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- EMDB-23244: Structure of human SHLD2-SHLD3-REV7-TRIP13(E253Q) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23244
タイトルStructure of human SHLD2-SHLD3-REV7-TRIP13(E253Q) complex
マップデータcomposite map
試料
  • 複合体: SHLD2.3-REV7(4)-TRIP13(E253Q) complex with ATP-gamma-S
    • タンパク質・ペプチド: Pachytene checkpoint protein 2 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
    • タンパク質・ペプチド: Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードREV7 / SHLD2 / SHLD3 / TRIP13 / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


female meiosis I / somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / meiotic recombination checkpoint signaling / zeta DNA polymerase complex / synaptonemal complex assembly / positive regulation of isotype switching / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin ...female meiosis I / somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / meiotic recombination checkpoint signaling / zeta DNA polymerase complex / synaptonemal complex assembly / positive regulation of isotype switching / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / JUN kinase binding / male meiosis I / reciprocal meiotic recombination / oocyte maturation / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / oogenesis / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / spermatid development / error-prone translesion synthesis / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / actin filament organization / male germ cell nucleus / transcription coregulator activity / regulation of cell growth / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein catabolic process / spindle / transcription corepressor activity / site of double-strand break / double-strand break repair / actin cytoskeleton / chromosome / spermatogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / cell division / DNA repair / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Shieldin complex subunit 2 / Protein FAM35A, C-terminal domain / : / : / Shieldin complex subunit 2, C-terminal / Shieldin complex subunit 2, first OB fold domain / Shieldin complex subunit 2, second OB fold domain / TRIP13-like, AAA+ ATPase lid C-terminal domain / TRIP13 N-terminal domain / Pachytene checkpoint protein 2-like ...Shieldin complex subunit 2 / Protein FAM35A, C-terminal domain / : / : / Shieldin complex subunit 2, C-terminal / Shieldin complex subunit 2, first OB fold domain / Shieldin complex subunit 2, second OB fold domain / TRIP13-like, AAA+ ATPase lid C-terminal domain / TRIP13 N-terminal domain / Pachytene checkpoint protein 2-like / Shieldin complex subunit 3 / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily / ClpA/B family / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Pachytene checkpoint protein 2 homolog / Shieldin complex subunit 3 / Shieldin complex subunit 2 / Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Xie W / Patel DJ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanisms of assembly and TRIP13-mediated remodeling of the human Shieldin complex.
著者: Wei Xie / Shengliu Wang / Juncheng Wang / M Jason de la Cruz / Guotai Xu / Maurizio Scaltriti / Dinshaw J Patel /
要旨: The Shieldin complex, composed of REV7, SHLD1, SHLD2, and SHLD3, protects DNA double-strand breaks (DSBs) to promote nonhomologous end joining. The AAA ATPase TRIP13 remodels Shieldin to regulate DNA ...The Shieldin complex, composed of REV7, SHLD1, SHLD2, and SHLD3, protects DNA double-strand breaks (DSBs) to promote nonhomologous end joining. The AAA ATPase TRIP13 remodels Shieldin to regulate DNA repair pathway choice. Here we report crystal structures of human SHLD3-REV7 binary and fused SHLD2-SHLD3-REV7 ternary complexes, revealing that assembly of Shieldin requires fused SHLD2-SHLD3 induced conformational heterodimerization of open (O-REV7) and closed (C-REV7) forms of REV7. We also report the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the ATPγS-bound fused SHLD2-SHLD3-REV7-TRIP13 complexes, uncovering the principles underlying the TRIP13-mediated disassembly mechanism of the Shieldin complex. We demonstrate that the N terminus of REV7 inserts into the central channel of TRIP13, setting the stage for pulling the unfolded N-terminal peptide of C-REV7 through the central TRIP13 hexameric channel. The primary interface involves contacts between the safety-belt segment of C-REV7 and a conserved and negatively charged loop of TRIP13. This process is mediated by ATP hydrolysis-triggered rotatory motions of the TRIP13 ATPase, thereby resulting in the disassembly of the Shieldin complex.
履歴
登録2021年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月3日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7l9p
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23244.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 255.36 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 255.36 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 255.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-21.230463 - 36.671756999999999
平均 (標準偏差)0.0020590862 (±1.0343122)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 255.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0641.0641.064
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z255.360255.360255.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-21.23036.6720.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SHLD2.3-REV7(4)-TRIP13(E253Q) complex with ATP-gamma-S

