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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22636 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Bacterial Ribosome at 2 Angstrom Resolution (30S platform domain focused refinement) | |||||||||
マップデータ | 30S platform domain focused refined map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.01 Å | |||||||||
データ登録者 | Watson ZL / Ward FR / Meheust R / Ad O / Schepartz A / Banfield JF / Cate JHD | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structure of the bacterial ribosome at 2 Å resolution. 著者: Zoe L Watson / Fred R Ward / Raphaël Méheust / Omer Ad / Alanna Schepartz / Jillian F Banfield / Jamie Hd Cate / 要旨: Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we determined the structure of the 70S ribosome with a global resolution of 2.0 Å. The maps reveal unambiguous positioning of protein and RNA residues, ...Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we determined the structure of the 70S ribosome with a global resolution of 2.0 Å. The maps reveal unambiguous positioning of protein and RNA residues, their detailed chemical interactions, and chemical modifications. Notable features include the first examples of isopeptide and thioamide backbone substitutions in ribosomal proteins, the former likely conserved in all domains of life. The maps also reveal extensive solvation of the small (30S) ribosomal subunit, and interactions with A-site and P-site tRNAs, mRNA, and the antibiotic paromomycin. The maps and models of the bacterial ribosome presented here now allow a deeper phylogenetic analysis of ribosomal components including structural conservation to the level of solvation. The high quality of the maps should enable future structural analyses of the chemical basis for translation and aid the development of robust tools for cryo-EM structure modeling and refinement. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22636.map.gz | 436.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22636-v30.xml emd-22636.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22636_fsc.xml | 17.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22636.png | 104.9 KB | ||
その他 | emd_22636_half_map_1.map.gz emd_22636_half_map_2.map.gz | 373.5 MB 373.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22636 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22636 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22636_validation.pdf.gz | 79 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22636_full_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22636_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22636 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22636 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22636.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 465.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 30S platform domain focused refined map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.7118 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: 30S platform domain focused refined half map 2
ファイル | emd_22636_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 30S platform domain focused refined half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 30S platform domain focused refined half map 1
ファイル | emd_22636_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 30S platform domain focused refined half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : E. coli 70S ribosome
全体 | 名称: E. coli 70S ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1: E. coli 70S ribosome
超分子 | 名称: E. coli 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: E. coli 70S ribosome bound to mRNA, tRNAs, and paromomycin |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
分子量 | 理論値: 2.7 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.27 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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