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万見
- EMDB-21983: Single-Particle Cryo-EM Structure of Arabinosyltransferase EmbB f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21983
タイトルSingle-Particle Cryo-EM Structure of Arabinosyltransferase EmbB from Mycobacterium smegmatis
マップデータDensity modified map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
    • タンパク質・ペプチド: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
キーワードGlycosyltransferase / membrane protein / nanodisc
機能・相同性
機能・相同性情報


indolylacetylinositol arabinosyltransferase / indolylacetylinositol arabinosyltransferase activity / arabinosyltransferase activity / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Arabinofuranosyltransferase, central domain / Arabinofuranosyltransferase, domain 1 / Arabinosyltransferase, C-terminal / Arabinosyltransferas, concanavalin like domain / Arabinosyltransferase, C-terminal, subdomain 2 / Mycobacterial cell wall arabinan synthesis protein / EmbC C-terminal domain / Arabinosyltransferase concanavalin like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable arabinosyltransferase A / Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Tan YZ / Rodrigues J
資金援助 米国, ポルトガル, European Union, カナダ, 12件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM128624 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM111980 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM132120 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21 AI119672 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103310 米国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPD/BD/128261/2016 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BIA-BQM/30421/2017 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaIF/00656/2014 ポルトガル
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITNNo 731005European Union
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITNNo 823780European Union
Canadian Glycomics Network (GLYCONET) カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM116799 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of arabinosyltransferase EmbB from Mycobacterium smegmatis.
著者: Yong Zi Tan / José Rodrigues / James E Keener / Ruixiang Blake Zheng / Richard Brunton / Brian Kloss / Sabrina I Giacometti / Ana L Rosário / Lei Zhang / Michael Niederweis / Oliver B ...著者: Yong Zi Tan / José Rodrigues / James E Keener / Ruixiang Blake Zheng / Richard Brunton / Brian Kloss / Sabrina I Giacometti / Ana L Rosário / Lei Zhang / Michael Niederweis / Oliver B Clarke / Todd L Lowary / Michael T Marty / Margarida Archer / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Filippo Mancia /
要旨: Arabinosyltransferase B (EmbB) belongs to a family of membrane-bound glycosyltransferases that build the lipidated polysaccharides of the mycobacterial cell envelope, and are targets of anti- ...Arabinosyltransferase B (EmbB) belongs to a family of membrane-bound glycosyltransferases that build the lipidated polysaccharides of the mycobacterial cell envelope, and are targets of anti-tuberculosis drug ethambutol. We present the 3.3 Å resolution single-particle cryo-electron microscopy structure of Mycobacterium smegmatis EmbB, providing insights on substrate binding and reaction mechanism. Mutations that confer ethambutol resistance map mostly around the putative active site, suggesting this to be the location of drug binding.
履歴
登録2020年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月10日-
マップ公開2020年6月10日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6x0o
  • 表面レベル: 0.325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21983.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21983.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density modified map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.325 / ムービー #1: 0.325
最小 - 最大-1.0804 - 2.3828406
平均 (標準偏差)0.000000000000439 (±0.04592852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 256.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z256.000256.000256.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.0802.3830.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21983_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Raw map

ファイルemd_21983_additional_1.map
注釈Raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: CryoSPARC Sharpened Map

ファイルemd_21983_additional_2.map
注釈CryoSPARC Sharpened Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: 3DFSC - Raw

ファイルemd_21983_additional_3.map
注釈3DFSC - Raw
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DFSC - Thresholded

ファイルemd_21983_additional_4.map
注釈3DFSC - Thresholded
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DFSC - Thresholded and binarized

ファイルemd_21983_additional_5.map
注釈3DFSC - Thresholded and binarized
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution map

ファイルemd_21983_additional_6.map
注釈Local resolution map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_21983_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_21983_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB

全体名称: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
    • タンパク質・ペプチド: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

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超分子 #1: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB

超分子名称: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 119 KDa

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分子 #1: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB

