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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21868 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of the S. islandicus filamentous virus, SIFV | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM of the S. islandicus filamentous virus, SIFV | |||||||||
試料 |
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キーワード | helical symmetry / archaeal virus / rod-like virus / structural protein / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | helical viral capsid / DNA binding / Major capsid protein 1 / Major capsid protein 2 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Sulfolobus islandicus filamentous virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang F / Baquero DP | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Structures of filamentous viruses infecting hyperthermophilic archaea explain DNA stabilization in extreme environments. 著者: Fengbin Wang / Diana P Baquero / Leticia C Beltran / Zhangli Su / Tomasz Osinski / Weili Zheng / David Prangishvili / Mart Krupovic / Edward H Egelman / 要旨: Living organisms expend metabolic energy to repair and maintain their genomes, while viruses protect their genetic material by completely passive means. We have used cryo-electron microscopy (cryo-EM) ...Living organisms expend metabolic energy to repair and maintain their genomes, while viruses protect their genetic material by completely passive means. We have used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to solve the atomic structures of two filamentous double-stranded DNA viruses that infect archaeal hosts living in nearly boiling acid: rod-shaped virus 1 (SSRV1), at 2.8-Å resolution, and filamentous virus (SIFV), at 4.0-Å resolution. The SIFV nucleocapsid is formed by a heterodimer of two homologous proteins and is membrane enveloped, while SSRV1 has a nucleocapsid formed by a homodimer and is not enveloped. In both, the capsid proteins wrap around the DNA and maintain it in an A-form. We suggest that the A-form is due to both a nonspecific desolvation of the DNA by the protein, and a specific coordination of the DNA phosphate groups by positively charged residues. We extend these observations by comparisons with four other archaeal filamentous viruses whose structures we have previously determined, and show that all 10 capsid proteins (from four heterodimers and two homodimers) have obvious structural homology while sequence similarity can be nonexistent. This arises from most capsid residues not being under any strong selective pressure. The inability to detect homology at the sequence level arises from the sampling of viruses in this part of the biosphere being extremely sparse. Comparative structural and genomic analyses suggest that nonenveloped archaeal viruses have evolved from enveloped viruses by shedding the membrane, indicating that this trait may be relatively easily lost during virus evolution. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21868.map.gz | 26.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21868-v30.xml emd-21868.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21868.png | 163.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21868.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21868 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21868_validation.pdf.gz | 507.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21868_full_validation.pdf.gz | 507.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21868_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21868_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21868 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM of the S. islandicus filamentous virus, SIFV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Sulfolobus islandicus filamentous virus
全体 | 名称: Sulfolobus islandicus filamentous virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Sulfolobus islandicus filamentous virus
超分子 | 名称: Sulfolobus islandicus filamentous virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 176106 / 生物種: Sulfolobus islandicus filamentous virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性) |
-分子 #1: A-DNA
分子 | 名称: A-DNA / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus islandicus filamentous virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 69.416977 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) ...文字列: (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) |
-分子 #2: A-DNA
分子 | 名称: A-DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus islandicus filamentous virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 68.79057 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) ...文字列: (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT) |
-分子 #3: Structural protein MCP2
分子 | 名称: Structural protein MCP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus islandicus filamentous virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 18.901863 KDa |
配列 | 文字列: MARRNRRLSS ASVYRYYLKR ISMNIGTTGH VNGLSIAGNP EIMRAIARLS EQETYNWVTD YAPSHLAKEV VKQISGKYNI PGAYQGLLM AFAEKVLANY ILDYKGEPLV EIHHNFLWEL MQRQSGAGLG VTSGFIYTFV RKDGKPVTVD MSKVLTEIED A LFKLVKK UniProtKB: Major capsid protein 2 |
-分子 #4: Structural protein MCP1
分子 | 名称: Structural protein MCP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus islandicus filamentous virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.557898 KDa |
配列 | 文字列: MAGRQSHKKI DVRNDTSTRY KGKLYGIFVN YMGEKYAQQL VENMYSNYND VFVEIYNKMH NALRPTLVKL AGAGATFPLW QLVNEAIYA VYLTHKETAS FLVTKYVARG VPAMTVKTLL AEVGNQLKEL VPAVAEQIGS VTLDHTNVVS TVDNIVTSMP A LPNSYAGV ...文字列: MAGRQSHKKI DVRNDTSTRY KGKLYGIFVN YMGEKYAQQL VENMYSNYND VFVEIYNKMH NALRPTLVKL AGAGATFPLW QLVNEAIYA VYLTHKETAS FLVTKYVARG VPAMTVKTLL AEVGNQLKEL VPAVAEQIGS VTLDHTNVVS TVDNIVTSMP A LPNSYAGV LMKTKVPTVT PHYAGTGTFS SMESAYKALE DIERGL UniProtKB: Major capsid protein 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.48 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 38.49 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 167500 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: averaged cylinder using all segments, with random azimuthal angles |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |