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- EMDB-22448: Plant Mitochondrial complex SC III2+IV from Vigna radiata composi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22448
タイトルPlant Mitochondrial complex SC III2+IV from Vigna radiata composite map
マップデータPlant mitochondrial supercomplex III2 IV from Vigna radiata. Composite map.
試料
  • 複合体: Mitochondrial Respiratory Complex III2
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
  • リガンド: x 11種
キーワードmitochondria / respiration / bioenergetics / plants / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial processing peptidase / respiratory chain complex IV / mitochondrial envelope / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ATP synthesis coupled electron transport ...mitochondrial processing peptidase / respiratory chain complex IV / mitochondrial envelope / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit 5c / Protein of unknown function DUF1138 / Protein of unknown function (DUF1138) / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : ...Cytochrome c oxidase subunit 5c / Protein of unknown function DUF1138 / Protein of unknown function (DUF1138) / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Uncharacterized protein LOC106757297 / Complex III subunit 9 / Uncharacterized protein LOC106759053 / mitochondrial processing peptidase / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial ...Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Uncharacterized protein LOC106757297 / Complex III subunit 9 / Uncharacterized protein LOC106759053 / mitochondrial processing peptidase / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5C / Uncharacterized protein LOC106772338 / Complex III subunit II / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome c oxidase subunit 6b-1 / Cytochrome c1-2, heme protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna radiata (リョクトウ) / Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Maldonado M / Letts JA
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Atomic structures of respiratory complex III, complex IV, and supercomplex III-IV from vascular plants.
著者: Maria Maldonado / Fei Guo / James A Letts /
要旨: Mitochondrial complex III (CIII) and complex IV (CIV), which can associate into a higher-order supercomplex (SC III+IV), play key roles in respiration. However, structures of these plant complexes ...Mitochondrial complex III (CIII) and complex IV (CIV), which can associate into a higher-order supercomplex (SC III+IV), play key roles in respiration. However, structures of these plant complexes remain unknown. We present atomic models of CIII, CIV, and SC III+IV from determined by single-particle cryoEM. The structures reveal plant-specific differences in the MPP domain of CIII and define the subunit composition of CIV. Conformational heterogeneity analysis of CIII revealed long-range, coordinated movements across the complex, as well as the motion of CIII's iron-sulfur head domain. The CIV structure suggests that, in plants, proton translocation does not occur via the H channel. The supercomplex interface differs significantly from that in yeast and bacteria in its interacting subunits, angle of approach and limited interactions in the mitochondrial matrix. These structures challenge long-standing assumptions about the plant complexes and generate new mechanistic hypotheses.
履歴
登録2020年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jrp
  • 表面レベル: 6
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22448.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Plant mitochondrial supercomplex III2 IV from Vigna radiata. Composite map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8332 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-36.912239999999997 - 45.661976000000003
平均 (標準偏差)0.00015192044 (±1.1589029)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 426.5984 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.833199218750.833199218750.83319921875
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.598426.598426.598
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-36.91245.6620.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial Respiratory Complex III2

全体名称: Mitochondrial Respiratory Complex III2
要素
  • 複合体: Mitochondrial Respiratory Complex III2
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial isoform X1
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-MPP
    • タンパク質・ペプチド: COB
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome c1-2, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome b-c1 complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: QCR10
    • タンパク質・ペプチド: COX1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: COX3
    • タンパク質・ペプチド: COX4
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome c oxidase subunit 6b-1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 5C
    • タンパク質・ペプチド: COX7a
    • タンパク質・ペプチド: COX7c
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION
  • リガンド: LYSINE

+
超分子 #1: Mitochondrial Respiratory Complex III2

超分子名称: Mitochondrial Respiratory Complex III2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ) / 組織: hypocotyl / Organelle: mitochondria
分子量理論値: 485 KDa

+
分子 #1: Mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial is...