分子名称: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: indolylacetylinositol arabinosyltransferase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 118.835375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSGNMDEAVS GNMDEAVSAG KDVRIARWVA TIAGLLGFVL SVSIPLLPVT QTTATLNWPQ QGRLDNVTAP LISQAPLELT ATVPCSVVR DLPPEGGLVF GTAPAEGRDA ALNAMLVNVT ETRVDVIVRN VVVASVNRDR VAGPDCQRIE ITSNLDGTYA D FVGLTQIS ...文字列:
MSGNMDEAVS GNMDEAVSAG KDVRIARWVA TIAGLLGFVL SVSIPLLPVT QTTATLNWPQ QGRLDNVTAP LISQAPLELT ATVPCSVVR DLPPEGGLVF GTAPAEGRDA ALNAMLVNVT ETRVDVIVRN VVVASVNRDR VAGPDCQRIE ITSNLDGTYA D FVGLTQIS GEDAGKLQRT GYPDPNLRPA IVGVFTDLTG PAPQGLSVSA EIDTRFTTHP TALKLAAMLL AIVSTVIALL AL WRLDRLD GRRMHRLIPT RWRTVTAVDG VVVGGMAIWY VIGANSSDDG YILQMARTAE HAGYMANYFR WFGSPEDPFG WYY NVLALM TKVSDASIWI RLPDLICALI CWLLLSREVL PRLGPAVAGS RAAMWAAGLV LLGAWMPFNN GLRPEGQIAT GALI TYVLI ERAVTSGRLT PAALAITTAA FTLGIQPTGL IAVAALLAGG RPILRIVMRR RRLVGTWPLI APLLAAGTVI LAVVF ADQT IATVLEATRI RTAIGPSQEW WTENLRYYYL ILPTTDGAIS RRVAFVFTAM CLFPSLFMML RRKHIAGVAR GPAWRL MGI IFATMFFLMF TPTKWIHHFG LFAAVGGAMA ALATVLVSPT VLRSARNRMA FLSLVLFVLA FCFASTNGWW YVSNFGA PF NNSVPKVGGV QISAIFFALS AIAALWAFWL HLTRRTESRV VDRLTAAPIP VAAGFMVVVM MASMAIGVVR QYPTYSNG W ANIRAFAGGC GLADDVLVEP DSNAGFLTPL PGAYGPLGPL GGEDPQGFSP DGVPDRIIAE AIRLNNPQPG TDYDWNRPI KLDEPGINGS TVPLPYGLDP KRVPVAGTYS TEAQQESRLS SAWYELPARD ETERAAHPLV VITAAGTITG ESVANGLTTG QTVDLEYAT RGPDGTLVPA GRVTPYDVGP TPSWRNLRYP RSEIPDDAVA VRVVAEDLSL SQGDWIAVTP PRVPELQSVQ E YVGSDQPV LMDWAVGLAF PCQQPMLHAN GVTEVPKFRI SPDYYAKLQS TDTWQDGING GLLGITDLLL RASVMSTYLS QD WGQDWGS LRKFDTVVEA TPAELDFGSQ THSGLYSPGP LRIRPAENLY FQGWSHPQFE K

UniProtKB: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#0 - 検出モード: COUNTING / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 2158 / #0 - 平均露光時間: 86.4 sec. / #0 - 平均電子線量: 78.02 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 検出モード: COUNTING / #1 - デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / #1 - デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 7833 / #1 - 平均露光時間: 8.0 sec. / #1 - 平均電子線量: 77.53 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 162271
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model / 詳細: Ab initio model was generated in CryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Combined with K2 dataset / 使用した粒子像数: 57970
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Non-uniform refinement in CryoSPARC was used.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Non-uniform refinement in CryoSPARC was used.
FSC曲線 (解像度の算出)

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画像解析 #2

Image processing ID2
Image recording ID2
粒子像選択選択した数: 700201
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model / 詳細: Ab initio model was generated in CryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Combined with Falcon III dataset / 使用した粒子像数: 57970
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Non-uniform refinement in CryoSPARC was used.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Non-uniform refinement in CryoSPARC was used.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3pty


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6x0o:
Single-Particle Cryo-EM Structure of Arabinosyltransferase EmbB from Mycobacterium smegmatis

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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