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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23121 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosomal subunit in complex with RRFmt and EF-G2mt. | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosomal subunit in complex with RRFmt and EF-G2mt. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / ribosome disassembly / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit ...mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / ribosome disassembly / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / ribosomal large subunit binding / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cell junction / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / nuclear body / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / GTPase activity / mRNA binding / nucleotide binding / synapse / GTP binding / nucleolus / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Agrawal E / Koripella R | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Distinct mechanisms of the human mitoribosome recycling and antibiotic resistance. 著者: Ravi Kiran Koripella / Ayush Deep / Ekansh K Agrawal / Pooja Keshavan / Nilesh K Banavali / Rajendra K Agrawal / 要旨: Ribosomes are recycled for a new round of translation initiation by dissociation of ribosomal subunits, messenger RNA and transfer RNA from their translational post-termination complex. Here we ...Ribosomes are recycled for a new round of translation initiation by dissociation of ribosomal subunits, messenger RNA and transfer RNA from their translational post-termination complex. Here we present cryo-EM structures of the human 55S mitochondrial ribosome (mitoribosome) and the mitoribosomal large 39S subunit in complex with mitoribosome recycling factor (RRF) and a recycling-specific homolog of elongation factor G (EF-G2). These structures clarify an unusual role of a mitochondria-specific segment of RRF, identify the structural distinctions that confer functional specificity to EF-G2, and show that the deacylated tRNA remains with the dissociated 39S subunit, suggesting a distinct sequence of events in mitoribosome recycling. Furthermore, biochemical and structural analyses reveal that the molecular mechanism of antibiotic fusidic acid resistance for EF-G2 is markedly different from that of mitochondrial elongation factor EF-G1, suggesting that the two human EF-Gs have evolved diversely to negate the effect of a bacterial antibiotic. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23121.map.gz | 227 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23121-v30.xml emd-23121.xml | 65.5 KB 65.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23121.png | 171.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23121 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23121 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23121_validation.pdf.gz | 528.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23121_full_validation.pdf.gz | 527.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23121_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23121_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23121 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23121 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7l20MC 7l08C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10703 (タイトル: Distinct mechanisms of the human mitoribosome recycling and antibiotic resistance Data size: 2.3 TB Data #1: Aligned single-frame particles of human mitochondrial 55S-EF-Gmt complex [picked particles - single frame - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23121.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosomal subunit in complex with RRFmt and EF-G2mt. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07325 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Cryo-EM structure of Mammalian Mitochondrial ribosome complex wit...
+超分子 #1: Cryo-EM structure of Mammalian Mitochondrial ribosome complex wit...
+分子 #1: 16S rRNA mitochondrial
+分子 #2: tRNAval
+分子 #3: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
+分子 #4: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
+分子 #5: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
+分子 #6: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
+分子 #7: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
+分子 #8: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
+分子 #9: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
+分子 #10: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
+分子 #11: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
+分子 #12: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
+分子 #13: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
+分子 #14: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
+分子 #15: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
+分子 #16: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
+分子 #17: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
+分子 #18: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
+分子 #19: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
+分子 #20: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
+分子 #21: 39S ribosomal protein L36, mitochondrial
+分子 #22: 39S ribosomal protein L40, mitochondrial
+分子 #23: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial
+分子 #24: 39S ribosomal protein L46, mitochondrial
+分子 #25: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
+分子 #26: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
+分子 #27: cDNA FLJ76418, highly similar to Homo sapiens mitochondrial ribos...
+分子 #28: 39S ribosomal protein L55, mitochondrial
+分子 #29: Ribosomal protein 63, mitochondrial
+分子 #30: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
+分子 #31: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial
+分子 #32: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial
+分子 #33: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
+分子 #34: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
+分子 #35: Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b
+分子 #36: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
+分子 #37: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
+分子 #38: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
+分子 #39: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
+分子 #40: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
+分子 #41: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial
+分子 #42: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
+分子 #43: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial
+分子 #44: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
+分子 #45: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial
+分子 #46: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
+分子 #47: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
+分子 #48: 39S ribosomal protein L53, mitochondrial
+分子 #49: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial
+分子 #50: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
+分子 #51: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
+分子 #52: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
+分子 #53: 39 S P-site finger
+分子 #54: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial
+分子 #55: Ribosome-recycling factor, mitochondrial
+分子 #56: Ribosome-releasing factor 2, mitochondrial
+分子 #57: MAGNESIUM ION
+分子 #58: ZINC ION
+分子 #59: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) 平均電子線量: 71.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 132008 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-7l20: |