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万見
- EMDB-22204: Streptococcus Pneumoniae IgA1 Protease with IgA1 substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22204
タイトルStreptococcus Pneumoniae IgA1 Protease with IgA1 substrate
マップデータIgA1 Protease with IgA1 substrate
試料
  • 複合体: IgA1 Protease and IgA1 substrate
    • 複合体: Immunoglobulin A1 protease
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin A1 protease
    • 複合体: Immunoglobulin heavy constant alpha 1, Immunoglobulin alpha-1 light chain, Immunoglobulin alpha-1 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin heavy constant alpha 1
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin alpha-1 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin alpha-1 heavy chain
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA-specific metalloendopeptidase / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / glomerular filtration / TFIIIC-class transcription factor complex binding / IgA immunoglobulin complex / IgG immunoglobulin complex ...IgA-specific metalloendopeptidase / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / glomerular filtration / TFIIIC-class transcription factor complex binding / IgA immunoglobulin complex / IgG immunoglobulin complex / positive regulation of respiratory burst / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / metalloendopeptidase activity / antibacterial humoral response / adaptive immune response / blood microparticle / immune response / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M26, N-terminal domain / GLUG / Peptidase M26, C-terminal domain / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase N-terminal region / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase C-terminal region / The GLUG motif / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 ...Peptidase M26, N-terminal domain / GLUG / Peptidase M26, C-terminal domain / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase N-terminal region / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase C-terminal region / The GLUG motif / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / Immunoglobulin A1 protease
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌) / Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Eisenmesser EZ / Zheng H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI146295 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Mechanism and inhibition of Streptococcus pneumoniae IgA1 protease.
著者: Zhiming Wang / Jeremy Rahkola / Jasmina S Redzic / Ying-Chih Chi / Norman Tran / Todd Holyoak / Hongjin Zheng / Edward Janoff / Elan Eisenmesser /
要旨: Opportunistic pathogens such as Streptococcus pneumoniae secrete a giant metalloprotease virulence factor responsible for cleaving host IgA1, yet the molecular mechanism has remained unknown since ...Opportunistic pathogens such as Streptococcus pneumoniae secrete a giant metalloprotease virulence factor responsible for cleaving host IgA1, yet the molecular mechanism has remained unknown since their discovery nearly 30 years ago despite the potential for developing vaccines that target these enzymes to block infection. Here we show through a series of cryo-electron microscopy single particle reconstructions how the Streptococcus pneumoniae IgA1 protease facilitates IgA1 substrate recognition and how this can be inhibited. Specifically, the Streptococcus pneumoniae IgA1 protease subscribes to an active-site-gated mechanism where a domain undergoes a 10.0 Å movement to facilitate cleavage. Monoclonal antibody binding inhibits this conformational change, providing a direct means to block infection at the host interface. These structural studies explain decades of biological and biochemical studies and provides a general strategy to block Streptococcus pneumoniae IgA1 protease activity to potentially prevent infection.
履歴
登録2020年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2021年1月20日-
現状2021年1月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xja
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22204.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22204.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IgA1 Protease with IgA1 substrate
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.59 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.4006242 - 0.75089216
平均 (標準偏差)0.00052375253 (±0.024103222)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 356.15997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.591.591.59
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z356.160356.160356.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ350350350
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.4010.7510.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : IgA1 Protease and IgA1 substrate

全体名称: IgA1 Protease and IgA1 substrate
要素
  • 複合体: IgA1 Protease and IgA1 substrate
    • 複合体: Immunoglobulin A1 protease
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin A1 protease
    • 複合体: Immunoglobulin heavy constant alpha 1, Immunoglobulin alpha-1 light chain, Immunoglobulin alpha-1 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin heavy constant alpha 1
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin alpha-1 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin alpha-1 heavy chain

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超分子 #1: IgA1 Protease and IgA1 substrate

超分子名称: IgA1 Protease and IgA1 substrate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 300 KDa

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超分子 #2: Immunoglobulin A1 protease

超分子名称: Immunoglobulin A1 protease / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: Immunoglobulin heavy constant alpha 1, Immunoglobulin alpha-1 lig...

超分子名称: Immunoglobulin heavy constant alpha 1, Immunoglobulin alpha-1 light chain, Immunoglobulin alpha-1 heavy chain
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Immunoglobulin A1 protease

