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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22741 | ||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM reconstruction of SARS-CoV-2 Spike in complex with the Fab fragment of neutralizing antibody 324 | ||||||||||||||||||
![]() | CryoEM reconstruction of SARS-CoV-2 Spike in complex with the Fab fragment of neutralizing antibody 324 | ||||||||||||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Kucharska I / Tan YZ / Benlekbir S / Rubinstein JL / Julien JP | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Multivalency transforms SARS-CoV-2 antibodies into ultrapotent neutralizers. 著者: Edurne Rujas / Iga Kucharska / Yong Zi Tan / Samir Benlekbir / Hong Cui / Tiantian Zhao / Gregory A Wasney / Patrick Budylowski / Furkan Guvenc / Jocelyn C Newton / Taylor Sicard / Anthony ...著者: Edurne Rujas / Iga Kucharska / Yong Zi Tan / Samir Benlekbir / Hong Cui / Tiantian Zhao / Gregory A Wasney / Patrick Budylowski / Furkan Guvenc / Jocelyn C Newton / Taylor Sicard / Anthony Semesi / Krithika Muthuraman / Amy Nouanesengsy / Clare Burn Aschner / Katherine Prieto / Stephanie A Bueler / Sawsan Youssef / Sindy Liao-Chan / Jacob Glanville / Natasha Christie-Holmes / Samira Mubareka / Scott D Gray-Owen / John L Rubinstein / Bebhinn Treanor / Jean-Philippe Julien / ![]() ![]() ![]() 要旨: SARS-CoV-2, the virus responsible for COVID-19, has caused a global pandemic. Antibodies can be powerful biotherapeutics to fight viral infections. Here, we use the human apoferritin protomer as a ...SARS-CoV-2, the virus responsible for COVID-19, has caused a global pandemic. Antibodies can be powerful biotherapeutics to fight viral infections. Here, we use the human apoferritin protomer as a modular subunit to drive oligomerization of antibody fragments and transform antibodies targeting SARS-CoV-2 into exceptionally potent neutralizers. Using this platform, half-maximal inhibitory concentration (IC) values as low as 9 × 10 M are achieved as a result of up to 10,000-fold potency enhancements compared to corresponding IgGs. Combination of three different antibody specificities and the fragment crystallizable (Fc) domain on a single multivalent molecule conferred the ability to overcome viral sequence variability together with outstanding potency and IgG-like bioavailability. The MULTi-specific, multi-Affinity antiBODY (Multabody or MB) platform thus uniquely leverages binding avidity together with multi-specificity to deliver ultrapotent and broad neutralizers against SARS-CoV-2. The modularity of the platform also makes it relevant for rapid evaluation against other infectious diseases of global health importance. Neutralizing antibodies are a promising therapeutic for SARS-CoV-2. #1: ![]() タイトル: Multivalency transforms SARS-CoV-2 antibodies into broad and ultrapotent neutralizers 著者: Rujas E / Kucharska I / Tan YZ / Benlekbir S / Cui H / Zhao T / Wasney G / Budylowski P / Guvenc F / Newton JC / Sicard T / Semesi A / Muthuraman K / Nouanesengsy A / Prieto K / Bueler SA / ...著者: Rujas E / Kucharska I / Tan YZ / Benlekbir S / Cui H / Zhao T / Wasney G / Budylowski P / Guvenc F / Newton JC / Sicard T / Semesi A / Muthuraman K / Nouanesengsy A / Prieto K / Bueler SA / Youssef S / Liao-Chan S / Glanville J / Christie-Holmes N / Mubareka S / Gray-Owen SD / Rubinstein JL / Treanor B / Julien JP | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 49.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 99.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 325.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 325 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | CryoEM reconstruction of SARS-CoV-2 Spike in complex with the Fab fragment of neutralizing antibody 324 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37333 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Spike in complex with the Fab fragment of neutralizing...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Spike in complex with the Fab fragment of neutralizing antibody 324 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike in complex with the Fab fragment of neutralizing...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike in complex with the Fab fragment of neutralizing antibody 324 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Fab fragment of neutralizing antibody 324
