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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22306 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of designed helical fusion protein C5_HFuse-3921 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.06 Å | |||||||||
データ登録者 | Redler RL / Edman NI / Baker D / Ekiert D / Bhabha G | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Design of multi-scale protein complexes by hierarchical building block fusion. 著者: Yang Hsia / Rubul Mout / William Sheffler / Natasha I Edman / Ivan Vulovic / Young-Jun Park / Rachel L Redler / Matthew J Bick / Asim K Bera / Alexis Courbet / Alex Kang / T J Brunette / Una ...著者: Yang Hsia / Rubul Mout / William Sheffler / Natasha I Edman / Ivan Vulovic / Young-Jun Park / Rachel L Redler / Matthew J Bick / Asim K Bera / Alexis Courbet / Alex Kang / T J Brunette / Una Nattermann / Evelyn Tsai / Ayesha Saleem / Cameron M Chow / Damian Ekiert / Gira Bhabha / David Veesler / David Baker / 要旨: A systematic and robust approach to generating complex protein nanomaterials would have broad utility. We develop a hierarchical approach to designing multi-component protein assemblies from two ...A systematic and robust approach to generating complex protein nanomaterials would have broad utility. We develop a hierarchical approach to designing multi-component protein assemblies from two classes of modular building blocks: designed helical repeat proteins (DHRs) and helical bundle oligomers (HBs). We first rigidly fuse DHRs to HBs to generate a large library of oligomeric building blocks. We then generate assemblies with cyclic, dihedral, and point group symmetries from these building blocks using architecture guided rigid helical fusion with new software named WORMS. X-ray crystallography and cryo-electron microscopy characterization show that the hierarchical design approach can accurately generate a wide range of assemblies, including a 43 nm diameter icosahedral nanocage. The computational methods and building block sets described here provide a very general route to de novo designed protein nanomaterials. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22306.map.gz | 32.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22306-v30.xml emd-22306.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22306.png | 8.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22306 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22306 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22306_validation.pdf.gz | 314.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22306_full_validation.pdf.gz | 314.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22306_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22306 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22306 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6xh5C 6xi6C 6xnsC 6xssC 6xt4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10598 (タイトル: CryoEM map of designed helical fusion protein C5_HFuse-3921 Data size: 2.0 TB Data #1: Unaligned multiframe movies of C5_HF-3921 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22306.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Designed fusion of helical bundle and helical repeat proteins
全体 | 名称: Designed fusion of helical bundle and helical repeat proteins |
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要素 |
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-超分子 #1: Designed fusion of helical bundle and helical repeat proteins
超分子 | 名称: Designed fusion of helical bundle and helical repeat proteins タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21 Lemo21 (DE3) |
-分子 #1: C5_HFuse-3921
分子 | 名称: C5_HFuse-3921 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SDLQEVADRI VEQLKREGRS PEEARKEARR LIEEIKQSAG GDSELIEVAV RIVKELEEQG RSPSEAAKEA VELIERIRRA AGGDSELIEV AVRIVKELEE QGRSPSEAAK EAVELIERIR RAAGGDSELI EVAVRIVKEL EEQGRSPSEA AKEAVELIER IRRAAGGDSE ...文字列: SDLQEVADRI VEQLKREGRS PEEARKEARR LIEEIKQSAG GDSELIEVAV RIVKELEEQG RSPSEAAKEA VELIERIRRA AGGDSELIEV AVRIVKELEE QGRSPSEAAK EAVELIERIR RAAGGDSELI EVAVRIVKEL EEQGRSPSEA AKEAVELIER IRRAAGGDSE LIEVAVRIVK ELEEQGRSPS EAAKEAVELI ERIRRAAGGD SELIEVAVRI VKFLEEAGMS PSEAAKVAVE LIERIRRAAG GDSELIEKAV RIVRRLERRG LSPAEAAKIA VAIIAAEVLS REAEKIREET EEVKKEIEES KKRPQSESAK NLILIMQLLI NQIRLLALQI QMLRLQLEL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.75 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 68.61 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30659 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |