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- EMDB-22961: Cryo-EM structure of the mature and infective Mayaro virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22961
タイトルCryo-EM structure of the mature and infective Mayaro virus
マップデータCryo-EM of the mature and infective Mayaro virus
試料
  • ウイルス: Mayaro virus (マヤロウイルス)
生物種Mayaro virus (マヤロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Ribeiro Filho H / Coimbra LD / Cassago A / Rocha RFP / Padilha AC / Trivella DBB / Schatz M / Oliveira PSL / Portugal RV / Marques RE / van Heel M
資金援助 ブラジル, 3件
OrganizationGrant number国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/15340-2 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)440379/2016-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/03917-6 ブラジル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the mature and infective Mayaro virus at 4.4 Å resolution reveals features of arthritogenic alphaviruses.
著者: Helder V Ribeiro-Filho / Lais D Coimbra / Alexandre Cassago / Rebeca P F Rocha / João Victor da Silva Guerra / Rafael de Felicio / Carolina Moretto Carnieli / Luiza Leme / Antonio Cláudio ...著者: Helder V Ribeiro-Filho / Lais D Coimbra / Alexandre Cassago / Rebeca P F Rocha / João Victor da Silva Guerra / Rafael de Felicio / Carolina Moretto Carnieli / Luiza Leme / Antonio Cláudio Padilha / Adriana F Paes Leme / Daniela B B Trivella / Rodrigo Villares Portugal / Paulo Sérgio Lopes-de-Oliveira / Rafael Elias Marques /
要旨: Mayaro virus (MAYV) is an emerging arbovirus of the Americas that may cause a debilitating arthritogenic disease. The biology of MAYV is not fully understood and largely inferred from related ...Mayaro virus (MAYV) is an emerging arbovirus of the Americas that may cause a debilitating arthritogenic disease. The biology of MAYV is not fully understood and largely inferred from related arthritogenic alphaviruses. Here, we present the structure of MAYV at 4.4 Å resolution, obtained from a preparation of mature, infective virions. MAYV presents typical alphavirus features and organization. Interactions between viral proteins that lead to particle formation are described together with a hydrophobic pocket formed between E1 and E2 spike proteins and conformational epitopes specific of MAYV. We also describe MAYV glycosylation residues in E1 and E2 that may affect MXRA8 host receptor binding, and a molecular "handshake" between MAYV spikes formed by N262 glycosylation in adjacent E2 proteins. The structure of MAYV is suggestive of structural and functional complexity among alphaviruses, which may be targeted for specificity or antiviral activity.
履歴
登録2020年11月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月21日-
マップ公開2021年4月21日-
更新2021年6月9日-
現状2021年6月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ko8
  • 表面レベル: 1.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ko8
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22961.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22961.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM of the mature and infective Mayaro virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 800 pix.
= 885.92 Å		1.11 Å/pix.
x 800 pix.
= 885.92 Å		1.11 Å/pix.
x 800 pix.
= 885.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1074 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.9 / ムービー #1: 1.9
最小 - 最大-7.5376306 - 9.131372
平均 (標準偏差)-3.04169e-05 (±0.55280685)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 885.9199 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.10741.10741.1074
M x/y/z800800800
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z885.920885.920885.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ727265
NX/NY/NZ157157169
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS800800800
D min/max/mean-7.5389.131-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mayaro virus

全体名称: Mayaro virus (マヤロウイルス)
要素
  • ウイルス: Mayaro virus (マヤロウイルス)

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超分子 #1: Mayaro virus

超分子名称: Mayaro virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 59301 / 生物種: Mayaro virus / Sci species strain: IQT4235 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Cs corrrector used to minimise the spherical aberration
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 9100 / 平均露光時間: 4.26 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 79000
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 2019) / ソフトウェア - 詳細: Full data set CTF correction
詳細: Per particle CTF correction based on IMAGIC movie spectra of all images simultaneously (Full data set CTF correction).
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Angular Reconstitution random startup
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 1/2 BIT CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 2019) / ソフトウェア - 詳細: with software extensions
詳細: Random assignment of 3D membership to multiple 3D reconstructions during refinements, based on angular reconstitution.
使用した粒子像数: 40179
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 2019)
詳細: Angular reconstitution used originally in random startup mode, later in refinement mode using anchor sets
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 2019)
詳細: Angular reconstitution in refinement mode using anchor sets and local alignments
最終 3次元分類クラス数: 30 / 平均メンバー数/クラス: 1 / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 2019)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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