分子名称: Mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial isoform X1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 58.711238 KDa
配列文字列: MSLNRLLSAA RRSDRRASAL SSFRSLSASP ALAPSAASPP APPPPTAMIY DRAAEAIKSK LRQLENPDPR FLKHGNPRPA LSDHTRILA APETRVTTLP NGLRVATESS LAARTATVGV WIDAGSRFET EETNGTAHFL EHMIFKGTER RNARELEEEI E NMGGHLNA ...文字列:
MSLNRLLSAA RRSDRRASAL SSFRSLSASP ALAPSAASPP APPPPTAMIY DRAAEAIKSK LRQLENPDPR FLKHGNPRPA LSDHTRILA APETRVTTLP NGLRVATESS LAARTATVGV WIDAGSRFET EETNGTAHFL EHMIFKGTER RNARELEEEI E NMGGHLNA YTSREQTTYY AKVTDSDVPQ ALDILADILQ NSRFEENRIS RERDVILREM EEVEGQTEEV IFDHLHATAF QY TPLGRTI LGPAQNIKTI TKAHLQSYIQ THYTAPRMVI AASGAVKHED IVEQVKKLFT KLSTDATTTA QLVAKEPAIF TGS EVRMLD DDIPLAQFAV AFEGASWKDP DSIALMVMQA MLGSWNKTAG GGKHMGSELA QRVGINEVAE SIMAFNTNYK DTGL FGVYA VAKPDCLDDL SYAIMQETTK LVYRVSEDDV TRACNQLKSS LLLHIDGTSP VAEDIGRQLL TYGRRIPFAE LFARI DAVD ASTIKRVANR FIYDKDVAIA AMGPIQRLPD YNWFRRRTYW NRY

UniProtKB: mitochondrial processing peptidase

+
分子 #2: Alpha-MPP

分子名称: Alpha-MPP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 54.537684 KDa
配列文字列: MYRAAASSFR RHLKGHGSKL GSTRSSTSAA VAARTSKGGL FSWLTGERSS SLPSLDIPLG GVVLPDPLPD SVEQSKTKIT TLSNGLKIA SETSPNPAAS IGLYLDCGSI YETPFSSGAS HLLERMAFKS TTNRSHFRIV REVEAIGGNI GASASREQMG Y TFDALKTY ...文字列:
MYRAAASSFR RHLKGHGSKL GSTRSSTSAA VAARTSKGGL FSWLTGERSS SLPSLDIPLG GVVLPDPLPD SVEQSKTKIT TLSNGLKIA SETSPNPAAS IGLYLDCGSI YETPFSSGAS HLLERMAFKS TTNRSHFRIV REVEAIGGNI GASASREQMG Y TFDALKTY VPQMVELLVD CVRNPAFLDW EVNEELRKVK AELGELSNNP QGLLLEAIHS AGYSGALAYP LLAPEAALNR LD GPSLEEF VAENYTAPRM VLAAAGVEHE ELVSIAEPLL SDLPNVPRPD EPKSVYVGGD FRRHGESGGT HVALAFEVPG GWH KEKDAI VLTVLQMLMG GGGSFSAGGP GKGMHSRLYL RVLNEYQQIQ SFSAFNSIFN NTGLFGIYAS TSPDFAPKAV DIAA KELIA IASPGQVTQV QLDRAKKSTK SAVLMNLESR MIASEDIGRQ ILTYGERKPL EQFLKAVDEI TLNDITKISQ KIISS PLTM ASYGDVLSVP SYESVNRKFH AK

