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- EMDB-22463: Proteinase K soaked with I3C determined by MicroED from a single ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22463
タイトルProteinase K soaked with I3C determined by MicroED from a single milled microcrystal
マップデータ2Fo-Fc map
試料
  • 複合体: Proteinase K
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase K
  • リガンド: 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid
  • リガンド: water
キーワードProteinase K / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / VtrA C-terminal periplasmic domain / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative transcriptional regulator ToxR
類似検索 - 構成要素
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Martynowycz MW / Gonen T
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM136508 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Ligand Incorporation into Protein Microcrystals for MicroED by On-Grid Soaking.
著者: Michael W Martynowycz / Tamir Gonen /
要旨: A high throughout method for soaking ligands into protein microcrystals on TEM grids is presented. Every crystal on the grid is soaked simultaneously using only standard cryoelectron microscopy ...A high throughout method for soaking ligands into protein microcrystals on TEM grids is presented. Every crystal on the grid is soaked simultaneously using only standard cryoelectron microscopy vitrification equipment. The method is demonstrated using proteinase K microcrystals soaked with the 5-amino-2,4,6-triodoisophthalic acid (I3C) magic triangle. A soaked microcrystal is milled to a thickness of approximately 200 nm using a focused ion beam, and MicroED data are collected. A high-resolution structure of the protein with four ligands at high occupancy is determined. Both the number of ligands bound and their occupancy is higher using on-grid soaking of microcrystals compared with much larger crystals treated similarly and investigated by X-ray crystallography. These results indicate that on-grid soaking ligands into microcrystals results in efficient uptake of ligands into protein microcrystals.
履歴
登録2020年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jsy
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7jsy
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22463.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22463.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2Fo-Fc map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.56 Å/pix.
x 114 pix.
= 64.178 Å		0.56 Å/pix.
x 128 pix.
= 72.059 Å		0.56 Å/pix.
x 118 pix.
= 66.43 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.56296 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-2.4631534 - 8.698446000000001
平均 (標準偏差)0.0011024013 (±1.001575)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-94-60-19
サイズ128118114
Spacing114128118
セルA: 64.17772 Å / B: 72.0592 Å / C: 66.42957 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.56296491228070.56296093750.56296610169492
M x/y/z114128118
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z64.17872.05966.430
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-19-94-60
NX/NY/NZ114128118
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS-60-94-19
NC/NR/NS118128114
D min/max/mean-2.4638.6980.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Proteinase K

全体名称: Proteinase K
要素
  • 複合体: Proteinase K
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase K
  • リガンド: 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid
  • リガンド: water

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超分子 #1: Proteinase K

超分子名称: Proteinase K / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Serine protease
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
分子量理論値: 28.9 KDa

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分子 #1: Proteinase K

分子名称: Proteinase K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidase K
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
分子量理論値: 28.930783 KDa
配列文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN ...文字列:
AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN YSPASEPSVC TVGASDRYDR RSSFSNYGSV LDIFGPGTSI LSTWIGGSTR SISGTSMATP HVAGLAAYLM TL GKTTAAS ACRYIADTAN KGDLSNIPFG TVNLLAYNNY QA

UniProtKB: Putative transcriptional regulator ToxR

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分子 #2: 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid

分子名称: 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: I3C
分子量理論値: 558.835 Da
Chemical component information

ChemComp-I3C:
5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 246 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
温度最低: 70.0 K
詳細Tilt series: -30 to +30, 0.25 deg/sec, 1 sec readout
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 240 / 回折像の数: 240 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 0.01 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / カメラ長: 1900 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN / 傾斜角度: -30.0, 30.0

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.78 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 109326 / Number structure factors: 10458 / Fourier space coverage: 94.52 / R sym: 0.13 / R merge: 0.26 / Overall phase error: 18 / Overall phase residual: 18 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.78 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 43.32 Å / 殻 - Low resolution: 1.78 Å / 殻 - Number structure factors: 10458 / 殻 - Phase residual: 18 / 殻 - Fourier space coverage: 94.52 / 殻 - Multiplicity: 4.9

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6cl7


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-279 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 13.51 / 当てはまり具合の基準: maximum liklihood
得られたモデル

PDB-7jsy:
Proteinase K soaked with I3C determined by MicroED from a single milled microcrystal

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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