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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2202 | |||||||||
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タイトル | Characterization of the insertase for beta-barrel proteins of the outer mitochondrial membrane. 3-D reconstruction of the TOB complex | |||||||||
マップデータ | 3D reconstruction of TOB complexes isolated using the 9xHis tag on the Tob55 subunit. The TOB complex is a hetero trimer containing one copy each of Tob37, Tob38 and Tob37. Total mol. Wgt. Is 137kDa. Contains only the short isoform of Tob55. The sample is labeled with Ni-NTA nanogold on the (xhis-tag. | |||||||||
試料 |
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キーワード | TOB/SAM complex / beta-barrel proteins / Tob55/Sam50 / mitochondrial outer membrane | |||||||||
生物種 | Neurospora crassa (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Klein A / Israel L / Lackey SWK / Nargang FE / Imhof A / Baumeister W / Neupert W / Thomas DR | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2012 タイトル: Characterization of the insertase for β-barrel proteins of the outer mitochondrial membrane. 著者: Astrid Klein / Lars Israel / Sebastian W K Lackey / Frank E Nargang / Axel Imhof / Wolfgang Baumeister / Walter Neupert / Dennis R Thomas / 要旨: The TOB-SAM complex is an essential component of the mitochondrial outer membrane that mediates the insertion of β-barrel precursor proteins into the membrane. We report here its isolation and ...The TOB-SAM complex is an essential component of the mitochondrial outer membrane that mediates the insertion of β-barrel precursor proteins into the membrane. We report here its isolation and determine its size, composition, and structural organization. The complex from Neurospora crassa was composed of Tob55-Sam50, Tob38-Sam35, and Tob37-Sam37 in a stoichiometry of 1:1:1 and had a molecular mass of 140 kD. A very minor fraction of the purified complex was associated with one Mdm10 protein. Using molecular homology modeling for Tob55 and cryoelectron microscopy reconstructions of the TOB complex, we present a model of the TOB-SAM complex that integrates biochemical and structural data. We discuss our results and the structural model in the context of a possible mechanism of the TOB insertase. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2202.map.gz | 9.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2202-v30.xml emd-2202.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2202.jpg | 25.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2202 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2202 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2202.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D reconstruction of TOB complexes isolated using the 9xHis tag on the Tob55 subunit. The TOB complex is a hetero trimer containing one copy each of Tob37, Tob38 and Tob37. Total mol. Wgt. Is 137kDa. Contains only the short isoform of Tob55. The sample is labeled with Ni-NTA nanogold on the (xhis-tag. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.78 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TOB complex mitochondrial outer membrane complex required for ins...
全体 | 名称: TOB complex mitochondrial outer membrane complex required for inserting beta-barrel proteins into the outer membrane. |
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要素 |
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-超分子 #1000: TOB complex mitochondrial outer membrane complex required for ins...
超分子 | 名称: TOB complex mitochondrial outer membrane complex required for inserting beta-barrel proteins into the outer membrane. タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The complexes were monodisperse. Sample labeled with Ni-NTA nanogold 集合状態: heterotrimer with one subunit each Tob37,Tob38 and Tob55 Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 137 KDa / 理論値: 137 KDa 手法: Blue native gel electrophoresis and Isotope dilution mass spectroscopy analysis of bands isolated from BNGE gels. |
-分子 #1: Tob37
分子 | 名称: Tob37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: The TOB complex contains one copy each of T0b37, Tob38 and Tob55 コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Neurospora crassa (菌類) / 株: Tob55 short HT / Organelle: mitochondria / 細胞中の位置: outer membrane |
分子量 | 実験値: 48.6 KDa / 理論値: 48.6 KDa |
-分子 #2: Tob38
分子 | 名称: Tob38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: The TOB complex contains one copy each of T0b37, Tob38 and Tob55 コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Neurospora crassa (菌類) / 株: Tob55 short HT / Organelle: mitochondria / 細胞中の位置: outer membrane |
分子量 | 実験値: 37.3 KDa / 理論値: 37.3 KDa |
-分子 #3: Tob55
分子 | 名称: Tob55 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: The TOB complex contains one copy each of T0b37, Tob38 and Tob55 コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Neurospora crassa (菌類) / 株: Tob55 short HT / Organelle: mitochondria / 細胞中の位置: outer membrane |
分子量 | 実験値: 54.7 KDa / 理論値: 54.7 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.5 詳細: 1mM PMSF, 0.08%(v/v) Triton X-100, 50 mM HEPES pH 8.5 |
グリッド | 詳細: lacey carbon films on 200 mesh Molybdenum grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER 手法: blot for 4-5 seconds before plunging with whatman filter paper #1 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using the live FFT at imaging magnification. |
日付 | 2009年10月7日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 272 / 平均電子線量: 20 e/Å2 詳細: Images collected using TOM_acquisition software. 272 good micrographs were CTF corrected for phase. 98500 particles were automatically selected. In the end 46400 were included in the final reconstruction. |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 84270 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -3.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.5 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 656 side entry holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Phase and astigmatism correction applied to each micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, TOM_toolbox 詳細: Final maps were reconstructed from images that had stable alignment parameters over the last 4 rounds of refinement. Stable was defined by absolute accumulated changes in theta and psi of the ...詳細: Final maps were reconstructed from images that had stable alignment parameters over the last 4 rounds of refinement. Stable was defined by absolute accumulated changes in theta and psi of the projection matched of less than 10 degrees. 使用した粒子像数: 1 |