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- EMDB-23052: Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23052
タイトルStaphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine
マップデータ
試料
  • 複合体: Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 19種
キーワードPathogen / small ribosomal subunit / spermidine / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation ...ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily ...Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / : / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / : / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S10p/S20e / S4 RNA-binding domain / Ribosomal S11, conserved site / S4 domain / Ribosomal protein S11 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS13 ...30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS10
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) / Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Belinite M / Khusainov I
資金援助 フランス, 2件
OrganizationGrant number国
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-10-LABX-0036 NETRNA フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE11-0007-01 フランス
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021
タイトル: Stabilization of Ribosomal RNA of the Small Subunit by Spermidine in .
著者: Margarita Belinite / Iskander Khusainov / Heddy Soufari / Stefano Marzi / Pascale Romby / Marat Yusupov / Yaser Hashem /
要旨: Cryo-electron microscopy is now used as a method of choice in structural biology for studying protein synthesis, a process mediated by the ribosome machinery. In order to achieve high-resolution ...Cryo-electron microscopy is now used as a method of choice in structural biology for studying protein synthesis, a process mediated by the ribosome machinery. In order to achieve high-resolution structures using this approach, one needs to obtain homogeneous and stable samples, which requires optimization of ribosome purification in a species-dependent manner. This is especially critical for the bacterial small ribosomal subunit that tends to be unstable in the absence of ligands. Here, we report a protocol for purification of stable 30 S from the Gram-positive bacterium and its cryo-EM structures: in presence of spermidine at a resolution ranging between 3.4 and 3.6 Å and in its absence at 5.3 Å. Using biochemical characterization and cryo-EM, we demonstrate the importance of spermidine for stabilization of the 30 S preserving favorable conformation of the helix 44.
履歴
登録2020年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月27日-
マップ公開2021年1月27日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.036
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23052.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23052.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 270 pix.
= 321.3 Å		1.19 Å/pix.
x 270 pix.
= 321.3 Å		1.19 Å/pix.
x 270 pix.
= 321.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.19 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.036 / ムービー #1: 0.036
最小 - 最大-0.1961521 - 0.33293664
平均 (標準偏差)0.00036258157 (±0.012024228)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ270270270
Spacing270270270
セルA=B=C: 321.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.191.191.19
M x/y/z270270270
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z321.300321.300321.300
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS270270270
D min/max/mean-0.1960.3330.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine

全体名称: Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine
要素
  • 複合体: Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine
    • RNA: mRNA
    • RNA: 16S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20

+
超分子 #1: Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine

超分子名称: Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)

+
分子 #1: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 10.3923 KDa
配列文字列:
ACAUACAGGG GGUAUUAAUU UGAAAAAGAA AA

+
分子 #2: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 503.218031 KDa
配列文字列: UUUUCUGGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCGUGCCU AAUACAUGCA AGUCGAGCGA ACGGACGAGA AGCUUGCUU CUCUGAUGUU AGCGGCGGAC GGGUGAGUAA CACGUGGAUA ACCUACCUAU AAGACUGGGA UAACUUCGGG A AACCGUAG ...文字列:
UUUUCUGGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCGUGCCU AAUACAUGCA AGUCGAGCGA ACGGACGAGA AGCUUGCUU CUCUGAUGUU AGCGGCGGAC GGGUGAGUAA CACGUGGAUA ACCUACCUAU AAGACUGGGA UAACUUCGGG A AACCGUAG CUAAUACCGG AUAAUAUUUU GAACCGCAUG GUUCAAAAGU GAAAGACGGU CUUGCUGUCA CUUAUAGAUG GA UCCGCGC UGCAUUAGCU AGUUGGUAAG GUAACGGCUU ACCAAGGCAA CGAUGCAUAG CCGACCUGAG AGGGUGAUCG GCC ACACUG GAACUGAGAC ACGGUCCAGA CUCCUACGGG AGGCAGCAGU AGGGAAUCUU CCGCAAUGGG CGAAAGCCUG ACGG AGCAA CGCCGCGUGA GUGAUGAAGG UCUUCGGAUC GUAAAACUCU GUUAUUAGGG AAGAACAUAU GUGUAAGUAA CUGUG CACA UCUUGACGGU ACCUAAUCAG AAAGCCACGG CUAACUACGU GCCAGCAGCC GCGGUAAUAC GUAGGUGGCA AGCGUU AUC CGGAAUUAUU GGGCGUAAAG CGCGCGUAGG CGGUUUUUUA AGUCUGAUGU GAAAGCCCAC GGCUCAACCG UGGAGGG UC AUUGGAAACU GGAAAACUUG AGUGCAGAAG AGGAAAGUGG AAUUCCAUGU GUAGCGGUGA AAUGCGCAGA GAUAUGGA G GAACACCAGU GGCGAAGGCG ACUUUCUGGU CUGUAACUGA CGCUGAUGUG CGAAAGCGUG GGGAUCAAAC AGGAUUAGA UACCCUGGUA GUCCACGCCG UAAACGAUGA GUGCUAAGUG UUAGGGGGUU UCCCGCCCCU UAGUGCUGCA GCUAACGCAU UAAGCACUC CGCCUGGGGA GUACGACCGC AAGGUUGAAA CUCAAAGGAA UUGACGGGGA CCCGCACAAG CGGUGGAGCA U GUGGUUUA AUUCGAAGCA ACGCGAAGAA CCUUACCAAA UCUUGACAUC CUUUGACAAC UCUAGAGAUA GAGCCUUCCC CU UCGGGGG ACAAAGUGAC AGGUGGUGCA UGGUUGUCGU CAGCUCGUGU CGUGAGAUGU UGGGUUAAGU CCCGCAACGA GCG CAACCC UUAAGCUUAG UUGCCAUCAU UAAGUUGGGC ACUCUAAGUU GACUGCCGGU GACAAACCGG AGGAAGGUGG GGAU GACGU CAAAUCAUCA UGCCCCUUAU GAUUUGGGCU ACACACGUGC UACAAUGGAC AAUACAAAGG GCAGCGAAAC CGCGA GGUC AAGCAAAUCC CAUAAAGUUG UUCUCAGUUC GGAUUGUAGU CUGCAACUCG ACUACAUGAA GCUGGAAUCG CUAGUA AUC GUAGAUCAGC AUGCUACGGU GAAUACGUUC CCGGGUCUUG UACACACCGC CCGUCACACC ACGAGAGUUU GUAACAC CC GAAGCCGGUG GAGUAACCUU UUAGGAGCUA GCCGUCGAAG GUGGGACAAA UGAUUGGGGU GAAGUCGUAA CAAGGUAG C CGUAUCGGAA GGUGCGGCUG GAUCACCUCC UUUCU

