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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23173 | |||||||||
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タイトル | Crown C5_Crn_HF-12_26 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Park YJ / Veesler D | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Design of multi-scale protein complexes by hierarchical building block fusion. 著者: Yang Hsia / Rubul Mout / William Sheffler / Natasha I Edman / Ivan Vulovic / Young-Jun Park / Rachel L Redler / Matthew J Bick / Asim K Bera / Alexis Courbet / Alex Kang / T J Brunette / Una ...著者: Yang Hsia / Rubul Mout / William Sheffler / Natasha I Edman / Ivan Vulovic / Young-Jun Park / Rachel L Redler / Matthew J Bick / Asim K Bera / Alexis Courbet / Alex Kang / T J Brunette / Una Nattermann / Evelyn Tsai / Ayesha Saleem / Cameron M Chow / Damian Ekiert / Gira Bhabha / David Veesler / David Baker / 要旨: A systematic and robust approach to generating complex protein nanomaterials would have broad utility. We develop a hierarchical approach to designing multi-component protein assemblies from two ...A systematic and robust approach to generating complex protein nanomaterials would have broad utility. We develop a hierarchical approach to designing multi-component protein assemblies from two classes of modular building blocks: designed helical repeat proteins (DHRs) and helical bundle oligomers (HBs). We first rigidly fuse DHRs to HBs to generate a large library of oligomeric building blocks. We then generate assemblies with cyclic, dihedral, and point group symmetries from these building blocks using architecture guided rigid helical fusion with new software named WORMS. X-ray crystallography and cryo-electron microscopy characterization show that the hierarchical design approach can accurately generate a wide range of assemblies, including a 43 nm diameter icosahedral nanocage. The computational methods and building block sets described here provide a very general route to de novo designed protein nanomaterials. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23173.map.gz | 3.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23173-v30.xml emd-23173.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23173.png | 42.3 KB | ||
その他 | emd_23173_additional_1.map.gz emd_23173_half_map_1.map.gz emd_23173_half_map_2.map.gz | 61.8 MB 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23173 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23173 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23173_validation.pdf.gz | 564.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23173_full_validation.pdf.gz | 563.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23173_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23173 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23173 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_23173_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_23173_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_23173_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : C5_Crn_HF-12_26
全体 | 名称: C5_Crn_HF-12_26 |
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要素 |
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-超分子 #1: C5_Crn_HF-12_26
超分子 | 名称: C5_Crn_HF-12_26 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-分子 #1: C5_Crn_HF-12_26
分子 | 名称: C5_Crn_HF-12_26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
配列 | 文字列: MGTESKVLEA EMSIKKAEWS AREGNPEKAT EDLMRAMLLI RELDVLAQKT GSAEVLVKAA ALAE KLAKV AREVGDPEMA REAEKLARAL AAKLLSMHAK LLATFLENLR RHLDRLDKHI KQLRDILSE HPHDERVKDV IDLSERSVRI VKKVIKIFED SVRELLKMML ...文字列: MGTESKVLEA EMSIKKAEWS AREGNPEKAT EDLMRAMLLI RELDVLAQKT GSAEVLVKAA ALAE KLAKV AREVGDPEMA REAEKLARAL AAKLLSMHAK LLATFLENLR RHLDRLDKHI KQLRDILSE HPHDERVKDV IDLSERSVRI VKKVIKIFED SVRELLKMML KRAEELAKSP DPEDLKAAVD VARA VIEAN PGSNLSRKAM EIIERAAREL SKLPDPEAIA TAIEAASQLA TMAAATGNTD QVRRAAKLM MRIAILAGTD LASAAALDAL LRVLETALQI ATKIIDDANK LLEKLRRSHH HDPKVVETYV ELLK RHEEA VRLLLDVAIM HALIVVMQDA IEAAREGDKD RARKALQDAL ELARLAGTTE AVEAALLVV EAVAVAAARA GATDVVREAL EVALEIARES GTTEAVKLAL EVVASVAIEA ARRGNTDAVR EALE VALEI ARESGTEEAV RLALEVVKRV SDEAKKQGNE DAVKEAEEVR KKIEEES |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Cryosparc Ab-Initio Reconstruction |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 35380 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |