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万見
- EMDB-22054: Negative stain EM map of SUDV GPdMuc in complex with EA97 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22054
タイトルNegative stain EM map of SUDV GPdMuc in complex with EA97
マップデータNegative stain EM map of SUDV GPdMuc in complex with EA97 Fab
試料SUDV GPdMuc in complex with EA97 != EA97 antibody

SUDV GPdMuc in complex with EA97

  • 複合体: SUDV GPdMuc in complex with EA97
    • 複合体: EA97 antibody
    • 複合体: SUDV GPdMuc trimer
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Turner HL / Ward AB
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: Prominent Neutralizing Antibody Response Targeting the Glycoprotein Subunit Interface Elicited by Immunization.
著者: Yimeng Wang / Katie A Howell / Jennifer Brannan / Krystle N Agans / Hannah L Turner / Ariel S Wirchnianski / Shweta Kailasan / Marnie Fusco / Andrey Galkin / Chi-I Chiang / Xuelian Zhao / ...著者: Yimeng Wang / Katie A Howell / Jennifer Brannan / Krystle N Agans / Hannah L Turner / Ariel S Wirchnianski / Shweta Kailasan / Marnie Fusco / Andrey Galkin / Chi-I Chiang / Xuelian Zhao / Erica Ollmann Saphire / Kartik Chandran / Andrew B Ward / John M Dye / M Javad Aman / Thomas W Geisbert / Yuxing Li /
要旨: The severe death toll caused by the recent outbreak of Ebola virus disease reinforces the importance of developing ebolavirus prevention and treatment strategies. Here, we have explored the ...The severe death toll caused by the recent outbreak of Ebola virus disease reinforces the importance of developing ebolavirus prevention and treatment strategies. Here, we have explored the immunogenicity of a novel immunization regimen priming with vesicular stomatitis virus particles bearing Sudan Ebola virus (SUDV) glycoprotein (GP) that consists of GP1 & GP2 subunits and boosting with soluble SUDV GP in macaques, which developed robust neutralizing antibody (nAb) responses following immunizations. Moreover, EB46, a protective nAb isolated from one of the immune macaques, is found to target the GP1/GP2 interface, with GP-binding mode and neutralization mechanism similar to a number of ebolavirus nAbs from human and mouse, indicating that the ebolavirus GP1/GP2 interface is a common immunological target in different species. Importantly, selected immune macaque polyclonal sera showed nAb specificity similar to EB46 at substantial titers, suggesting that the GP1/GP2 interface region is a viable target for ebolavirus vaccine. The elicitation of sustained neutralizing antibody (nAb) responses against diverse ebolavirus strains remains as a high priority for the vaccine field. The most clinically advanced rVSV-ZEBOV vaccine could elicit moderate nAb responses against only one ebolavirus strain, EBOV, among the five ebolavirus strains, which last less than 6 months. Boost immunization strategies are desirable to effectively recall the rVSV vector-primed nAb responses to prevent infections in prospective epidemics, while an in-depth understanding of the specificity of immunization-elicited nAb responses is essential for improving vaccine performance. Here, using non-human primate animal model, we demonstrated that booster immunization with a stabilized trimeric soluble form of recombinant glycoprotein derived from the ebolavirus Sudan strain following the priming rVSV vector immunization led to robust nAb responses that substantially map to the subunit interface of ebolavirus glycoprotein, a common B cell repertoire target of multiple species including primates and rodents.
履歴
登録2020年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月27日-
マップ公開2021年1月27日-
更新2021年2月17日-
現状2021年2月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0194
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0194
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22054.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22054.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of SUDV GPdMuc in complex with EA97 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 262.4 Å		2.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 262.4 Å		2.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 262.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0194 / ムービー #1: 0.0194
最小 - 最大-0.041787837 - 0.09936544
平均 (標準偏差)0.00055736856 (±0.007011943)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 262.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z262.400262.400262.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0420.0990.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SUDV GPdMuc in complex with EA97

全体名称: SUDV GPdMuc in complex with EA97
要素
  • 複合体: SUDV GPdMuc in complex with EA97
    • 複合体: EA97 antibody
    • 複合体: SUDV GPdMuc trimer

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超分子 #2: EA97 antibody

超分子名称: EA97 antibody / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: SUDV GPdMuc trimer

超分子名称: SUDV GPdMuc trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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超分子 #1: SUDV GPdMuc in complex with EA97

超分子名称: SUDV GPdMuc in complex with EA97 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
グリッド詳細: unspecified

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3csy

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 35772
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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