UniProtKB: Complex III subunit II

+
分子 #3: COB

分子名称: COB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 44.353543 KDa
配列文字列: MTIRNQRFSL LKEPISSTLN QHLIDYPTPS NLSYWWGFGS LAGICLVIQI VTGVFLAMHY TPHVDLAFNS VEHVMRDVEG GWLLRYMHA NGASMFFIVV YLHIFRGLYY ASYSSPREFV WCLGVVIFLL MIVTAFTGYV LPWGQMSFWG ATVITSLASA I PVVGDTIV ...文字列:
MTIRNQRFSL LKEPISSTLN QHLIDYPTPS NLSYWWGFGS LAGICLVIQI VTGVFLAMHY TPHVDLAFNS VEHVMRDVEG GWLLRYMHA NGASMFFIVV YLHIFRGLYY ASYSSPREFV WCLGVVIFLL MIVTAFTGYV LPWGQMSFWG ATVITSLASA I PVVGDTIV TWLWGGFSVD NATLNRFFSL HYLLPFLLVG ASLLHLAALH QYGSNNPLGV HSEMDQISFY PYFYVKDLVG WV AFAIFFS IWIFYAPNVL GHPDNYIPAN PMSTPPHIVP EWYFLPIYAI LRSIPDKSGG VAAIALVFIC LLALPFFKSM YVR SSSFRP IYQGIFWLLL ADCLLLGWIG CQPVEAPFVT IGQISSFVFF LFFAITPILG RVGRGIPNSY TTDETEM

+
分子 #4: cytochrome c1-2, heme protein, mitochondrial

分子名称: cytochrome c1-2, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 33.556188 KDa
配列文字列: MTGGVFQLLR RKLHPQFTNS SLLSPIIAKK DGAGSTGSRS LKVLALIGAG VSGFFSFSTV AVADEAEHGL ACPSYPWPHK GILSSYDHA SIRRGHQVYT EVCASCHSMS LISYRDLVGV AYTEEEVKAM AAEIEVVDGP NDEGEMFTRP GKLSDRFPQP Y ANEAAARF ...文字列:
MTGGVFQLLR RKLHPQFTNS SLLSPIIAKK DGAGSTGSRS LKVLALIGAG VSGFFSFSTV AVADEAEHGL ACPSYPWPHK GILSSYDHA SIRRGHQVYT EVCASCHSMS LISYRDLVGV AYTEEEVKAM AAEIEVVDGP NDEGEMFTRP GKLSDRFPQP Y ANEAAARF ANGGAYPPDL SLITKARHNG QNYVFSLLTG YRDPPAGVSI REGLHYNPYF PGGAIAMPKM LNDGAVEYED GT PATEAQM GKDVVSFLSW AAEPEMEERK LMGFKWIFVL SLALLQAAYY RRLRWSVLKS RKLVLDVVN

UniProtKB: Cytochrome c1-2, heme protein, mitochondrial

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 30.051432 KDa
配列文字列: MLRVAAKRLS SLSSSAWRAN HAASAVLSRN PVAPSLSTEE HRSDPFSLRP EFFLPIRGYA TDSLFHPKEN SLIPEIPATV AAVKNPSSK IIYDEHNHER FPPGDPSKRA FAYFVLTGGR FVYASLIRLL VLKFVLSMSA SKDVLALASL EVDLSSIEPG T TVTVKWRG ...文字列:
MLRVAAKRLS SLSSSAWRAN HAASAVLSRN PVAPSLSTEE HRSDPFSLRP EFFLPIRGYA TDSLFHPKEN SLIPEIPATV AAVKNPSSK IIYDEHNHER FPPGDPSKRA FAYFVLTGGR FVYASLIRLL VLKFVLSMSA SKDVLALASL EVDLSSIEPG T TVTVKWRG KPVFIRRRTE DDIKLANSVD VASLRDPQQD AERVKNPEWL IVIGVCTHLG CIPLPNAGDF GGWFCPCHGS HY DISGRIR KGPAPYNLEV PTYTFLEENK LMIG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 14.392698 KDa
配列文字列:
MASFLQSFLD PKKNWLAAQH MKSLVKRLSK YGLRYDDLYD PYYDLDVKEA LNRLPKEVVD ARHARLKRAI DLSMKHEYLP EDLQAMQTP FRGYLQDMLA LVKRERAERE ALGGLPLYQR SIP

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #7: cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 8.349831 KDa
配列文字列:
MGKQIVPVKS VIYALSPFQQ KVMTGLWKDL PTKIHHKVSE NWISATLLLG PLVGTYAYVQ NYLEKEKLHH RY

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 8.117424 KDa
配列文字列:
MADEEPVDQK RYLEESCKPK CVKPLLEYQA CIKRIHGDDS GQKHCTGQYF DYWFCVDKCV APKLFTKLK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