GENBANK: GENBANK: CP000253.1

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 29.136369 KDa
配列文字列: MAVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV DEAYNFLKQV SEDGGQVLFV GTKKQAQESV KSEAERAGQ FYINQRWLGG LLTNYKTISK RIKRISEIEK MEEDGLFEVL PKKEVVELKK EYDRLIKFLG GIRDMKSMPQ A LFVVDPRK ...文字列:
MAVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV DEAYNFLKQV SEDGGQVLFV GTKKQAQESV KSEAERAGQ FYINQRWLGG LLTNYKTISK RIKRISEIEK MEEDGLFEVL PKKEVVELKK EYDRLIKFLG GIRDMKSMPQ A LFVVDPRK ERNAIAEARK LNIPIVGIVD TNCDPDEIDY VIPANDDAIR AVKLLTAKMA DAILEGQQGV SNEEVAAEQN ID LDEKEKS EETEATEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 24.143867 KDa
配列文字列: MGQKINPIGL RVGIIRDWEA KWYAEKDFAS LLHEDLKIRK FIDNELKEAS VSHVEIERAA NRINIAIHTG KPGMVIGKGG SEIEKLRNK LNALTDKKVH INVIEIKKVD LDARLVAENI ARQLENRASF RRVQKQAITR AMKLGAKGIK TQVSGRLGGA D IARAEQYS ...文字列:
MGQKINPIGL RVGIIRDWEA KWYAEKDFAS LLHEDLKIRK FIDNELKEAS VSHVEIERAA NRINIAIHTG KPGMVIGKGG SEIEKLRNK LNALTDKKVH INVIEIKKVD LDARLVAENI ARQLENRASF RRVQKQAITR AMKLGAKGIK TQVSGRLGGA D IARAEQYS EGTVPLHTLR ADIDYAHAEA DTTYGKLGVK VWIYRGEVLP TKNTSGGGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 23.051416 KDa
配列文字列: MARFRGSNWK KSRRLGISLS GTGKELEKRP YAPGQHGPNQ RKKLSEYGLQ LREKQKLRYL YGMTERQFRN TFDIAGKKFG VHGENFMIL LASRLDAVVY SLGLARTRRQ ARQLVNHGHI LVDGKRVDIP SYSVKPGQTI SVREKSQKLN IIVESVEINN F VPEYLNFD ...文字列:
MARFRGSNWK KSRRLGISLS GTGKELEKRP YAPGQHGPNQ RKKLSEYGLQ LREKQKLRYL YGMTERQFRN TFDIAGKKFG VHGENFMIL LASRLDAVVY SLGLARTRRQ ARQLVNHGHI LVDGKRVDIP SYSVKPGQTI SVREKSQKLN IIVESVEINN F VPEYLNFD ADSLTGTFVR LPERSELPAE INEQLIVEYY SR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 17.770512 KDa
配列文字列:
MARREEETKE FEERVVTINR VAKVVKGGRR FRFTALVVVG DKNGRVGFGT GKAQEVPEAI KKAVEAAKKD LVVVPRVEGT TPHTITGRY GSGSVFMKPA APGTGVIAGG PVRAVLELAG ITDILSKSLG SNTPINMVRA TIDGLQNLKN AEDVAKLRGK T VEELYN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 11.613146 KDa
配列文字列:
MRTYEVMYIV RPNIEEDAKK ALVERFNGIL ATEGAEVLEA KDWGKRRLAY EINDFKDGFY NIVRVKSDNN KATDEFQRLA KISDDIIRY MVIREDEDK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 17.826555 KDa
配列文字列:
MPRKGSVPKR DVLPDPIHNS KLVTKLINKI MLDGKRGTAQ RILYSAFDLV EQRSGRDALE VFEEAINNIM PVLEVKARRV GGSNYQVPV EVRPERRTTL GLRWLVNYAR LRGEKTMEDR LANEILDAAN NTGGAVKKRE DTHKMAEANK AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 14.854315 KDa
配列文字列:
MTMTDPIADM LTRVRNANMV RHEKLELPAS NIKKEIAEIL KSEGFIKNVE YVEDDKQGVL RLFLKYGQND ERVITGLKRI SKPGLRVYA KASEMPKVLN GLGIALVSTS EGVITDKEAR KRNVGGEIIA YVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 14.856987 KDa
配列文字列:
MTLAQVEYRG TGRRKNSVAR VRLVPGEGNI TVNNRDVREY LPFESLILDL NQPFDVTETK GNYDVLVNVH GGGFTGQAQA IRHGIARAL LEADPEYRGS LKRAGLLTRD PRMKERKKPG LKAARRSPQF SKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 11.60052 KDa
配列文字列:
MAKQKIRIRL KAYDHRVIDQ SAEKIVETAK RSGADVSGPI PLPTEKSVYT IIRAVHMYKD SREQFEQRTH KRLIDIVNPT PKTVDALMG LNLPSGVDIE IKL

