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- PDB-7ko8: Cryo-EM structure of the mature and infective Mayaro virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ko8
タイトルCryo-EM structure of the mature and infective Mayaro virus
要素
  • Capsid protein
  • E1 glycoprotein
  • E2 glycoprotein
キーワードVIRUS / alphavirus / mayaro virus / single particle cryo-EM / mature and infective viral particle
生物種Mayaro virus (マヤロウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Riberio-Filho, H.V. / Coimbra, L.D. / Cassago, A. / Rocha, R.P.F. / Padilha, A.C.M. / Schatz, M. / van Heel, M.G. / Portugal, R.V. / Trivella, D.B.B. / de Oliveira, P.S.L. / Marques, R.E.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/03917-6 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)440379/2016-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/00629 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/15340-2 ブラジル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the mature and infective Mayaro virus at 4.4 Å resolution reveals features of arthritogenic alphaviruses.
著者: Helder V Ribeiro-Filho / Lais D Coimbra / Alexandre Cassago / Rebeca P F Rocha / João Victor da Silva Guerra / Rafael de Felicio / Carolina Moretto Carnieli / Luiza Leme / Antonio Cláudio ...著者: Helder V Ribeiro-Filho / Lais D Coimbra / Alexandre Cassago / Rebeca P F Rocha / João Victor da Silva Guerra / Rafael de Felicio / Carolina Moretto Carnieli / Luiza Leme / Antonio Cláudio Padilha / Adriana F Paes Leme / Daniela B B Trivella / Rodrigo Villares Portugal / Paulo Sérgio Lopes-de-Oliveira / Rafael Elias Marques /
要旨: Mayaro virus (MAYV) is an emerging arbovirus of the Americas that may cause a debilitating arthritogenic disease. The biology of MAYV is not fully understood and largely inferred from related ...Mayaro virus (MAYV) is an emerging arbovirus of the Americas that may cause a debilitating arthritogenic disease. The biology of MAYV is not fully understood and largely inferred from related arthritogenic alphaviruses. Here, we present the structure of MAYV at 4.4 Å resolution, obtained from a preparation of mature, infective virions. MAYV presents typical alphavirus features and organization. Interactions between viral proteins that lead to particle formation are described together with a hydrophobic pocket formed between E1 and E2 spike proteins and conformational epitopes specific of MAYV. We also describe MAYV glycosylation residues in E1 and E2 that may affect MXRA8 host receptor binding, and a molecular "handshake" between MAYV spikes formed by N262 glycosylation in adjacent E2 proteins. The structure of MAYV is suggestive of structural and functional complexity among alphaviruses, which may be targeted for specificity or antiviral activity.
履歴
登録2020年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_oper_list.name ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22961
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22961
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: E1 glycoprotein
C: E2 glycoprotein
D: Capsid protein
E: E1 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
G: Capsid protein
H: E1 glycoprotein
I: E2 glycoprotein
J: Capsid protein
L: E1 glycoprotein
M: E2 glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)499,36720
ポリマ－493,53912
非ポリマー5,8278
水00
1
A: Capsid protein
B: E1 glycoprotein
C: E2 glycoprotein
D: Capsid protein
E: E1 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
G: Capsid protein
H: E1 glycoprotein
I: E2 glycoprotein
J: Capsid protein
L: E1 glycoprotein
M: E2 glycoprotein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,962,0021200
ポリマ－29,612,363720
非ポリマー349,639480
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
B: E1 glycoprotein
C: E2 glycoprotein
D: Capsid protein
E: E1 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
G: Capsid protein
H: E1 glycoprotein
I: E2 glycoprotein
J: Capsid protein
L: E1 glycoprotein
M: E2 glycoprotein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.5 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,496,834100
ポリマ－2,467,69760
非ポリマー29,13740
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
B: E1 glycoprotein
C: E2 glycoprotein
D: Capsid protein
E: E1 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
G: Capsid protein
H: E1 glycoprotein
I: E2 glycoprotein
J: Capsid protein
L: E1 glycoprotein
M: E2 glycoprotein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,996,200120
ポリマ－2,961,23672
非ポリマー34,96448
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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タンパク質 , 3種, 12分子 ADGJBEHLCFIM

#1: タンパク質
Capsid protein


分子量: 29399.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mayaro virus (マヤロウイルス) / 株: IQT4235
#2: タンパク質
E1 glycoprotein


分子量: 47339.621 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mayaro virus (マヤロウイルス) / 株: IQT4235
#3: タンパク質
E2 glycoprotein


分子量: 46646.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mayaro virus (マヤロウイルス) / 株: IQT4235

-
糖 , 3種, 8分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mayaro virus / タイプ: VIRUS / 詳細: Mayaro virus was purified from Vero CCL81 cells. / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mayaro virus (マヤロウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: IMAGIC / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 1/2 BIT CUT-OFF / 粒子像の数: 40179 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00631925
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.95743541
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.06819050
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0585048
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0075544

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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