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万見
- EMDB-23149: Cryo-electron microscopy reconstruction of antibody DH898.1 Fab-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23149
タイトルCryo-electron microscopy reconstruction of antibody DH898.1 Fab-dimer bound near the CD4 binding site of HIV Env SOSIP trimer CH848 10.17
マップデータFinal sharpened, locally filtered, map of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer
試料
  • 複合体: Antibody DH898.1 Fab-dimer bound near the CD4 binding site of HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 trimer
    • 複合体: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 trimer
      • タンパク質・ペプチド: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664
    • 複合体: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) dimer
      • タンパク質・ペプチド: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) light chain
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Edwards RJ / Acharya P
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI140897 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI145687 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020
タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies neutralize HIV and are prevalent in humans and rhesus macaques
著者: Williams WB / Meyerhoff RR / Edwards RJ / Li H / Nicely NI / Henderson R / Zhou Y / Janowska K / Mansouri K / Manne K / Stalls V / Hsu AL / Borgnia MJ / Stewart-Jones G / Lee MS / Bronkema N ...著者: Williams WB / Meyerhoff RR / Edwards RJ / Li H / Nicely NI / Henderson R / Zhou Y / Janowska K / Mansouri K / Manne K / Stalls V / Hsu AL / Borgnia MJ / Stewart-Jones G / Lee MS / Bronkema N / Perfect J / Moody MA / Wiehe K / Bradley T / Kepler TB / Alam SM / Foulger A / Bonsignori M / LaBranche CC / Montefiori DC / Seaman M / Santra S / Francica JR / Lynn GM / Aussedat B / Walkowicz WE / Laga R / Kelso G / Saunders KO / Fera D / Kwong PD / Seder RA / Bartesaghi A / Shaw GM / Acharya P / Haynes BF
履歴
登録2020年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月3日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2021年3月3日-
現状2021年3月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23149.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final sharpened, locally filtered, map of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.023 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.023 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.023 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0665 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.55 / ムービー #1: 0.55
最小 - 最大-0.5400671 - 1.9104918
平均 (標準偏差)0.026924657 (±0.11468069)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.02298 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.066496093751.066496093751.06649609375
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z273.023273.023273.023
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.5401.9100.027

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23149_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイルemd_23149_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unmodified final map of antibody DH898.1 Fab-dimer bound...

ファイルemd_23149_additional_1.map
注釈Unmodified final map of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution ofof antibody DH898.1 Fab-dimer bound to...

ファイルemd_23149_additional_2.map
注釈Local resolution ofof antibody DH898.1 Fab-dimer bound to HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer, at the 0.5 FSC level.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to...

ファイルemd_23149_half_map_1.map
注釈Half-map A of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to...

ファイルemd_23149_half_map_2.map
注釈Half-map B of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Antibody DH898.1 Fab-dimer bound near the CD4 binding site of HIV...

全体名称: Antibody DH898.1 Fab-dimer bound near the CD4 binding site of HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 trimer
要素
  • 複合体: Antibody DH898.1 Fab-dimer bound near the CD4 binding site of HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 trimer
    • 複合体: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 trimer
      • タンパク質・ペプチド: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664
    • 複合体: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) dimer
      • タンパク質・ペプチド: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) light chain

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超分子 #1: Antibody DH898.1 Fab-dimer bound near the CD4 binding site of HIV...

超分子名称: Antibody DH898.1 Fab-dimer bound near the CD4 binding site of HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 94 KDa

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超分子 #2: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 trimer

超分子名称: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 trimer
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: CH848 10.17
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F

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超分子 #3: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) dimer

超分子名称: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) dimer
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 / 詳細: Composed of two heavy chains and two light chains
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F

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分子 #1: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664