UniProtKB: 30S ribosomal protein S10

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 13.907978 KDa
配列文字列:
MARKQVSRKR RVKKNIENGV AHIRSTFNNT IVTITDEFGN ALSWSSAGAL GFKGSKKSTP FAAQMASETA SKSAMEHGLK TVEVTVKGP GPGRESAIRA LQSAGLEVTA IRDVTPVPHN GCRPPKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 15.32087 KDa
配列文字列:
MPTINQLVRK PRQSKIKKSD SPALNKGFNS KKKKFTDLNS PQKRGVCTRV GTMTPKKPNS ALRKYARVRL SNNIEINAYI PGIGHNLQE HSVVLVRGGR VKDLPGVRYH IVRGALDTSG VDGRRQGRSL YGTKKPKN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 13.747919 KDa
配列文字列:
MARIAGVDIP REKRVVISLT YIYGIGTSTA QKILEEANVS ADTRVKDLTD DELGRIREVV DGYKVEGDLR RETNLNIKRL MEISSYRGI RHRRGLPVRG QKTKNNARTR KGPVKTVANK KK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 7.317769 KDa
配列文字列:
MAKTSMVAKQ QKKQKYAVRE YTRCERCGRP HSVYRKFKLC RICFRELAYK GQIPGVRKAS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14B

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 10.63433 KDa
配列文字列:
MAISQERKNE IIKEYRVHET DTGSPEVQIA VLTAEINAVN EHLRTHKKDH HSRRGLLKMV GRRRHLLNYL RSKDIQRYRE LIKSLGIRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 10.253886 KDa
配列文字列:
MAVKIRLTRL GSKRNPFYRI VVADARSPRD GRIIEQIGTY NPTSANAPEI KVDEALALKW LNDGAKPTDT VHNILSKEGI MKKFDEQKK AK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 10.196888 KDa
配列文字列:
MSERNDRKVY VGKVVSDKMD KTITVLVETY KTHKLYGKRV KYSKKYKTHD ENNSAKLGDI VKIQETRPLS ATKRFRLVEI VEESVII

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 9.332018 KDa
配列文字列:
MAGGPRRGGR RRKKVCYFTA NGITHIDYKD TELLKRFISE RGKILPRRVT GTSAKYQRML TTAIKRSRHM ALLPYVKEEQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 10.639309 KDa
配列文字列:
MARSIKKGPF VDEHLMKKVE AQEGSEKKQV IKTWSRRSTI FPNFIGHTFA VYDGRKHVPV YVTEDMVGHK LGEFAPTRTF KGHVADDKK TRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47
分子量理論値: 9.039472 KDa
配列文字列:
MANIKSAIKR VKTTEKAEAR NISQKSAMRT AVKNAKTAVS NNADNKNELV SLAVKLVDKA AQSNLIHSNK ADRIKSQLMT ANK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5li0

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 529602
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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