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万見
- EMDB-23118: Orexin Receptor 2 (OX2R) in Complex with G Protein and Natural Pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23118
タイトルOrexin Receptor 2 (OX2R) in Complex with G Protein and Natural Peptide-Agonist Orexin B (OxB)
マップデータ
試料
  • 複合体: Orexin Receptor 2 (OX2R) in Complex with G Protein and Natural Peptide-Agonist Orexin B (OxB)
    • タンパク質・ペプチド: Engineered Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: single-chain antibody Fv fragment (svFv16)
    • タンパク質・ペプチド: Hypocretin receptor type 2
  • タンパク質・ペプチド: Orexin
キーワードClass A GPCR / Orexin receptor 2 / OX2R / membrane protein / Peptide agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


type 1 orexin receptor binding / type 2 orexin receptor binding / regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / orexin receptor activity / negative regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of transmission of nerve impulse / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / neuronal dense core vesicle lumen / neuropeptide receptor activity ...type 1 orexin receptor binding / type 2 orexin receptor binding / regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / orexin receptor activity / negative regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of transmission of nerve impulse / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / neuronal dense core vesicle lumen / neuropeptide receptor activity / regulation of neurotransmitter secretion / neuropeptide hormone activity / sleep / positive regulation of calcium ion transport / locomotion / feeding behavior / response to alcohol / eating behavior / temperature homeostasis / response to starvation / negative regulation of DNA replication / negative regulation of potassium ion transport / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hormone stimulus / rough endoplasmic reticulum / excitatory postsynaptic potential / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / synaptic vesicle / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of cold-induced thermogenesis / retina development in camera-type eye / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / GTPase binding / Ca2+ pathway / fibroblast proliferation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / postsynapse / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prepro-orexin / Prepro-orexin / Orexin receptor 2 / Orexin receptor type 2 / Orexin receptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily ...Prepro-orexin / Prepro-orexin / Orexin receptor 2 / Orexin receptor type 2 / Orexin receptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hypocretin neuropeptide precursor / Orexin receptor type 2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Orexin receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hong C / Byrne NJ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structures of active-state orexin receptor 2 rationalize peptide and small-molecule agonist recognition and receptor activation.
著者: Chuan Hong / Noel J Byrne / Beata Zamlynny / Srivanya Tummala / Li Xiao / Jennifer M Shipman / Andrea T Partridge / Christina Minnick / Michael J Breslin / Michael T Rudd / Shawn J Stachel / ...著者: Chuan Hong / Noel J Byrne / Beata Zamlynny / Srivanya Tummala / Li Xiao / Jennifer M Shipman / Andrea T Partridge / Christina Minnick / Michael J Breslin / Michael T Rudd / Shawn J Stachel / Vanessa L Rada / Jeffrey C Kern / Kira A Armacost / Scott A Hollingsworth / Julie A O'Brien / Dawn L Hall / Terrence P McDonald / Corey Strickland / Alexei Brooun / Stephen M Soisson / Kaspar Hollenstein /
要旨: Narcolepsy type 1 (NT1) is a chronic neurological disorder that impairs the brain's ability to control sleep-wake cycles. Current therapies are limited to the management of symptoms with modest ...Narcolepsy type 1 (NT1) is a chronic neurological disorder that impairs the brain's ability to control sleep-wake cycles. Current therapies are limited to the management of symptoms with modest effectiveness and substantial adverse effects. Agonists of the orexin receptor 2 (OXR) have shown promise as novel therapeutics that directly target the pathophysiology of the disease. However, identification of drug-like OXR agonists has proven difficult. Here we report cryo-electron microscopy structures of active-state OXR bound to an endogenous peptide agonist and a small-molecule agonist. The extended carboxy-terminal segment of the peptide reaches into the core of OXR to stabilize an active conformation, while the small-molecule agonist binds deep inside the orthosteric pocket, making similar key interactions. Comparison with antagonist-bound OXR suggests a molecular mechanism that rationalizes both receptor activation and inhibition. Our results enable structure-based discovery of therapeutic orexin agonists for the treatment of NT1 and other hypersomnia disorders.
履歴
登録2020年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月10日-
マップ公開2021年2月10日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7l1u
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23118.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23118.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252. Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252. Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1226 / ムービー #1: 0.16
最小 - 最大-0.7858491 - 1.2577966
平均 (標準偏差)0.0014255107 (±0.025900263)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 251.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.840.840.84
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.000252.000252.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.7861.2580.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Orexin Receptor 2 (OX2R) in Complex with G Protein and Natural Pe...

全体名称: Orexin Receptor 2 (OX2R) in Complex with G Protein and Natural Peptide-Agonist Orexin B (OxB)
要素
  • 複合体: Orexin Receptor 2 (OX2R) in Complex with G Protein and Natural Peptide-Agonist Orexin B (OxB)
    • タンパク質・ペプチド: Engineered Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: single-chain antibody Fv fragment (svFv16)
    • タンパク質・ペプチド: Hypocretin receptor type 2
  • タンパク質・ペプチド: Orexin

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超分子 #1: Orexin Receptor 2 (OX2R) in Complex with G Protein and Natural Pe...

