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万見
- EMDB-21961: Cryo-EM structure of the VRC315 clinical trial, vaccine-elicited,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21961
タイトルCryo-EM structure of the VRC315 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer
    • 複合体: H7 SH13 HA trimer
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
    • 複合体: 1D12 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 1D12 Light chain
      • タンパク質・ペプチド: 1D21 Heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードVRC / IMMUNE SYSTEM / VRC315 / Group 2 / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A/Shanghai/JS01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure of an influenza group 2-neutralizing antibody targeting the hemagglutinin stem supersite.
著者: Crystal Sao-Fong Cheung / Jason Gorman / Sarah F Andrews / Reda Rawi / Mateo Reveiz / Chen-Hsiang Shen / Yiran Wang / Darcy R Harris / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Julie Raab / I-Ting ...著者: Crystal Sao-Fong Cheung / Jason Gorman / Sarah F Andrews / Reda Rawi / Mateo Reveiz / Chen-Hsiang Shen / Yiran Wang / Darcy R Harris / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Julie Raab / I-Ting Teng / Raffaello Verardi / Shuishu Wang / Yongping Yang / Gwo-Yu Chuang / Adrian B McDermott / Tongqing Zhou / Peter D Kwong /
要旨: Several influenza antibodies with broad group 2 neutralization have recently been isolated. Here, we analyze the structure, class, and binding of one of these antibodies from an H7N9 vaccine trial, ...Several influenza antibodies with broad group 2 neutralization have recently been isolated. Here, we analyze the structure, class, and binding of one of these antibodies from an H7N9 vaccine trial, 315-19-1D12. The cryo-EM structure of 315-19-1D12 Fab in complex with the hemagglutinin (HA) trimer revealed the antibody to recognize the helix A region of the HA stem, at the supersite of vulnerability recognized by group 1-specific and by cross-group-neutralizing antibodies. 315-19-1D12 was derived from HV1-2 and KV2-28 genes and appeared to form a new antibody class. Bioinformatic analysis indicated its group 2 neutralization specificity to be a consequence of four key residue positions. We specifically tested the impact of the group 1-specific N33 glycan, which decreased but did not abolish group 2 binding of 315-19-1D12. Overall, this study highlights the recognition of a broad group 2-neutralizing antibody, revealing unexpected diversity in neutralization specificity for antibodies that recognize the HA stem supersite.
履歴
登録2020年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月9日-
マップ公開2021年6月9日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wxl
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21961.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21961.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 433.2 Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 433.2 Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 433.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.3 / ムービー #1: 1.6
最小 - 最大-7.2338057 - 11.215036
平均 (標準偏差)0.0055630556 (±0.21956788)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 433.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0831.0831.083
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z433.200433.200433.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ727265
NX/NY/NZ157157169
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-7.23411.2150.006

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21961_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_21961_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap A

ファイルemd_21961_half_map_1.map
注釈Halfmap A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap B

ファイルemd_21961_half_map_2.map
注釈Halfmap B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer

全体名称: 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer
要素
  • 複合体: 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer
    • 複合体: H7 SH13 HA trimer
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
    • 複合体: 1D12 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 1D12 Light chain
      • タンパク質・ペプチド: 1D21 Heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer

超分子名称: 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: H7 SH13 HA trimer

超分子名称: H7 SH13 HA trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #3: 1D12 Fab

超分子名称: 1D12 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Shanghai/JS01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/JS01/2013(H7N9)
分子量理論値: 35.039473 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DKICLGHHAV SNGTKVNTLT ERGVEVVNAT ETVERTNIPR ICSKGKRTVD LGQCGLLGTI TGPPQCDQFL EFSADLIIER REGSDVCYP GKFVNEEALR QILRESGGID KEAMGFTYSG IRTNGATSSC RRSGSSFYAE MKWLLSNTDN AAFPQMTKSY K NTRKNPAL ...文字列:
DKICLGHHAV SNGTKVNTLT ERGVEVVNAT ETVERTNIPR ICSKGKRTVD LGQCGLLGTI TGPPQCDQFL EFSADLIIER REGSDVCYP GKFVNEEALR QILRESGGID KEAMGFTYSG IRTNGATSSC RRSGSSFYAE MKWLLSNTDN AAFPQMTKSY K NTRKNPAL IVWGIHHSGS TAEQTKLYGS GNKLVTVGSS NYQQSFVPSP GARTQVNGQS GRIDFHWLML NPNDTVTFSF NG AFIAPDR ASFLRGKSMG IQSGVQVDAD CEGDCYYSGG TIISNLPFQN IDSRAVGKCP RYVKQRSLLL ATGMKNVPEI PKG R

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Shanghai/JS01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/JS01/2013(H7N9)
分子量理論値: 25.234352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLFGAIAGFI ENGWEGLIDG WYGFRHQNAQ GEGTAADYKS TQSAIDQITG KLNRLIEKTN QQFELIDNEF TEVEKQIGNV INWTRDSIT EVWSYNAELL VAMENQHTID LADSEMDKLY ERVKRQLREN AEEDGTGCFE IFHKCDDDCM ASIRNNTYDH S KYREEAMQ ...文字列:
GLFGAIAGFI ENGWEGLIDG WYGFRHQNAQ GEGTAADYKS TQSAIDQITG KLNRLIEKTN QQFELIDNEF TEVEKQIGNV INWTRDSIT EVWSYNAELL VAMENQHTID LADSEMDKLY ERVKRQLREN AEEDGTGCFE IFHKCDDDCM ASIRNNTYDH S KYREEAMQ NRIQIDPVKL SSGYKDVILW FSFGASCFIL LAIAMGLVFI CVKNGNMRCT ICI

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #3: 1D12 Light chain

分子名称: 1D12 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.971762 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPLS LSVTPGEPAS ISCRSSHSLL HLNGYNYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG IYYCMQALRT PPGLTFGGGT KVDIKRTVAA PSVFIFPPSE DQVKSGTVSV VCLLNNFYPR EASVKWKVDG A LKTGNSQE ...文字列:
DIVMTQSPLS LSVTPGEPAS ISCRSSHSLL HLNGYNYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG IYYCMQALRT PPGLTFGGGT KVDIKRTVAA PSVFIFPPSE DQVKSGTVSV VCLLNNFYPR EASVKWKVDG A LKTGNSQE SVTEQDSKDN TYSLSSTLTL SSTEYQSHKV YACEVTHQGL SSPVTKSFNR GEC

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分子 #4: 1D21 Heavy chain

分子名称: 1D21 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.042229 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QLVQSGAEVK KPGASVKVSC KASGYTFTGY YLHWVRQAPG QGLEWMGRIN PDTGGTNYAQ KFQGRVSMTR DMSISTHYME LSRLTSDDT AVYYCATKRG AVTAMVYYYF YGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SESTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGSLT ...文字列:
QLVQSGAEVK KPGASVKVSC KASGYTFTGY YLHWVRQAPG QGLEWMGRIN PDTGGTNYAQ KFQGRVSMTR DMSISTHYME LSRLTSDDT AVYYCATKRG AVTAMVYYYF YGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SESTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGSLT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYVCNVNH KPSNTKVDKR VEIKTCGGLE VLFQ

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Cryo-EM structure of the VRC315 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1878 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 49.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 142628
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4hk0

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6idd

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6wxl:
Cryo-EM structure of the VRC315 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1D12 in complex with an H7 SH13 HA trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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