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万見
- EMDB-22344: Structure of human CD19-CD81 co-receptor complex bound to coltuxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22344
タイトルStructure of human CD19-CD81 co-receptor complex bound to coltuximab Fab fragment
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81 and coltuximab Fab fragment
    • 複合体: B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81
      • タンパク質・ペプチド: B-lymphocyte antigen CD19
      • タンパク質・ペプチド: CD81 antigen
    • 複合体: coltuximab Fab fragment
      • タンパク質・ペプチド: Coltuximab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: Coltuximab Light Chain
キーワードtetraspanin / Fab / complex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell activation / positive regulation of adaptive immune memory response / antigen receptor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / macrophage fusion / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / osteoclast fusion / B-1 B cell differentiation / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration ...regulation of B cell activation / positive regulation of adaptive immune memory response / antigen receptor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / macrophage fusion / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / osteoclast fusion / B-1 B cell differentiation / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / regulation of B cell receptor signaling pathway / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of macrophage migration / immunological synapse formation / transferrin receptor binding / protein localization to lysosome / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / B cell proliferation involved in immune response / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / MHC class II protein binding / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / immunoglobulin mediated immune response / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of B cell proliferation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Regulation of Complement cascade / basal plasma membrane / protein localization to plasma membrane / B cell receptor signaling pathway / regulation of protein stability / receptor internalization / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / MHC class II protein complex binding / integrin binding / PIP3 activates AKT signaling / virus receptor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / basolateral plasma membrane / vesicle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / membrane raft / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
B-lymphocyte antigen CD19 / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...B-lymphocyte antigen CD19 / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
B-lymphocyte antigen CD19 / CD81 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Susa KJ / Rawson S
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL 147459 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA220340 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP5 OD021345 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81.
著者: Katherine J Susa / Shaun Rawson / Andrew C Kruse / Stephen C Blacklow /
要旨: Signaling through the CD19-CD81 co-receptor complex, in combination with the B cell receptor, is a critical determinant of B cell development and activation. It is unknown how CD81 engages CD19 to ...Signaling through the CD19-CD81 co-receptor complex, in combination with the B cell receptor, is a critical determinant of B cell development and activation. It is unknown how CD81 engages CD19 to enable co-receptor function. Here, we report a 3.8-angstrom structure of the CD19-CD81 complex bound to a therapeutic antigen-binding fragment, determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The structure includes both the extracellular domains and the transmembrane helices of the complex, revealing a contact interface between the ectodomains that drives complex formation. Upon binding to CD19, CD81 opens its ectodomain to expose a hydrophobic CD19-binding surface and reorganizes its transmembrane helices to occlude a cholesterol binding pocket present in the apoprotein. Our data reveal the structural basis for CD19-CD81 complex assembly, providing a foundation for rational design of therapies for B cell dysfunction.
履歴
登録2020年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.27
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jic
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22344.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22344.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 155.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 344 pix.
= 283.8 Å		0.83 Å/pix.
x 344 pix.
= 283.8 Å		0.83 Å/pix.
x 344 pix.
= 283.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.359 / ムービー #1: 0.27
最小 - 最大-1.1148511 - 1.9569672
平均 (標準偏差)0.0018598629 (±0.033939283)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ344344344
Spacing344344344
セルA=B=C: 283.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8250.8250.825
M x/y/z344344344
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z283.800283.800283.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS344344344
D min/max/mean-1.1151.9570.002

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_22344_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_22344_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81 ...

全体名称: Complex of B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81 and coltuximab Fab fragment
要素
  • 複合体: Complex of B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81 and coltuximab Fab fragment
    • 複合体: B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81
      • タンパク質・ペプチド: B-lymphocyte antigen CD19
      • タンパク質・ペプチド: CD81 antigen
    • 複合体: coltuximab Fab fragment
      • タンパク質・ペプチド: Coltuximab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: Coltuximab Light Chain

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超分子 #1: Complex of B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81 ...