+
分子 #9: cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 8.20342 KDa
配列文字列:
METVARRRGG GIFESLYKVV MRRNSVYVTF VIAGAFLGER AVDYGIHKLW EANNVGKRYE DIPVLGQKLS EE

UniProtKB: Complex III subunit 9

+
分子 #10: QCR10

分子名称: QCR10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 8.948875 KDa
配列文字列:
MAGLPARLRI QPADVKAAAM WGVAAATGGL YLVQVSILVL PPVKVVFHFY LVSGFRICLD VKDLRTMPCS APRIWRLYIL I

+
分子 #11: COX1

分子名称: COX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 57.960559 KDa
配列文字列: MTNPVRWLFS TNHKDIGTLY FIFGAIAGVM GTCFSVLIRM ELARPGDQIL GGNHQLYNVL ITAHAFLMIF FMVMPAMIGG FGNWFVPIL IGAPDMAFPR LNNISFWLLP PSLLLLLSSA LVEVGSGTGW TVYPPLSGIT SHSGGAVDLA IFSLHLSGVS S ILGSINFI ...文字列:
MTNPVRWLFS TNHKDIGTLY FIFGAIAGVM GTCFSVLIRM ELARPGDQIL GGNHQLYNVL ITAHAFLMIF FMVMPAMIGG FGNWFVPIL IGAPDMAFPR LNNISFWLLP PSLLLLLSSA LVEVGSGTGW TVYPPLSGIT SHSGGAVDLA IFSLHLSGVS S ILGSINFI TTIFNMRGPG MTMHRSPLFV WSVLVTAFLL LLSLPVLAGA ITMLLTDRNF NTTFFDPAGG GDPILYQHLF WF FGHPEVY ILILPGFGII SHIVSTFSGK PVFGYLGMVY AMISIGVLGF LVWAHHMFTV GLDVDTRAYF TAATMIIAVP TGI KIFSWI ATMWGGSIQY KTPMLFAVGF IFLFTIGGLT GIVLANSGLD IALHDTYYVV AHFHYVLSMG AVFALFAGFY YWVG KIFGR TYPETLGQIH FWITFFGVNL TFFPMHFLGL SGMPRRIPDY PDAYAGWNAL SSFGSYISVV GICCFFVVVT ITSTS GNNI TRANIPWAVE QNSTTLEWLV QSPPAFHTFG ELPAIKETKS YVK

+
分子 #12: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 28.391602 KDa
配列文字列: MCGGFPAISF CDAPEPWQLG FQDAATPIMQ GIMDLHHDIF FFLVQIAVFV LWVLSRALWC FRSKISPIPQ RIVHGTTIEI LWTIFPSII LMFIAIPSFT LLYSMDDVVV DPAITIKAIG HQWYWSYEYS DYNNSDEQSL AFDSYMVPED DLELGQLRLL E VDNRVVVP ...文字列:
MCGGFPAISF CDAPEPWQLG FQDAATPIMQ GIMDLHHDIF FFLVQIAVFV LWVLSRALWC FRSKISPIPQ RIVHGTTIEI LWTIFPSII LMFIAIPSFT LLYSMDDVVV DPAITIKAIG HQWYWSYEYS DYNNSDEQSL AFDSYMVPED DLELGQLRLL E VDNRVVVP AKTHLRVLIT SADVLHSWAV PSLGVKCDAV PGRLNQISTF IQREGVYYGQ CSEICGTNHA FMPIVVEAVS TK DYGSWVS NQIQ

