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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22896 | |||||||||
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タイトル | The Neck region of Phage XM1 (6-fold symmetry) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Myoviridae / Phage / 6-fold neck region / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Vibrio phage XM1 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang Z / Klose T | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Structure of Vibrio phage XM1, a simple contractile DNA injection machine 著者: Wang Z / Fokine A / Guo X / Jiang W / Rossmann MG / Kuhn RJ / Luo ZH / Klose T | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22896.map.gz | 51.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22896-v30.xml emd-22896.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22896_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22896.png | 142.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22896.cif.gz | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22896 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22896 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22896_validation.pdf.gz | 500.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22896_full_validation.pdf.gz | 499.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22896_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22896_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22896 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22896 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Vibrio phage XM1
全体 | 名称: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Vibrio phage XM1
超分子 | 名称: Vibrio phage XM1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2748688 / 生物種: Vibrio phage XM1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Vibrio rotiferianus (バクテリア) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 640.0 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-分子 #1: Tail terminator protein
分子 | 名称: Tail terminator protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 18.236037 KDa |
配列 | 文字列: MSQSIINVAR YIRDLLDYDE NLIQFDRKNT QQSDTVTGYI VVNGSGVQNV LSHGSSYDGD AEIMEYSKSE SRLITLEFYG SDAYENAEL FSLLNQSQKA KEVSRGLGLT IYNVSQATDV KQLLGYQYGN RVHVDFNIQY CPSVYVETLR VDASEFEILV D D |
-分子 #2: Collar spike protein
分子 | 名称: Collar spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 90.692562 KDa |
配列 | 文字列: MSIQVTGIIE GPLGTPSPGI TIRVVSKISY RNTYRLSTED YVTTTGGAYD FQLNEGFHKI LIRYRGASSF TKLGDVSVSD QTPSPITLI NLLESSSPKA LVVKLQELAD EASESAQSAS DDADQVTLDK QQVTLLAQQV SDDADQVALD RSATAQSEVN A AQSATTAQ ...文字列: MSIQVTGIIE GPLGTPSPGI TIRVVSKISY RNTYRLSTED YVTTTGGAYD FQLNEGFHKI LIRYRGASSF TKLGDVSVSD QTPSPITLI NLLESSSPKA LVVKLQELAD EASESAQSAS DDADQVTLDK QQVTLLAQQV SDDADQVALD RSATAQSEVN A AQSATTAQ QSADDAAAIV PNLQSQIDDK IDKTQSIIPD VDALFSLGRH EINPTNNNIP GLSGTRSLLH IQNNLGGFQL AA RTVGSEI HVRSADTNSG NIGPWERLYT TGYRPSSYDL VVKDKAEALS VSHQEGLIIG IESCNGARFV SVLPSDSGGL YLG SLPNGN KLRHIPLDGF SLKTIRTSDF EINSGSDVSQ FLIDASTAGY GQVYIDNDCE VTQLCDITGV KYLESLNGAE MLID DLNGR VKCDTDGFEV KGIVFKKSGD YSNTTFEAYL LETNGEKSLA SRCQFVGQWA GYKLQGNDSS ADLCFFSDGT FMLRV GEGV SSCNINRCFF TRGTRRFTEG EQQGDGIKLT AQSSTQGYNE NIIISDCIFY DTYRDCIDGY VGANRLIVKG SIMLNW GAH ALDFKSRVDD NSESPDGGPL TRNVLVDGCM IWKDVVRPDF DLTLAAVVMS VIPGALPVPT SEADVRQNGL RGMELKN TL IAYKGNGSLI SAASTWRTVI DGCTLTDLGQ IGQIIYAPNS WHLKLINSTV NIDPSNINNV KFSSAMNNAE VNDNTFNR L LISTDGMIRT SIKRNKFNGE GVLSRGLNIA SEEVSAVSNE FENFTSFGAQ IFNSASKCRF DFNEIRNCPA PLGIENPSV NTYHSVRGNI SMGSGAFTGL NRITDNGGVA NGNDHVPYS |
-分子 #3: Head completion protein
分子 | 名称: Head completion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 13.045932 KDa |
配列 | 文字列: MLPNMRSALK MFEQSVLLKS VETIRVDFVD DIIITATPIR AVVQVADKKK LNLDSLDWSK QYIWVHSGSK MEIGQFIEWH GKDFKLVAA GDDYSDYGYN AWYGEETLKP VLVSS |
-分子 #4: Tail tube protein
分子 | 名称: Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 15.665332 KDa |
配列 | 文字列: MSVIVYRNNQ STLTLNGYTF QHLYQGAALV LTPVNAKTAR TNSINGGVSI SGRVDGGVHT LAIMVQKHSP DDKFLNDAKN SQEPVVFDG SMKRAYTESG TLKKATTTLE TGSITTQPTK TDNNQDPDDS RTYVIEFRNS VETF |
-分子 #5: Tail sheath protein
分子 | 名称: Tail sheath protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 53.006762 KDa |
配列 | 文字列: MASISEVIRV SLQQEGRAIA PDNMNAVGII TGNQGVLSTA DRYRIYRTAA AVASDFGASS QESAFANTFF DTTPNPISAG GVLVIGYWR SASETVAATS ATLVSEQTSE SVLIPLLNAI NDGSFTITVD GGTEQEVTAL DFTGVSELSE VATILNSAIT G ATVSEDNG ...文字列: MASISEVIRV SLQQEGRAIA PDNMNAVGII TGNQGVLSTA DRYRIYRTAA AVASDFGASS QESAFANTFF DTTPNPISAG GVLVIGYWR SASETVAATS ATLVSEQTSE SVLIPLLNAI NDGSFTITVD GGTEQEVTAL DFTGVSELSE VATILNSAIT G ATVSEDNG YFKVTSSTTG ATSLLSYLGV ATSGTDISAV LGMNSESGAV LTQGTDQVVL PAETKLEGIT AIKSEVNIKG AM FIDQILD ADIPGIASFA GANNMLVYEV FDTGYLSKNV SNPVWAVKLA GQSNFRCLLS KSGNRKFAAT YMARMHTVLF SGQ NTAITM QLKELSVTAE EYTDTEIANA KTVGLDLLTT IKNEQALLTS GANDFCDNVY NLEAFRDEIQ TNNYNLLKTT STKI PQTDP GMDTIEDDTE KTCEKYVRNG VFAPGTWTRS DFFGDRQQFV DAIAQKGYYV LIGDLADQTT AERQSRVSPV IQIAV KNAG AVHEEDIIIS VNL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM NaCl, 8 mM MgSO4 |
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グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |