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万見
- EMDB-23075: Structure of the S. cerevisiae phosphatidylcholine flippase Dnf1-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23075
タイトルStructure of the S. cerevisiae phosphatidylcholine flippase Dnf1-Lem3 complex in the E2P state
マップデータCryo-EM 3D map of the S. cerevisiae phosphatidylcholine flippase Dnf1-Lem3 complex in the E2P state
試料
  • 複合体: S. cerevisiae phosphatidylcholine flippase Dnf1-Lem3 complex in the E2P state
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase DNF1
    • タンパク質・ペプチド: Alkylphosphocholine resistance protein LEM3
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードP4 ATPase / Phosphatidylcholine Flippases / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vacuole organization / glycosylceramide flippase activity / mating projection tip membrane / aminophospholipid translocation / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylcholine flippase activity / phosphatidylserine flippase activity / ceramide translocation / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex ...regulation of vacuole organization / glycosylceramide flippase activity / mating projection tip membrane / aminophospholipid translocation / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylcholine flippase activity / phosphatidylserine flippase activity / ceramide translocation / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex / phosphatidylserine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / cell septum / phosphatidylcholine floppase activity / cellular bud neck / P-type phospholipid transporter / phospholipid translocation / establishment or maintenance of cell polarity / Neutrophil degranulation / cell periphery / intracellular protein transport / endocytosis / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / Golgi apparatus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site ...CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipid-transporting ATPase DNF1 / Phospholipid-transporting ATPase accessory subunit LEM3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bai L / You Q / Jain BK / Duan HD / Kovach A / Graham TR / Li H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA231466 to H.L. and GM107978 to T.R.G. 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Transport mechanism of P4 ATPase phosphatidylcholine flippases.
著者: Lin Bai / Qinglong You / Bhawik K Jain / H Diessel Duan / Amanda Kovach / Todd R Graham / Huilin Li /
要旨: The P4 ATPases use ATP hydrolysis to transport large lipid substrates across lipid bilayers. The structures of the endosome- and Golgi-localized phosphatidylserine flippases-such as the yeast Drs2 ...The P4 ATPases use ATP hydrolysis to transport large lipid substrates across lipid bilayers. The structures of the endosome- and Golgi-localized phosphatidylserine flippases-such as the yeast Drs2 and human ATP8A1-have recently been reported. However, a substrate-binding site on the cytosolic side has not been found, and the transport mechanisms of P4 ATPases with other substrates are unknown. Here, we report structures of the Dnf1-Lem3 and Dnf2-Lem3 complexes. We captured substrate phosphatidylcholine molecules on both the exoplasmic and cytosolic sides and found that they have similar structures. Unexpectedly, Lem3 contributes to substrate binding. The conformational transitions of these phosphatidylcholine transporters match those of the phosphatidylserine transporters, suggesting a conserved mechanism among P4 ATPases. Dnf1/Dnf2 have a unique P domain helix-turn-helix insertion that is important for function. Therefore, P4 ATPases may have retained an overall transport mechanism while evolving distinct features for different lipid substrates.
履歴
登録2020年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月6日-
マップ公開2021年1月6日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kyc
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23075.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23075.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM 3D map of the S. cerevisiae phosphatidylcholine flippase Dnf1-Lem3 complex in the E2P state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 231.28 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 231.28 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 231.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.09667242 - 0.15586567
平均 (標準偏差)0.00026624431 (±0.004160756)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 231.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8260.8260.826
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z231.280231.280231.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0970.1560.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae phosphatidylcholine flippase Dnf1-Lem3 complex in t...

全体名称: S. cerevisiae phosphatidylcholine flippase Dnf1-Lem3 complex in the E2P state
要素
  • 複合体: S. cerevisiae phosphatidylcholine flippase Dnf1-Lem3 complex in the E2P state
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase DNF1
    • タンパク質・ペプチド: Alkylphosphocholine resistance protein LEM3
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: S. cerevisiae phosphatidylcholine flippase Dnf1-Lem3 complex in t...

超分子名称: S. cerevisiae phosphatidylcholine flippase Dnf1-Lem3 complex in the E2P state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c

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分子 #1: Phospholipid-transporting ATPase DNF1