分子名称: Immunoglobulin A1 protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: IgA-specific metalloendopeptidase
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6
分子量理論値: 145.926625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GNTTSENGQT EPEKKLELRN VSDIELYSQT NGTYRQHVSL DGIPENTDTY FVKVKSSAFK DVYIPVASIT EEKRNGQSVY KITAKAEKL QQELENKYVD NFTFYLDKKA KEENTNFTSF SNLVKAINQN PSGTYHLAAS LNANEVELGP DERSYIKDTF T GRLIGEKD ...文字列:
GNTTSENGQT EPEKKLELRN VSDIELYSQT NGTYRQHVSL DGIPENTDTY FVKVKSSAFK DVYIPVASIT EEKRNGQSVY KITAKAEKL QQELENKYVD NFTFYLDKKA KEENTNFTSF SNLVKAINQN PSGTYHLAAS LNANEVELGP DERSYIKDTF T GRLIGEKD GKNYAIYNLK KPLFENLSGA TVEKLSLKNV AISGKNDIGS LANEATNGTK IKQVHVDGVL AGERGVGGLL AK ADQSSIA ESSFKGRIVN TYETTDAYNI GGLVGHLTGK NASIAKSKAT VTISSNTNRS DQTVGGLAGL VDQDAHIQNS YAE GDINNV KHFGKVAGVA GYLWDRTSGE EKHAGELTNV LSDVNVTNGN AITGYHYTGM KVANTFSSKA NRVFNVTLEK DEVV SKESF EERGTMLDAS QIVSKKAEIN PLTLPTVEPL STSGKKDSDF SKIAHYQANR ALVYKNIEKL LPFYNKSTIV KYGNL VKEN SLLYQKELLS AVMMKDDQVI TDIVSNKQTA NKLLLHYNDH SSEKFDLKYQ TDFANLAEYN LGNTGLLYTP NQFLYD RDS IVKEVLPELQ KLDYQSDAIR KTLGISPEVK LTELYLEDQF SKTKQNLGDS LKKLLSADAG LASDNSVTRG YLVDKIK NN KEALLLGLTY LERWYNFNYG QVNVKDLVMY HPDFFGKGNT SPLDTLIELG KSGFNNLLAK NNVDTYGISL ASQHGATD L FSTLEHYRKV FLPNTSNNDW FKSETKAYIV EEKSTIEEVK TKQGLAGTKY SIGVYDRITS ATWKYRNMVL PLLTLPERS VFVISTMSSL GFGAYDRYRS SDHKAGKALN DFVEENARET AKRQRDHYDY WYRILDEQSR EKLYRTILLY DAYKFGDDTT SGKATAEAK FDSSNPAMKN FFGPVGNKVV HNQHGAYATG DGVYYMSYRM LDKDGAITYT HAMTHDSDQD IYLGGYGRRN G LGPEFFAK GLLQAPDQPS DATITINSIL KHSKSDSTEG SRLQVLDPTE RFQNAADLQN YVHNMFDLIY MMEYLEGQSI VN KLSVYQK MAALRKIENK YVKDPADGNE VYATNVVKEL TEAEARNLNS FESLIDHNIL SAREYQSGDY ERNGYYTIKL FAP IYSALS SEKGTPGDLM GRRIAYELLA AKGFKDGMVP YISNQYEEDA KQQGQTINLY GKERGLVTDE LVLKKVFDGK YKTW AEFKT AMYQERVDQF GNLKQVTFKD PTKPWPSYGT KTINNVDELQ ALMDQAVLKD AEGPRWSNYD PEIDSAVHKL KRAIF KAYL DQTNDFRSSI FENKK

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分子 #2: Immunoglobulin heavy constant alpha 1

分子名称: Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 22.887988 KDa
配列文字列: CCHPRLSLHR PALEDLLLGS EANLTCTLTG LRDASGVTFT WTPSSGKSAV QGPPERDLCG CYSVSSVLPG CAEPWNHGKT FTCTAAYPE SKTPLTATLS KSGNTFRPEV HLLPPPSEEL ALNELVTLTC LARGFSPKDV LVRWLQGSQE LPREKYLTWA S RQEPSQGT ...文字列:
CCHPRLSLHR PALEDLLLGS EANLTCTLTG LRDASGVTFT WTPSSGKSAV QGPPERDLCG CYSVSSVLPG CAEPWNHGKT FTCTAAYPE SKTPLTATLS KSGNTFRPEV HLLPPPSEEL ALNELVTLTC LARGFSPKDV LVRWLQGSQE LPREKYLTWA S RQEPSQGT TTFAVTSILR VAAEDWKKGD TFSCMVGHEA LPLAFTQKTI DR

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分子 #3: Immunoglobulin alpha-1 light chain

分子名称: Immunoglobulin alpha-1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 21.947256 KDa
配列文字列: AAAMAQSPAS LSASAGAAAA IACRSSQAAA AAAAAAALAW YAAKPGAAPA ALIYAASAAA SAVPARFSGS GAGTDFAAAI AAVEAEDAA AYYCAQAAAA AATFGAGTRA EAKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
AAAMAQSPAS LSASAGAAAA IACRSSQAAA AAAAAAALAW YAAKPGAAPA ALIYAASAAA SAVPARFSGS GAGTDFAAAI AAVEAEDAA AYYCAQAAAA AATFGAGTRA EAKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #4: Immunoglobulin alpha-1 heavy chain

分子名称: Immunoglobulin alpha-1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 21.93048 KDa
配列文字列: AVALAASGAA AAAPGASLKL SCAASGATAA AAAAAWVRAA AGKALEWVAA IAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AISADASAAA AALAAASLA AADTAAYYCA AAGAAAAAAW GQGTLVTVSS ASPTSPKVFP LSLCSTQPDG NVVIACLVQG FFPQEPLSVT W SESGQGVT ...文字列:
AVALAASGAA AAAPGASLKL SCAASGATAA AAAAAWVRAA AGKALEWVAA IAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AISADASAAA AALAAASLA AADTAAYYCA AAGAAAAAAW GQGTLVTVSS ASPTSPKVFP LSLCSTQPDG NVVIACLVQG FFPQEPLSVT W SESGQGVT ARNFPPSQDA SGDLYTTSSQ LTLPATQCLA GKSVTCHVKH YTNPSQDVTV PCPAVPTPPT PSPS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: 20 mM Hepes, pH 7 150 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100000
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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