全体名称: SHLD2.3-REV7(4)-TRIP13(E253Q) complex with ATP-gamma-S
要素
  • 複合体: SHLD2.3-REV7(4)-TRIP13(E253Q) complex with ATP-gamma-S
    • タンパク質・ペプチド: Pachytene checkpoint protein 2 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
    • タンパク質・ペプチド: Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: SHLD2.3-REV7(4)-TRIP13(E253Q) complex with ATP-gamma-S

超分子名称: SHLD2.3-REV7(4)-TRIP13(E253Q) complex with ATP-gamma-S
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Pachytene checkpoint protein 2 homolog

分子名称: Pachytene checkpoint protein 2 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.562547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SDEAVGDLKQ ALPCVAESPT VHVEVHQRGS STAKKEDINL SVRKLLNRHN IVFGDYTWTE FDEPFLTRNV QSVSIIDTEL KVKDSQPID LSACTVALHI FQLNEDGPSS ENLEEETENI IAANHWVLPA AEFHGLWDSL VYDVEVKSHL LDYVMTTLLF S DKNVNSNL ...文字列:
SDEAVGDLKQ ALPCVAESPT VHVEVHQRGS STAKKEDINL SVRKLLNRHN IVFGDYTWTE FDEPFLTRNV QSVSIIDTEL KVKDSQPID LSACTVALHI FQLNEDGPSS ENLEEETENI IAANHWVLPA AEFHGLWDSL VYDVEVKSHL LDYVMTTLLF S DKNVNSNL ITWNRVVLLH GPPGTGKTSL CKALAQKLTI RLSSRYRYGQ LIEINSHSLF SKWFSESGKL VTKMFQKIQD LI DDKDALV FVLIDQVESL TAARNACRAG TEPSDAIRVV NAVLTQIDQI KRHSNVVILT TSNITEKIDV AFVDRADIKQ YIG PPSAAA IFKIYLSCLE ELMKCQIIYP RQQLLTLREL EMIGFIENNV SKLSLLLNDI SRKSEGLSGR VLRKLPFLAH ALYV QAPTV TIEGFLQALS LAVDKQFEER KKLAAYI

UniProtKB: Pachytene checkpoint protein 2 homolog

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分子 #2: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B

分子名称: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: closed form / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.323348 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: STTLTRQDLN FGQVVADVLC EFLEVAVHLI LYVREVYPVG IFQKRKKYNV PVQMSCHPEL NQYIQDTLHC VKPLLEKNDV EKVVVVILD KEHRPVEKFV FEITQPPLLS ISSDSLLSHV EQLLRAFILK ISVCDAVLDH NPPGCTFTVL VHTREAATRN M EKIQVIKD ...文字列:
STTLTRQDLN FGQVVADVLC EFLEVAVHLI LYVREVYPVG IFQKRKKYNV PVQMSCHPEL NQYIQDTLHC VKPLLEKNDV EKVVVVILD KEHRPVEKFV FEITQPPLLS ISSDSLLSHV EQLLRAFILK ISVCDAVLDH NPPGCTFTVL VHTREAATRN M EKIQVIKD FPWILADEQD VHMHDPRLIP LKTMTSDILK MQLYVEERAH KGS

UniProtKB: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B

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分子 #3: Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera

分子名称: Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.678139 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSQVHIFWGA PIAPLKGSGS GSGSGSGSGS GSTTEVILHY RPCESDPTQL PKIAEKAIQD FPTRPLSRFI PWFPYDGSKL PLRPKRSPP ASREEIMATL

UniProtKB: Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3

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分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.3, 300 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM ATP-gamma-S, 1 mM DTT
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 1.5-second blot, blot force of 0.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 40 / 平均露光時間: 0.075 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6f0x


詳細: TRIP13-p31-substrate model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 104023
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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