超分子名称: Orexin Receptor 2 (OX2R) in Complex with G Protein and Natural Peptide-Agonist Orexin B (OxB)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Engineered Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha

分子名称: Engineered Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.040881 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GTLSAEDKAA VERSKMIEKQ LQKDKQVYRR TLRLLLLGAD NSGKSTIVKQ MRILHGGSGG SGGTSGIFET KFQVDKVNFH MFDVGGQRD ERRKWIQCFN DVTAIIFVVD SSDYNRLQEA LNDFKSIWNN RWLRTISVIL FLNKQDLLAE KVLAGKSKIE D YFPEFARY ...文字列:
GTLSAEDKAA VERSKMIEKQ LQKDKQVYRR TLRLLLLGAD NSGKSTIVKQ MRILHGGSGG SGGTSGIFET KFQVDKVNFH MFDVGGQRD ERRKWIQCFN DVTAIIFVVD SSDYNRLQEA LNDFKSIWNN RWLRTISVIL FLNKQDLLAE KVLAGKSKIE D YFPEFARY TTPEDATPEP GEDPRVTRAK YFIRKEFVDI STASGDGRHI CYPHFTCAVD TENARRIFND CKDIILQMNL RE YNLV

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.579148 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHHH SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLI IWDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR F LDDNQIVT ...文字列:
MGHHHHHHHH SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLI IWDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR F LDDNQIVT SSGDTTCALW DIETGQQTTT FTGHTGDVMS LSLAPDTRLF VSGACDASAK LWDVREGMCR QTFTGHESDI NA ICFFPNG NAFATGSDDA TCRLFDLRAD QELMTYSHDN IICGITSVSF SKSGRLLLAG YDDFNCNVWD ALKADRAGVL AGH DNRVSC LGVTDDGMAV ATGSWDSFLK IWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.845078 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFSAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: single-chain antibody Fv fragment (svFv16)

分子名称: single-chain antibody Fv fragment (svFv16) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.610615 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSDVQLVESG GGLVQPGGSR KLSCSASGFA FSSFGMHWVR QAPEKGLEWV AYISSGSGTI YYADTVKGRF TISRDDPKNT LFLQMTSLR SEDTAMYYCV RSIYYYGSSP FDFWGQGTTL TVSSGGGGSG GGGSGGGGSD IVMTQATSSV PVTPGESVSI S CRSSKSLL ...文字列:
GSDVQLVESG GGLVQPGGSR KLSCSASGFA FSSFGMHWVR QAPEKGLEWV AYISSGSGTI YYADTVKGRF TISRDDPKNT LFLQMTSLR SEDTAMYYCV RSIYYYGSSP FDFWGQGTTL TVSSGGGGSG GGGSGGGGSD IVMTQATSSV PVTPGESVSI S CRSSKSLL HSNGNTYLYW FLQRPGQSPQ LLIYRMSNLA SGVPDRFSGS GSGTAFTLTI SRLEAEDVGV YYCMQHLEYP LT FGAGTKL ELK

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分子 #5: Hypocretin receptor type 2

分子名称: Hypocretin receptor type 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.470875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDAMGT KLEDSPPCRN WSSASELNET QEPFLNPTDY DDEEFLRYLW REYLHPKEYE WVLIAGYIIV FVVALIGNVL VCVAVWKNH HMRTVTNYFI VNLSLADVLV TITCLPATLV VDITETWFFG QSLCKVIPYL QTVSVSVSVL TLSCIALDRW Y AICHPLMF ...文字列:
DYKDDDAMGT KLEDSPPCRN WSSASELNET QEPFLNPTDY DDEEFLRYLW REYLHPKEYE WVLIAGYIIV FVVALIGNVL VCVAVWKNH HMRTVTNYFI VNLSLADVLV TITCLPATLV VDITETWFFG QSLCKVIPYL QTVSVSVSVL TLSCIALDRW Y AICHPLMF KSTAKRARNS IVIIWIVSCI IMIPQAIVME CSTVFPGLAN KTTLFTVCDE RWGGEIYPKM YHICFFLVTY MA PLCLMVL AYLQIFRKLW CRQIPGTSSE IKQIRARRKT ARMLMVVLLV FAICYLPISI LNVLKRVFGM FAHTEDRETV YAW FTFSHW LVYANSAANP IIYNFLSGKF REEFKAAFSC CCLGVHHRHH HHHHHHHH

UniProtKB: Orexin receptor type 2

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分子 #6: Orexin

分子名称: Orexin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.902364 KDa
配列文字列:
RSGPPGLQGR LQRLLQASGN HAAGILTM(NH2)

UniProtKB: Hypocretin neuropeptide precursor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTrisTris
50.0 mMNH4OAcAmmonium acetate
0.02 percentDDMDDM
0.002 percentCHSCHS
0.5 mMEDTAEDTA
グリッドモデル: C-flat / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa / 詳細: Carbon side facing up
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 83.0 K / 最高: 93.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5700 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4100 pixel / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 38810 / 平均露光時間: 0.05 sec. / 平均電子線量: 1.0625 e/Å2 / 詳細: 40 frames with total 2second exposure
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.6 µm / 倍率（補正後）: 59524 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 14000000
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 詳細: Gold standard and masking effect correction / 使用した粒子像数: 800000
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 詳細: Ab initio in cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 詳細: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 800000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 詳細: One good class from 3D classification

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

7l1v

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelchain A

7l1v

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelchain B

7l1v

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelchain C

7l1v

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelchain H

7l1v

chain_id: R, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelchain R
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 131 / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-7l1u:
Orexin Receptor 2 (OX2R) in Complex with G Protein and Natural Peptide-Agonist Orexin B (OxB)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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