分子名称: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: CH848.3.D0949.10.17
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDARA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLGNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLI CSNATVKNGT VEEMKNCSFN TTTEIRDKEK KEYALFYKPD IVPLSETNNT SEYRLINCNT SACTQACPKV ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDARA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLGNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLI CSNATVKNGT VEEMKNCSFN TTTEIRDKEK KEYALFYKPD IVPLSETNNT SEYRLINCNT SACTQACPKV TFEPIPIHYC APAGYAILKC NDETFNGTGP CSNVSTVQCT HGIRPVVSTQ LLLNGSLAEK EIVIRSENLT NNAKIIIVHL HTPVEIVCTR PNNNTRKSVR IGPGQTFYAT GDIIGDIKQA HCNISEEKWN DTLQKVGIEL QKHFPNKTIK YNQSAGGDME ITTHSFNCGG EFFYCNTSNL FNGTYNGTYI STNSSANSTS TITLQCRIKQ IINMWQGVGR CMYAPPIAGN ITCRSNITGL LLTRDGGTNS NETETFRPAG GDMRDNWRSE LYKYKVVKIE PLGVAPTRCK RRVVGRRRRR RAVGIGAVFL GFLGAAGSTM GAASMTLTVQ ARNLLSGIVQ QQSNLLRAPE AQQHLLKLTV WGIKQLQARV LAVERYLRDQ QLLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

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分子 #2: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) heavy chain

分子名称: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) heavy chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) / 株: DH898.1
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QDLLLQSGAE VREPGASVTV SCQASNYTFP DYYIHWVRLV PGQGLEWLGE MKPKVGVTNV SKKIRDRLFM TADTSTDTAY MVLSALTPGD TAIYYCTRLE PDFLSGWAHW GKGVLVTVSP ASTKGPSVFP LAPSSRSTSE STAALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGSLTSGV ...文字列:
QDLLLQSGAE VREPGASVTV SCQASNYTFP DYYIHWVRLV PGQGLEWLGE MKPKVGVTNV SKKIRDRLFM TADTSTDTAY MVLSALTPGD TAIYYCTRLE PDFLSGWAHW GKGVLVTVSP ASTKGPSVFP LAPSSRSTSE STAALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGSLTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YVCNVNHKPS NTKVDKRVE

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分子 #3: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) light chain

分子名称: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) light chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) / 株: DH898.1
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVMTQTPLS LSVTPGEPAS LSCRSSASLL HGNGNTYLHW YLRKAGQSPQ LLIFGGSKRV PGISDRFIGS GAGTNFTLKI SSVEADDVGF YYCAQGVAFP WTFGQGTKVE IKRAVAAPSV FIFPPSEDQV KSGTVSVVCL LNNFYPREAS VKWKVDGVLK TGNSQESVTE ...文字列:
EIVMTQTPLS LSVTPGEPAS LSCRSSASLL HGNGNTYLHW YLRKAGQSPQ LLIFGGSKRV PGISDRFIGS GAGTNFTLKI SSVEADDVGF YYCAQGVAFP WTFGQGTKVE IKRAVAAPSV FIFPPSEDQV KSGTVSVVCL LNNFYPREAS VKWKVDGVLK TGNSQESVTE QDSKDNTYSL SSTLTLSNTD YQSHNVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
5.0 mMHEPES buffer
150.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: 2.5 microliter of smaple applied to grid and incubated for 30 seconds in chamber, blotted for 2.5 seconds, and plunge frozen in liquid ethane.
詳細For the DH898.1-bound complex, purified HIV-1 Env was mixed with 6-fold molar excess of recombinantly expressed and purified DH898.1 Fab to obtain a final Env concentration of 1.5 mg/ml, and incubated for 2 hours at room temperature.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3230 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1655400
詳細: Particles were picked using Blob Picker on 500 micrographs with a minimum and maximum particle diameter of 150 and 250 angstroms for circular blobs, yielding 259,587 particles, which were ...詳細: Particles were picked using Blob Picker on 500 micrographs with a minimum and maximum particle diameter of 150 and 250 angstroms for circular blobs, yielding 259,587 particles, which were extracted with a 320-pixel box size and subjected to 2D class averaging with 100 classes. From these, seven classes were chosen for template picking applied to the full final micrograph set, yielding 1,655,400 particles
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.10)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: ab initio generated directly from data.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / 使用した粒子像数: 59012
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 31168 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / 詳細: Ab initio
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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