超分子 | 名称: Fab fragment of neutralizing antibody 324 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: SARS-CoV-2 Spike
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Fab 324 heavy chain
分子 | 名称: Fab 324 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGGTFN NYGISWVRQA PGQGLEWMGW MNPNSGNTGY AQKFQGRVTM TRDTSTSTVY MELSSLRSED TAVYYCARVG DYGDYIVSPF DLWGRGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVK DYFPEP VTVSWNSGAL ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGGTFN NYGISWVRQA PGQGLEWMGW MNPNSGNTGY AQKFQGRVTM TRDTSTSTVY MELSSLRSED TAVYYCARVG DYGDYIVSPF DLWGRGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVK DYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVD KKVEPKSC |
-分子 #2: Fab 324 light chain
分子 | 名称: Fab 324 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIT TYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ SYSTPPTFGQ GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PRE AKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK ...文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIT TYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ SYSTPPTFGQ GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PRE AKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYA CEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #3: SARS-CoV-2 Spike
分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQL PPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPFF SNVTWFHAIH VSGTN GTKR FDNPVLPFND GVYFASTEKS NIIRGWIFGT TLDSKTQSLL IVNNAT NVV IKVCEFQFCN DPFLGVYYHK NNKSWMESEF RVYSSANNCT ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQL PPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPFF SNVTWFHAIH VSGTN GTKR FDNPVLPFND GVYFASTEKS NIIRGWIFGT TLDSKTQSLL IVNNAT NVV IKVCEFQFCN DPFLGVYYHK NNKSWMESEF RVYSSANNCT FEYVSQP FL MDLEGKQGNF KNLREFVFKN IDGYFKIYSK HTPINLVRDL PQGFSALE P LVDLPIGINI TRFQTLLALH RSYLTPGDSS SGWTAGAAAY YVGYLQPRT FLLKYNENGT ITDAVDCALD PLSETKCTLK SFTVEKGIYQ TSNFRVQPTE SIVRFPNIT NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS F STFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADYN YK LPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQ AGSTPC NGVEGFNCYF PLQSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATV CGPKK STNLVKNKCV NFNFNGLTGT GVLTESNKKF LPFQQFGRDI ADTTD AVRD PQTLEILDIT PCSFGGVSVI TPGTNTSNQV AVLYQDVNCT EVPVAI HAD QLTPTWRVYS TGSNVFQTRA GCLIGAEHVN NSYECDIPIG AGICASY QT QTNSPASVAS QSIIAYTMSL GAENSVAYSN NSIAIPTNFT ISVTTEIL P VSMTKTSVDC TMYICGDSTE CSNLLLQYGS FCTQLNRALT GIAVEQDKN TQEVFAQVKQ IYKTPPIKDF GGFNFSQILP DPSKPSKRSF IEDLLFNKVT LADAGFIKQ YGDCLGDIAA RDLICAQKFN GLTVLPPLLT DEMIAQYTSA L LAGTITSG WTFGAGAALQ IPFAMQMAYR FNGIGVTQNV LYENQKLIAN QF NSAIGKI QDSLSSTASA LGKLQDVVNQ NAQALNTLVK QLSSNFGAIS SVL NDILSR LDPPEAEVQI DRLITGRLQS LQTYVTQQLI RAAEIRASAN LAAT KMSEC VLGQSKRVDF CGKGYHLMSF PQSAPHGVVF LHVTYVPAQE KNFTT APAI CHDGKAHFPR EGVFVSNGTH WFVTQRNFYE PQIITTDNTF VSGNCD VVI GIVNNTVYDP LQPELDSFKE ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASVV NI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQELGKYEQY IKWPSGRLVP RGSPGSGY I PEAPRDGQAY VRKDGEWVLL STFLGHHHHH H |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: glow discharged with PELCO easiGlow (Ted Pella) | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 4478 / 平均露光時間: 9.6 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 詳細: 1098 images under 0 degrees tilt, 3380 images under 40 degrees tilt |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |