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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21961 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the VRC315 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer | |||||||||
![]() | Sharpened map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||
![]() | Gorman J / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of an influenza group 2-neutralizing antibody targeting the hemagglutinin stem supersite. 著者: Crystal Sao-Fong Cheung / Jason Gorman / Sarah F Andrews / Reda Rawi / Mateo Reveiz / Chen-Hsiang Shen / Yiran Wang / Darcy R Harris / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Julie Raab / I-Ting ...著者: Crystal Sao-Fong Cheung / Jason Gorman / Sarah F Andrews / Reda Rawi / Mateo Reveiz / Chen-Hsiang Shen / Yiran Wang / Darcy R Harris / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Julie Raab / I-Ting Teng / Raffaello Verardi / Shuishu Wang / Yongping Yang / Gwo-Yu Chuang / Adrian B McDermott / Tongqing Zhou / Peter D Kwong / ![]() 要旨: Several influenza antibodies with broad group 2 neutralization have recently been isolated. Here, we analyze the structure, class, and binding of one of these antibodies from an H7N9 vaccine trial, ...Several influenza antibodies with broad group 2 neutralization have recently been isolated. Here, we analyze the structure, class, and binding of one of these antibodies from an H7N9 vaccine trial, 315-19-1D12. The cryo-EM structure of 315-19-1D12 Fab in complex with the hemagglutinin (HA) trimer revealed the antibody to recognize the helix A region of the HA stem, at the supersite of vulnerability recognized by group 1-specific and by cross-group-neutralizing antibodies. 315-19-1D12 was derived from HV1-2 and KV2-28 genes and appeared to form a new antibody class. Bioinformatic analysis indicated its group 2 neutralization specificity to be a consequence of four key residue positions. We specifically tested the impact of the group 1-specific N33 glycan, which decreased but did not abolish group 2 binding of 315-19-1D12. Overall, this study highlights the recognition of a broad group 2-neutralizing antibody, revealing unexpected diversity in neutralization specificity for antibodies that recognize the HA stem supersite. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 228 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.9 KB 24.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 59.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 52.5 MB 226.3 MB 226.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_21961_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap A
ファイル | emd_21961_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap B
ファイル | emd_21961_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer
全体 | 名称: 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer
超分子 | 名称: 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: H7 SH13 HA trimer
超分子 | 名称: H7 SH13 HA trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: 1D12 Fab
超分子 | 名称: 1D12 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: A/Shanghai/JS01/2013(H7N9) |
分子量 | 理論値: 35.039473 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DKICLGHHAV SNGTKVNTLT ERGVEVVNAT ETVERTNIPR ICSKGKRTVD LGQCGLLGTI TGPPQCDQFL EFSADLIIER REGSDVCYP GKFVNEEALR QILRESGGID KEAMGFTYSG IRTNGATSSC RRSGSSFYAE MKWLLSNTDN AAFPQMTKSY K NTRKNPAL ...文字列: DKICLGHHAV SNGTKVNTLT ERGVEVVNAT ETVERTNIPR ICSKGKRTVD LGQCGLLGTI TGPPQCDQFL EFSADLIIER REGSDVCYP GKFVNEEALR QILRESGGID KEAMGFTYSG IRTNGATSSC RRSGSSFYAE MKWLLSNTDN AAFPQMTKSY K NTRKNPAL IVWGIHHSGS TAEQTKLYGS GNKLVTVGSS NYQQSFVPSP GARTQVNGQS GRIDFHWLML NPNDTVTFSF NG AFIAPDR ASFLRGKSMG IQSGVQVDAD CEGDCYYSGG TIISNLPFQN IDSRAVGKCP RYVKQRSLLL ATGMKNVPEI PKG R |
-分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: A/Shanghai/JS01/2013(H7N9) |
分子量 | 理論値: 25.234352 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GLFGAIAGFI ENGWEGLIDG WYGFRHQNAQ GEGTAADYKS TQSAIDQITG KLNRLIEKTN QQFELIDNEF TEVEKQIGNV INWTRDSIT EVWSYNAELL VAMENQHTID LADSEMDKLY ERVKRQLREN AEEDGTGCFE IFHKCDDDCM ASIRNNTYDH S KYREEAMQ ...文字列: GLFGAIAGFI ENGWEGLIDG WYGFRHQNAQ GEGTAADYKS TQSAIDQITG KLNRLIEKTN QQFELIDNEF TEVEKQIGNV INWTRDSIT EVWSYNAELL VAMENQHTID LADSEMDKLY ERVKRQLREN AEEDGTGCFE IFHKCDDDCM ASIRNNTYDH S KYREEAMQ NRIQIDPVKL SSGYKDVILW FSFGASCFIL LAIAMGLVFI CVKNGNMRCT ICI |
-分子 #3: 1D12 Light chain
分子 | 名称: 1D12 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.971762 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIVMTQSPLS LSVTPGEPAS ISCRSSHSLL HLNGYNYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG IYYCMQALRT PPGLTFGGGT KVDIKRTVAA PSVFIFPPSE DQVKSGTVSV VCLLNNFYPR EASVKWKVDG A LKTGNSQE ...文字列: DIVMTQSPLS LSVTPGEPAS ISCRSSHSLL HLNGYNYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG IYYCMQALRT PPGLTFGGGT KVDIKRTVAA PSVFIFPPSE DQVKSGTVSV VCLLNNFYPR EASVKWKVDG A LKTGNSQE SVTEQDSKDN TYSLSSTLTL SSTEYQSHKV YACEVTHQGL SSPVTKSFNR GEC |
-分子 #4: 1D21 Heavy chain
分子 | 名称: 1D21 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.042229 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QLVQSGAEVK KPGASVKVSC KASGYTFTGY YLHWVRQAPG QGLEWMGRIN PDTGGTNYAQ KFQGRVSMTR DMSISTHYME LSRLTSDDT AVYYCATKRG AVTAMVYYYF YGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SESTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGSLT ...文字列: QLVQSGAEVK KPGASVKVSC KASGYTFTGY YLHWVRQAPG QGLEWMGRIN PDTGGTNYAQ KFQGRVSMTR DMSISTHYME LSRLTSDDT AVYYCATKRG AVTAMVYYYF YGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SESTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGSLT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYVCNVNH KPSNTKVDKR VEIKTCGGLE VLFQ |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Cryo-EM structure of the VRC315 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1878 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 49.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |