...文字列:
MCRRPDCGFS FSPGPVILLW CCLLLPIVSS AAVSVAPTAA EKVPAECPEL TRRCLLGEVF EGDKYESWLR PLVNVTGRDG PLSQLIRYR PVTPEAANSV LLDEAFLDTL ALLYNNPDQL RALLTLLSSD TAPRWMTVMR GYSECGDGSP AVYTCVDDLC R GYDLTRLS YGRSIFTEHV LGFELVPPSL FNVVVAIRNE ATRTNRAVRL PVSTAAAPEG ITLFYGLYNA VKEFCLRHQL DP PLLRHLD KYYAGLPPEL KQTRVNLPAH SRYGPQAVDA R

+
分子 #3: Envelope glycoprotein O

分子名称: Envelope glycoprotein O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 58.298504 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGRKEDMRSI SKLFFIISLT VLLFSIINCK VVRPPGRYWL GTVLSTIGKQ KLDKFKLEIL KQLEREPYTK YFNMTRQHVK NLTMNMTQF PQYYILAGPI RNDSITYLWF DFYSTQLRKP AKYVYSQYNH TAKTITFRPP SCGTVPSMTC LSEMLNVSKR N DTGEQGCG ...文字列:
MGRKEDMRSI SKLFFIISLT VLLFSIINCK VVRPPGRYWL GTVLSTIGKQ KLDKFKLEIL KQLEREPYTK YFNMTRQHVK NLTMNMTQF PQYYILAGPI RNDSITYLWF DFYSTQLRKP AKYVYSQYNH TAKTITFRPP SCGTVPSMTC LSEMLNVSKR N DTGEQGCG NFTTFNPMFF NVPRWNTKLY VGPTKVNVDS QTIYFLGLTA LLLRYAQRNC THSFYLVNAM SRNLFRVPKY IN GTKLKNT MRKLKRKQAP VKEQLEKKTK KSQSTTTPYF SYTTSTALNV TTNATYRVTT SAKRIPTSTI AYRPDSSFMK SIM ATQLRD LATWVYTTLR YRNEPFCKPD RNRTAVSEFM KNTHVLIRNE TPYTIYGTLD MSSLYYNETM SVENETASDN NETT PTSPS TRFQKTFIDP LWDYLDSLLF LDKIRNFSLQ LPAYGNLTPP EHRRAVNLST LNSLWWWLQG SENLYFQGSA WSHPQ FEKG GGSGGGSGGG SAWSHPQFEK

+
分子 #4: Isoform 3 of Platelet-derived growth factor receptor alpha

分子名称: Isoform 3 of Platelet-derived growth factor receptor alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.15466 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGTSHPAFLV LGCLLTGLSL ILCQLSLPSI LPNENEKVVQ LNSSFSLRCF GESEVSWQYP MSEEESSDVE IRNEENNSGL FVTVLEVSS ASAAHTGLYT CYYNHTQTEE NELEGRHIYI YVPDPDVAFV PLGMTDYLVI VEDDDSAIIP CRTTDPETPV T LHNSEGVV ...文字列:
MGTSHPAFLV LGCLLTGLSL ILCQLSLPSI LPNENEKVVQ LNSSFSLRCF GESEVSWQYP MSEEESSDVE IRNEENNSGL FVTVLEVSS ASAAHTGLYT CYYNHTQTEE NELEGRHIYI YVPDPDVAFV PLGMTDYLVI VEDDDSAIIP CRTTDPETPV T LHNSEGVV PASYDSRQGF NGTFTVGPYI CEATVKGKKF QTIPFNVYAL KATSELDLEM EALKTVYKSG ETIVVTCAVF NN EVVDLQW TYPGEVKGKG ITMLEEIKVP SIKLVYTLTV PEATVKDSGD YECAARQATR EVKEMKKVTI SVHEKGFIEI KPT FSQLEA VNLHEVKHFV VEVRAYPPPR ISWLKNNLTL IENLTEITTD VEKIQEIRYR SKLKLIRAKE EDSGHYTIVA QNED AVKSY TFELLTQVPS SILDLVDDHH GSTGGQTVRC TAEGTPLPDI EWMICKDIKK CNNETSWTIL ANNVSNIITE IHSRD RSTV EGRVTFAKVE ETIAVRCLAK NLLGAENREL KLVAPTLRSE DDDDK