分子名称: Phospholipid-transporting ATPase DNF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type phospholipid transporter
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 178.000172 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSGTFHGDGH APMSPFEDTF QFEDNSSNED THIAPTHFDD GATSNKYSRP QVSFNDETPK NKREDAEEFT FNDDTEYDNH SFQPTPKLN NGSGTFDDVE LDNDSGEPHT NYDGMKRFRM GTKRNKKGNP IMGRSKTLKW ARKNIPNPFE DFTKDDIDPG A INRAQELR ...文字列:
MSGTFHGDGH APMSPFEDTF QFEDNSSNED THIAPTHFDD GATSNKYSRP QVSFNDETPK NKREDAEEFT FNDDTEYDNH SFQPTPKLN NGSGTFDDVE LDNDSGEPHT NYDGMKRFRM GTKRNKKGNP IMGRSKTLKW ARKNIPNPFE DFTKDDIDPG A INRAQELR TVYYNMPLPK DMIDEEGNPI MQYPRNKIRT TKYTPLTFLP KNILFQFHNF ANVYFLVLII LGAFQIFGVT NP GLSAVPL VVIVIITAIK DAIEDSRRTV LDLEVNNTKT HILEGVENEN VSTDNISLWR RFKKANSRLL FKFIQYCKEH LTE EGKKKR MQRKRHELRV QKTVGTSGPR SSLDSIDSYR VSADYGRPSL DYDNLEQGAG EANIVDRSLP PRTDCKFAKN YWKG VKVGD IVRIHNNDEI PADIILLSTS DTDGACYVET KNLDGETNLK VRQSLKCTNT IRTSKDIART KFWIESEGPH SNLYT YQGN MKWRNLADGE IRNEPITINN VLLRGCTLRN TKWAMGVVMF TGGDTKIMLN SGITPTKKSR ISRELNFSVV INFVLL FIL CFVSGIANGV YYDKKGRSRF SYEFGTIAGS AATNGFVSFW VAVILYQSLV PISLYISVEI IKTAQAAFIY GDVLLYN AK LDYPCTPKSW NISDDLGQVE YIFSDKTGTL TQNVMEFKKC TINGVSYGRA YTEALAGLRK RQGIDVETEG RREKAEIA K DRDTMIDELR ALSGNSQFYP EEVTFVSKEF VRDLKGASGE VQQRCCEHFM LALALCHSVL VEANPDNPKK LDLKAQSPD EAALVATARD VGFSFVGKTK KGLIIEMQGI QKEFEILNIL EFNSSRKRMS CIVKIPGLNP GDEPRALLIC KGADSIIYSR LSRQSGSNS EAILEKTALH LEQYATEGLR TLCIAQRELS WSEYEKWNEK YDIAAASLAN REDELEVVAD SIERELILLG G TAIEDRLQ DGVPDCIELL AEAGIKLWVL TGDKVETAIN IGFSCNLLNN EMELLVIKTT GDDVKEFGSE PSEIVDALLS KY LKEYFNL TGSEEEIFEA KKDHEFPKGN YAIVIDGDAL KLALYGEDIR RKFLLLCKNC RAVLCCRVSP SQKAAVVKLV KDS LDVMTL AIGDGSNDVA MIQSADVGIG IAGEEGRQAV MCSDYAIGQF RYLARLVLVH GRWSYKRLAE MIPEFFYKNM IFAL ALFWY GIYNDFDGSY LYEYTYMMFY NLAFTSLPVI FLGILDQDVN DTISLVVPQL YRVGILRKEW NQRKFLWYML DGLYQ SIIC FFFPYLVYHK NMIVTSNGLG LDHRYFVGVY VTTIAVISCN TYVLLHQYRW DWFSGLFIAL SCLVVFAWTG IWSSAI ASR EFFKAAARIY GAPSFWAVFF VAVLFCLLPR FTYDSFQKFF YPTDVEIVRE MWQHGHFDHY PPGYDPTDPN RPKVTKA GQ HGEKIIEGIA LSDNLGGSNY SRDSVVTEEI PMTFMHGEDG SPSGYQKQET WMTSPKETQD LLQSPQFQQA QTFGRGPS T NVRSSLDRTR EQMIATNQLD NRYSVERART SLDLPGVTNA ASLIGTQQNN

UniProtKB: Phospholipid-transporting ATPase DNF1

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分子 #2: Alkylphosphocholine resistance protein LEM3

分子名称: Alkylphosphocholine resistance protein LEM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 47.490395 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MVNFDLGQVG EVFRRKDKGA IVSGDNPEEE EDVDASEFEE DEVKPVRTKN RRPKEDAFTQ QRLAAINPVL TPRTVLPLYL LIAVVFVIV GGCILAQNSK VDEVTIYYQD CMTNATSSWS DIPSEHWQFV FHKYKTYNTA PQWRFVDDES DDFTKQRGTC Q IRFTTPSD ...文字列:
MVNFDLGQVG EVFRRKDKGA IVSGDNPEEE EDVDASEFEE DEVKPVRTKN RRPKEDAFTQ QRLAAINPVL TPRTVLPLYL LIAVVFVIV GGCILAQNSK VDEVTIYYQD CMTNATSSWS DIPSEHWQFV FHKYKTYNTA PQWRFVDDES DDFTKQRGTC Q IRFTTPSD MKNNVYLNYV LEKFAANHRR YVLSFSEDQI RGEDASYETV HDATGINCKP LSKNADGKIY YPCGLIANSM FN DTFPLQL TNVGDTSNNY SLTNKGINWE SDKKRYKKTK YNYTQIAPPP YWEKMYPDGY NETNIPDIQD WEEFQNWMRP GAF DKITKL IRINKNDTLP AGEYQLDIGL HWPVLEFNGK KGIYLTHGSH LGGRNPFLGI VYLIGGCICA AMALILLTFW LFGG RKIAD ASSLSWNMK

UniProtKB: Phospholipid-transporting ATPase accessory subunit LEM3

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分子 #5: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 590043
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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