超分子名称: Complex of B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81 and coltuximab Fab fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 110 KDa

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超分子 #2: B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81

超分子名称: B cell co-receptor CD19 bound to the tetraspanin CD81
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: coltuximab Fab fragment

超分子名称: coltuximab Fab fragment / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: B-lymphocyte antigen CD19

分子名称: B-lymphocyte antigen CD19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.031578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDLEV LFQGPPEEPL VVKVEEGDNA VLQCLKGTSD GPTQQLTWSR ESPLKPFLKL SLGLPGLGIH MRPLAIWLFI FNVSQQMGG FYLCQPGPPS EKAWQPGWTV NVEGSGELFR WNVSDLGGLG CGLKNRSSEG PSSPSGKLMS PKLYVWAKDR P EIWEGEPP ...文字列:
DYKDDDDLEV LFQGPPEEPL VVKVEEGDNA VLQCLKGTSD GPTQQLTWSR ESPLKPFLKL SLGLPGLGIH MRPLAIWLFI FNVSQQMGG FYLCQPGPPS EKAWQPGWTV NVEGSGELFR WNVSDLGGLG CGLKNRSSEG PSSPSGKLMS PKLYVWAKDR P EIWEGEPP CLPPRDSLNQ SLSQDLTMAP GSTLWLSCGV PPDSVSRGPL SWTHVHPKGP KSLLSLELKD DRPARDMWVM ET GLLLPRA TAQDAGKYYC HRGNLTMSFH LEITARPVLW HWLLRTGGWK VSAVTLAYLI FCLCSLVGIL HLQRALVLRR KRK RMT

UniProtKB: B-lymphocyte antigen CD19

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分子 #2: CD81 antigen

分子名称: CD81 antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.444758 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GGSGGSGGSG GSGVEGCTKC IKYLLFVFNF VFWLAGGVIL GVALWLRHDP QTTNLLYLEL GDKPAPNTFY VGIYILIAVG AVMMFVGFL GCYGAIQESQ CLLGTFFTCL VILFACEVAA GIWGFVNKDQ IAKDVKQFYD QALQQAVVDD DANNAKAVVK T FHETLDCC ...文字列:
GGSGGSGGSG GSGVEGCTKC IKYLLFVFNF VFWLAGGVIL GVALWLRHDP QTTNLLYLEL GDKPAPNTFY VGIYILIAVG AVMMFVGFL GCYGAIQESQ CLLGTFFTCL VILFACEVAA GIWGFVNKDQ IAKDVKQFYD QALQQAVVDD DANNAKAVVK T FHETLDCC GSSTLTALTT SVLTSNLCPS GSNIISNLFK EDCHQKIDDL FSGKLYLIGI AAIVVAVIMI FEMILSMVLC CG IRNSSVY

UniProtKB: CD81 antigen

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分子 #3: Coltuximab Heavy Chain

分子名称: Coltuximab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.828639 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQPGAE VVKPGASVKL SCKTSGYTFT SNWMHWVKQA PGQGLEWIGE IDPSDSYTNY NQNFQGKAKL TVDKSTSTAY MEVSSLRSD DTAVYYCARG SNPYYYAMDY WGQGTSVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
QVQLVQPGAE VVKPGASVKL SCKTSGYTFT SNWMHWVKQA PGQGLEWIGE IDPSDSYTNY NQNFQGKAKL TVDKSTSTAY MEVSSLRSD DTAVYYCARG SNPYYYAMDY WGQGTSVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCGGSGL EVLFQ

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分子 #4: Coltuximab Light Chain

分子名称: Coltuximab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.211758 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPAI MSASPGERVT MTCSASSGVN YMHWYQQKPG TSPRRWIYDT SKLASGVPAR FSGSGSGTDY SLTISSMEPE DAATYYCHQ RGS(UNK)(UNK)YTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNA LQSGNS ...文字列:
EIVLTQSPAI MSASPGERVT MTCSASSGVN YMHWYQQKPG TSPRRWIYDT SKLASGVPAR FSGSGSGTDY SLTISSMEPE DAATYYCHQ RGS(UNK)(UNK)YTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNA LQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
0.05 %(w:v)GDNglyco-diosgenin
0.005 %(w:v)CHSCholesteryl hemisuccinate
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot for 4.5-5.5 seconds with a blot force of 15-16..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 6 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2798945
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 244583
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6al5

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5tcx

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6ani

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6ani

chain_id: L, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-7jic:
Structure of human CD19-CD81 co-receptor complex bound to coltuximab Fab fragment

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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