+
分子 #5: Fab 13H11 light chain

分子名称: Fab 13H11 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.78002 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYADIQMTQS PSSLSASVGD RVTITCRASQ GINNYLAWYQ QKPGKVPKLL IYAASTLQSG VPSRFSGSG SGTAFTLTIL SLQPEDVATY YCQKYNSAPF TFGPGTKVDI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYADIQMTQS PSSLSASVGD RVTITCRASQ GINNYLAWYQ QKPGKVPKLL IYAASTLQSG VPSRFSGSG SGTAFTLTIL SLQPEDVATY YCQKYNSAPF TFGPGTKVDI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

+
分子 #6: Fab 13H11 heavy chain

分子名称: Fab 13H11 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.600086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQVQLVQS GAEVKKPGAS VKVSCKASGY TFTNYYIHWV RQAPGQGLEW MGIIHPSSGG TSYAQKFQG RVTMTRDTST STVSMDLSSL RSEDTAVYYC GRAFRILGLS DVFVNDWGQG TVVTVSSAST KGPSVFPLAP S SKSTSGGT ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQVQLVQS GAEVKKPGAS VKVSCKASGY TFTNYYIHWV RQAPGQGLEW MGIIHPSSGG TSYAQKFQG RVTMTRDTST STVSMDLSSL RSEDTAVYYC GRAFRILGLS DVFVNDWGQG TVVTVSSAST KGPSVFPLAP S SKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KV DKKVEPK SCD

+
分子 #7: Fab MSL-109 light chain

分子名称: Fab MSL-109 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.355809 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYADIVMTQS PLSLSVTPGE PASISCRSSQ SLLHTNGYNY LDWYVQKPGQ SPQLLIYLAS NRASGVPDR FSGSGSGTDF TLKISRVETE DVGVYYCMQA LQIPRTFGQG TKVEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS V VCLLNNFY ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYADIVMTQS PLSLSVTPGE PASISCRSSQ SLLHTNGYNY LDWYVQKPGQ SPQLLIYLAS NRASGVPDR FSGSGSGTDF TLKISRVETE DVGVYYCMQA LQIPRTFGQG TKVEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS V VCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RG ECGLNDI FEAQKIEWHE

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分子 #8: Fab MSL-109 heavy chain

分子名称: Fab MSL-109 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.547818 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAEEQVLES GGGLVKPGGS LRLSCAASGF TFSPYSVFWV RQAPGKGLEW VSSINSDSTY KYYADSVKG RFTISRDNAE NSIFLQMNSL RAEDTAVYYC ARDRSYYAFS SGSLSDYYYG LDVWGQGTLV TVSSASTKGP S VFPLAPSS ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAEEQVLES GGGLVKPGGS LRLSCAASGF TFSPYSVFWV RQAPGKGLEW VSSINSDSTY KYYADSVKG RFTISRDNAE NSIFLQMNSL RAEDTAVYYC ARDRSYYAFS SGSLSDYYYG LDVWGQGTLV TVSSASTKGP S VFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NH KPSNTKV DKKVEPKSCD

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
0.3 MNaClsodium chloride
0.025 MHEPES

詳細: The sample was gently cross-linked with 0.025% (v/v) EM-grade glutaraldehyde for 10 min at RT and quenched with 9 mM Tris pH 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 詳細: The grid was coated with Au/Pd 80/20 prior use.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 2.5 seconds before plunging.
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 34829 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: Images were collected in 50 frames every 0.2 s
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4151085
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / ソフトウェア - 詳細: 4.1.13
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: EM map of HCMV Trimer-13H11-Msl109 used as starting reference
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02)
詳細: Used score threshold of 0.25 for final 3D reconstruction. Map used for model refinements is a composite map after combining 3 focussed maps with PHENIX
使用した粒子像数: 3560620
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02)
最終 3次元分類クラス数: 100 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: selected 50 of 100 classes

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7lbf:
CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with human Platelet-derived growth factor receptor alpha and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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