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 2

+
分子 #13: COX3

分子名称: COX3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 29.967893 KDa
配列文字列: MIESQRHSYH LVDPSPWPIS GSLGALATTV GGVMYMHSFQ GGATLLSLGL IFILYTMFVW WRDVLRESTL EGHHTKVVQL GLRYGFILF IVSEVMFLFA FFWAFFHSSL APTVEIGGIW PPLGIWVLDP WEIPFLNTLI LLSSGAAVTW AHHAILAGKE K RAVYALVA ...文字列:
MIESQRHSYH LVDPSPWPIS GSLGALATTV GGVMYMHSFQ GGATLLSLGL IFILYTMFVW WRDVLRESTL EGHHTKVVQL GLRYGFILF IVSEVMFLFA FFWAFFHSSL APTVEIGGIW PPLGIWVLDP WEIPFLNTLI LLSSGAAVTW AHHAILAGKE K RAVYALVA TVLLALVFTG FQGMEYYQAP FTISDSIYGS TFFLATGFHG FHVIIGTLFL IICGIRQYLG HLTKEHHVGF EA AAWYWHF VDVVWLFLFV SIYWWGGI

+
分子 #14: COX4

分子名称: COX4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 8.81102 KDa
配列文字列:
MSTKYIVSAI LGSFGIAWVC DYYVSEKKIF GGSTPGTITN KEWGEETDKK FQAWPRTAGP PVVVNPITRQ NFVVKSRSE

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC106757297

+
分子 #15: cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial

分子名称: cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 16.694705 KDa
配列文字列:
MLRRFLSHSN LRSLHTALSP SRPRFAAPLL TRHVTAQSGA SSVRKRVEDV VPIATGHERE EIQASLEGRD ILEINHPEGP FGTKEAPAI VKSYFDRRIV GCPGGEGEDE HDVVWFWLEN GKPHECPVCS QYFELKVVGP GGDPYGHGDH H

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial

+
分子 #16: cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial

分子名称: cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 11.225671 KDa
配列文字列:
MATSLVRSGF LRTALRGGAR GSQVPKRNFS SAGHHDDAYE TAKWEKITYL GIVSCTGLAI YNLSKGHPHT EEPPAYPYLH IRNKEFPWG PDGLFETKKH H

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial

+
分子 #17: cytochrome c oxidase subunit 6b-1

分子名称: cytochrome c oxidase subunit 6b-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 20.018635 KDa
配列文字列:
MAETAANKSQ SLAEEYHVSD KQEKTAVVEK PVEVKEVENP QEAGSVEAVV EKIVEETTPV APAVAQESSE VSPPPAEESA EESTEEQSS GNVEDNSGNE DAAEKTPEIK LETAPADFRF PTTNQTRHCF TRYIEYHRCV AAKGEGASEC DKFAKYYRSL C PGEWIDRW NEQRENGTFP GPL

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 6b-1

+
分子 #18: Cytochrome c oxidase subunit 5C

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 5C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 7.120326 KDa
配列文字列:
MAGPRIAHAT LKGPSVVKEI IIGITLGLAA GSVWKMHHWN EQRKIRTFYD LLEKGEIGVV VDEQ

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 5C

+
分子 #19: COX7a

分子名称: COX7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 7.622931 KDa
配列文字列:
MSEPPFRPRE KLIEKQKHFQ SVHKHTYLKG PYDKITSVAI PLALAASSLY LIGRGIYNMS HGIGKKE

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC106759053

+
分子 #20: COX7c

分子名称: COX7c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 10.505158 KDa
配列文字列:
MAFNNALRSA AKLIASSESS ISTSVSRGFH STPMKRMGGG HGHDEPYYIH AKHMYNLDRM KHRGLKMSLA VFSAFSIGVA VPVYAVIFQ QKKTASA

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC106772338

+
分子 #21: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #22: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 5 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #23: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 9 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #24: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #25: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 29 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #26: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #27: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #28: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #29: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #30: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

+
分子 #31: LYSINE

分子名称: LYSINE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: LYS
分子量理論値: 147.195 Da
Chemical component information

ChemComp-LYS:
LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMsodium chlorideNaCl
1.0 mMEDTA
0.2 %digitonin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細This sample was monodisperse on size exclusion chromatography but was a mixture of different mitochondrial respiratory complexes

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9816 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 86.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 60010 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 150000000
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio model generation
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 29348
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Stochastic gradient descent
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Stochastic gradient descent

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6q9e

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6hu9

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 67 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7jrp:
Plant Mitochondrial complex SC III2+IV from Vigna radiata

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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